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Rosetta@home

Agosto 05, 2021

Rosetta@home es un proyecto de computación distribuida para la predicción estructural proteica que se ejecuta sobre la plataforma Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC). El proyecto es administrado por el laboratorio Baker de la Universidad de Washington. El propósito de Rosetta@home es predecir el acoplamiento proteína-proteína y diseñar nuevas proteínas con la ayuda de más de 995.053 computadores voluntarios procesando un promedio de 114,966 teraFLOPS.[2]​ El videojuego Foldit de Rosetta@home aspira a lograr este objetivo con el método de crowdsourcing. Aunque gran parte del proyecto está orientado hacia la investigación básica sobre la mejora de la precisión y robustez de los métodos de la proteómica, Rosetta@Home también hace investigaciones aplicadas sobre la malaria, el mal de Alzheimer y otras patologías.[3]​

Rosetta@home
Información general
Tipo de programa Proteómica
Desarrollador Baker laboratory, University of Washington; Rosetta Commons
Lanzamiento inicial 6 de octubre de 2005
Licencia Libre para uso académico y sin fines de lucro; Licencia privativa disponible para uso comercial[1]​
Estado actual Activo
Información técnica
Plataformas admitidas BOINC
Versiones
Última versión estable

Rosetta: 3.54 09 de marzo de 2015 (6 años, 4 meses y 27 días)

Rosetta Mini: 3.78
03 de octubre de 2017 (3 años, 10 meses y 2 días)

Rosetta for Android: 4.10
27 de abril de 2018 (3 años, 3 meses y 8 días)
Enlaces
Sitio web oficial
[editar datos en Wikidata]

Al igual que todos los proyectos BOINC, Rosetta@home utiliza los recursos inactivos del procesador del computador voluntario para ejecutar cálculos en unidades de trabajo individuales, mejor conocida en Inglés como workunits. Los resultados finalizados son enviados al servidor central del proyecto, donde se validan y son asimilados a la base de datos del proyecto. El proyecto es multiplataforma, y se puede ejecutar en una amplia variedad de hardware. Los usuarios pueden ver el progreso de su predicción estructural proteica en el protector de pantalla de Rosetta@home. Además de la investigación relacionada con enfermedades, la red Rosetta@home sirve como un marco de prueba para los nuevos métodos de bioinformática estructural. Estos nuevos métodos se utilizan en otras aplicaciones basadas en Rosetta, como RosettaDock y el Human Proteome Folding Project, después de haber sido desarrollado y probado suficientemente en el gran número de computadores de diferentes arquitecturas que participan en el proyecto.

Dos pruebas importantes para los nuevos métodos desarrollados en Rosetta@home son los experimentos Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP) y Critical Assessment of Prediction of Interactions (CAPRI), que se llevan a cabo cada 6 meses para evaluar el estado del arte de la predicción de estructuras proteicas y la predicción del acoplamiento proteína-proteína. Rosetta@home ha sido posicionado constantemente entre los principales predictores de acoplamiento y es uno de los mejores predictores de estructura terciaria disponible.[4]​

Plataforma de cómputo

Tanto la plataforma de Rosetta@home como la de BOINC están disponibles para las plataformas Linux, Windows y Macintosh (sin embargo, BOINC puede correr bajo otras plataformas, como por ejemplo FreeBSD).[5]​ Los requerimientos mínimos para participar en el proyecto son una unidad central de procesamiento (CPU) con una frecuencia de reloj mínima de 500 MHz, 200 megabytes de espacio libre en el disco duro, 256 megabytes de memoria RAM y una conexión a Internet.[6]​ La aplicación utiliza HTTP estándar (Puerto 80) para la comunicación entre el cliente BOINC del usuario y los servidores de Rosetta@home ubicados en la Universidad de Washington; el HTTPS (puerto 443) se usa durante el intercambio de contraseñas. Para el control remoto y local el cliente BOINC utiliza los puertos 31416 y 1043, los cuales deben estar desbloqueados si existe un firewall en la red.[7]​

 
Rosetta@home ocupa BOINC como su infraestructura de cómputos.

Las unidades de trabajo, más conocidas en inglés como workunits, que contienen datos sobre cada proteína individual, se distribuyen desde los servidores ubicados en el laboratorio Baker de la Universidad de Washington hasta los computadores voluntarios de los usuarios, luego, estos calculan una predicción estructural para la proteína asignada. Para evitar dúplicas de predicciones estructurales, cada «workunit» es inicializada con un generador de números pseudoaleatorios. Esto le da a cada predicción una trayectoria única de descenso a lo largo del plano energético de la proteína.[8]​ Las predicciones estructurales proteicas de Rosetta@home son una aproximación del valor mínimo del plano energético de una proteína. Este mínimo global representa la conformación energética más favorable de la proteína, en otras palabras, su estado nativo.

Una de las características principales de la interfaz gráfica de usuario (GUI) de Rosetta@home, es el protector de pantalla que muestra el progreso actual de una «workunit» durante el proceso de plegamiento proteico. En la parte superior izquierda del protector de pantalla, la proteína es visualizada adoptando diferentes formas (conformaciones) en su búsqueda por la estructura de mínima energía. Si Rosetta calcula que la energía disminuyó con una movida, ésta es aceptada y mostrada en el panel central. En el extremo superior derecho se gráfica la menor conformación de energía del modelo actual; justo debajo se encuentra la estructura real, o nativa, si es que ésta se conoce. El panel inferior lleva registro de la energía de cada movimiento aceptado. En el extremo derecho, un gráfico lleva registro de la desviación raíz cuadrada media (RMSD) (Artículo en Inglés) que mide cuan estructuralmente similar es el modelo aceptado al modelo nativo. A la derecha del gráfico de la energía aceptada y abajo del gráfico RMSD, los resultados de estas dos funciones son usados para producir un gráfico de Energía en función de RMSD mientras el modelo sigue siendo refinado progresivamente.[9]​

Como todos los proyectos BOINC, Rosetta@home corre en modo «background» en el computador del usuario, usando solo los recursos ociosos del computador. Cuando otras aplicaciones requieren recursos, Rosetta@home los libera para que el funcionamiento normal del equipo no se afecte. Para minimizar el consumo de energía o la producción de calor de un computador que corre a su máxima capacidad, el porcentaje máximo de CPU que se le permite utilizar a Rosetta@home puede ser configurado a través de las preferencias de la cuenta del usuario. El horario del día en el que se permite correr a Rosetta@home, el número de núcleos a utilizar y muchas otras configuraciones más, también pueden ser configuradas a través de la cuenta del usuario.[10]​

La versión original de Rosetta@home fue escrita en Fortran, pero más tarde fue reescrita en C++ para permitir un desarrollo más ágil del programa. Esta nueva versión orientada a objetos fue lanzada el 8 de febrero de 2008.[11]​[12]​ El desarrollo del código fue hecho por Rosetta Commons.[13]​ El software tiene licencia libre para la comunidad académica y disponible para las compañías farmacéuticas mediante el pago de una licencia.[13]​

Importancia del proyecto

Véanse también: Predicción de acoplamiento proteína-proteína y Predicción de la estructura de las proteínas.

Con la proliferación de proyectos de secuenciación del genoma, los científicos pueden inferir la secuencia de aminoácido, o estructura primaria, de varias proteínas que acarrean funciones dentro de la célula. Para entender mejor la función de una proteína y ayudar en el diseño de drogas, los científicos necesitan conocer la estructura terciaria tridimensional de la proteína.

 
Objetivo T0281 de CASP9. La primera predicción estructural proteica a alcanzar niveles de resolución atómico. Rosetta produjo un modelo para el T0281 (superposicionado en magenta) 1,5 Å RMSD de la estructura cristalina (azul).

Las estructuras 3D de las proteínas están siendo actualmente determinadas a través de cristalografía de rayos X o espectroscopia de resonancia magnética nuclear. El proceso es lento (lleva semanas o meses deducir como cristalizar una proteína por primera vez) y tiene un alto costo (alrededor de $100.000 USD por proteína).[14]​ Desafortunadamente, la rapidez con que cada nueva secuencia es descubierta es muy superior a la rapidez de la determinación de sus estructuras, hay más de 7.400.000 secuencias de proteínas disponibles en la base de datos de proteínas no-redundante NCBI y menos de 52.000 estructuras 3D proteicas han sido resueltas y depositadas en el Banco de Datos de proteínas, el repositorio principal sobre información estructural proteica.[15]​ Uno de los objetivos principales de Rosetta@home es predecir la estructura 3D de una proteína con la misma precisión que los métodos existentes, pero de manera que requiera mucho menos tiempo y dinero. Rosetta@home también desarrolla métodos para determinar la estructura de acoplamiento de las proteínas de membrana (por ej: GPCR) que son excepcionalmente difíciles de analizar con cristalografía de rayos X y espectroscopia RMN, sin embargo estas proteínas siguen siendo la mayoría de los objetivos de las drogas modernas.[16]​

El desarrollo de los métodos de predicción estructural proteico es evaluado semestralmente en el experimento Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP), en donde investigadores a lo largo del mundo intentan llegar a la estructura de una proteína a partir de la secuencia de aminoácidos de esta misma. Los grupos de alto puntaje en este, algunas veces competitivo, experimento son considerados estándares de facto en la técnica de predicción estructural proteica. Rosetta, el programa el cual está basado Roseta@home, ha sido usado desde CASP5 en el 2002. En el experimento CASP6 de 2004, Rosetta hizo historia siendo el primero en alcanzar niveles de resolución atómico de la predicción estructural de la proteína ab initio en su modelo presentado en el objetivo CASP T0281.[17]​ El modelamiento ab initio es considerado una categoría especialmente difícil de poder predecir, porque no usa información del alineamiento estructural y debe contar con información del alineamiento múltiple de secuencia y de modelamiento de interacciones físicas dentro de la proteína. Rosetta@home está siendo usado en CASP desde el 2006, y estuvo entre los mejores predictores en todas las categorías en CASP7.[18]​[19]​[20]​ Estas predicciones de alta calidad fueron posibles gracias a la potencia de cómputos de los voluntarios.[21]​ El incremento de la potencia de cómputo permite a Rosetta@home tomar más muestras de regiones del espacio de configuración (las formas posibles que puede tener una proteína), que de acuerdo a la paradoja de Levinthal, se predice que sea de incremento exponencial con la longitud de la proteína.

Rosetta@home se usa también en predicciones de acoplamiento proteína-proteína, que determina la estructura de múltiples complejos proteicos, o estructura cuaternaria. Este tipo de interacción de proteínas afectan varias funciones celulares, incluyendo vínculos antígeno-anticuerpo e inhibidores de enzimas e importación y exportación celular; determinar estas interacciones es crítico para el diseño de drogas. Rosetta es usado en el experimento denominado Critical Assessment of Prediction of Interactions (CAPRI), que evalúa el estado del arte del campo de acoplamiento de las proteínas, similar a como CASP mide progresos en la predicción de la estructura proteica. La potencia de cómputo de Rosetta@home, ha sido citada como un factor importante en el rendimiento de este en CAPRI donde sus predicciones de acoplamiento han sido entre las más exactas y completas.[22]​

A principios de 2008, Rosetta fue usado para diseñar informáticamente una proteína con una función nunca observada en la naturaleza.[23]​ Fue inspirado en un artículo de alto nivel publicado en 2004 que describía originalmente el diseño computacional de una proteína con actividad enzimática mejorada con respecto a su forma natural.[24]​ El artículo desarrollado por el grupo de David Baker describe como puede ser hecha la proteína con los recursos disponibles por Rosetta@home y representa una importante demostración conceptual para este método de diseño.[23]​ Este tipo de diseño de proteínas podría tener aplicaciones futuras en el descubrimiento de drogas, química verde y biorremediación.

Enfermedades abarcadas por la investigación

Además de investigaciones sobre las predicciones básicas de estructuras proteicas, diseño y acoplamiento, Rosetta@home es también usado en investigaciones relacionadas con enfermedades.[25]​ En el boletín Rosetta@home de David Baker se mencionan otros proyectos menores de investigación.[26]​

El mal de Alzheimer

Un componente del software Rosetta, RosettaDesign, fue usado para predecir con precisión que regiones de las proteínas "amiloidicas" fuesen más probables a generar fibrilas de carácter amiloide.[27]​ Tomando hexapéptidos (fragmentos de seis aminoácidos) de una proteína de interés y seleccionando un modelo con la energía más baja de una estructura similar a la de una fibrila conocida de forma de hexapéptido, RossetaDesign fue capaz de identificar péptidos con dos veces la probabilidad de formar fibrilas que proteínas aleatorias.[28]​Rosetta@home fue usado en el mismo estudio para predecir estructuras para Beta-amiloides, una proteína que forma fibrilas que se ha postulado que causan el mal de Alzheimer. Se han hecho estudios sobre proteínas diseñadas por Rosetta que podrían prevenir la formación de estas fibrilas, sin embargo se desconoce si éste pudiese prevenir la enfermedad.[29]​

Ántrax (carbunco)

RosettaDock, otro componente de Rosetta, fue usado en conjunto con métodos experimentales para modelar las interacciones entre 3 proteínas —factor letal (LF), factor edema (EF), y antígeno protectivo (PA)— las toxinas que causan el carbunco o ántrax maligno,[30]​[31]​[32]​ el modelo computacional predice con precisión los acoplamientos entre LF y PA, ayudando a establecer que dominios de las respectivas proteínas se involucran en el complejo LF-PA. Esta revelación fue eventualmente usada en investigaciones para mejorar las vacunas contra la enfermedad.[33]​[34]​

Virus herpes simplex 1

RossetaDock fue usado para modelar el acoplamiento entre un anticuerpo (Inmunoglobulina G) y una proteína superficial expresada por el virus del herpes simple 1 (VHS-1) que sirve para degradar el anticuerpo antiviral. El complejo proteico predicho por RosettaDock coincidió con los modelos experimentales que son particularmente difíciles de obtener, por esto los principales investigadores concluyeron que el método de acoplamiento tiene el potencial de abordar algunos de los problemas que la cristalografía de rayos X tiene con el modelamiento de las interfaces proteína-proteína.[35]​

VIH/HIV

Como parte de una investigación subvencionada por $19,4 millones de dólares realizada por la fundación Bill y Melinda Gates,[36]​ Rosetta@home ha sido usada para diseñar múltiples posibles vacunas para el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH).[37]​[38]​

La malaria

En las investigaciones relacionadas con la iniciativa Grand Challenges in Global Health (Artículo en Inglés),[39]​ Rosetta también se ha ocupado para diseñar informáticamente las proteínas endonucleasa homing, que podría erradicar Anopheles gambiae o de otra manera hacer el mosquito incapaz de transmitir la malaria.[40]​ Siendo capaz de modelar y alterar las interacciones entre la ADN y las proteínas, tales como las endonucleasa homing, le dan a los métodos de diseño proteico computacional como Rosetta un papel importante en terapias genéticas (que incluye posibles tratamiento para el cáncer).[25]​[41]​

Historia del desarrollo y sus divisiones

Introducido originalmente por el laboratorio Baker en 1998 como un enfoque ab initio a las predicciones estructurales,[42]​ Rosetta se ha dividido en varias fuentes de desarrollo y distintos servicios. El nombre de la plataforma Rosetta deriva de un artefacto egipcio antiguo denominado Piedra de Rosetta, ya que intenta descifrar el "significado" estructural de las secuencias de aminoácidos de las proteínas. Más de 7 años después de la primera aparición de Rosetta, el proyecto Rosetta@home fue publicado (fuera de Beta) el 6 de octubre de 2005.[11]​ Muchos de los estudiantes de posgrado y otros investigadores involucrados en las etapas iniciales del desarrollo de Rosetta, se han trasladados a otras universidades y centros de investigación, y posteriormente mejoraron diferentes partes del proyecto Rosetta.

RosettaDesign

 
Superposición del modelo diseñado por Rosetta (rojo) para Top7 sobre su estructura cristalográfica de rayos X (azul, PDB ID: 1QYS).

RosettaDesign es un enfoque computacional al diseño de proteínas basado en Rosetta. RosettaDesign comenzó en el 2000 con un estudio en rediseñar la vía plegable de la proteína G.[43]​En 2002, RosettaDesign fue usado para diseñar Top7, una proteína de 93 aminoácido  /  de largo que tiene un plegamiento nunca antes visto en la naturaleza.[44]​ Esta nueva conformación fue prevista por Rosetta con una precisión RMSD de 1,2 Å de la estructura determinada por la cristalografía de rayos X, representando una predicción estructural inusualmente exacta.[45]​Rosetta y RosettaDesign se ganaron un extenso reconocimiento por haber sido los primeros en diseñar y predecir exactamente la estructura proteica de una proteína totalmente nueva y de tal longitud, como fue reflejado en el artículo de 2002 describiendo el enfoque doble que incitó dos letras positivas en la revista Science, y siendo citada por más de 240 artículos científicos.[46]​[47]​ El producto visible de la investigación, TOP7, fue destacada como la "Molécula del Mes" del Banco de Datos de proteínas en octubre de 2006; una superposición de sus respectivos núcleos predichos (residuos 60-79) con su estructura cristalográfica de rayos X son parte del logo de Roseta@home.[48]​

Brian Khuhlman, un postdoctoral ex-afiliado del laboratorio de David Baker y ahora profesor afiliado en la Universidad de Carolina del Norte en Chapel Hill, ofrece RosettaDesign como un servicio en línea.[49]​[50]​

RosettaDock

RosettaDock fue agregado al paquete de software durante el primer experimento CAPRI, como el algoritmo de predicción para el acoplamiento proteína-proteína del laboratorio Baker.[51]​ En ese experimento, RosettaDock hizo una predicción altamente exacta para el acoplamiento entre la exótocina streptococcus pyogenes A y un canal-  receptor de células T, y una predicción medianamente exacta para un complejo entre el  -amilasa porcina y un anticuerpo de los camélidos. Aun cuando el método RosettaDock solo hizo dos predicciones aceptablemente exactas de las siete posibles, esto fue suficiente para clasificarlo como número siete de los diecinueve mejores métodos de predicción en la primera prueba CAPRI.[51]​

El desarrollo de RosettaDock divergió en dos divisiones para los encuentros CAPRI subsiguientes cuando Jeffrey Gray, que estableció las bases para RosettaDock mientras su estadía en la Universidad de Washington, continuó trabajando en el método en la Universidad Johns Hopkins.[52]​Los miembros del laboratorio Baker siguieron desarrollando RosettaDock en la ausencia de Gray. Las dos versiones difieren ligeramente en el modelamiento de la cadena, selección de señuelos y otros aspectos. A pesar de estas diferencias, los métodos Baker y Gray tuvieron un buen desempeño en la segunda prueba CAPRI, ubicándose quinto y séptimo respectivamente de 30 grupos de predictores.[53]​ El servidor RosettaDock de Jefrey Gray está disponible como un servicio de predicción libre para uso no comercial.[54]​

En octubre de 2006, RosettaDock fue integrado a Rosetta@home. El método ocupa una fase de modelo de acoplamiento crudo y rápido usando solamente la columna vertebral de la proteína. Seguido por una fase de refinamiento entero y lento del átomo completo que consiste en optimizar las orientaciones de las dos proteínas interactuantes y las interacciones de las cadenas en la interfase proteína-proteína, para encontrar la conformación de menor energía.[55]​ La gran potencia de cómputos ofrecida por la red de Rosetta@home, en combinación con las representaciones revisadas del "árbol de plegamientos" para la flexibilidad de la columna vertebral de la proteína y modelamientos cíclicos, hicieron de RosettaDock sexto de 63 grupos de predicción en la tercera prueba CAPRI.[4]​[22]​

Robetta

El servidor Robetta es un servicio de predicción estructural proteico automatizado ofrecido por el laboratorio Baker para el modelamiento ab initio y comparativo no-comercial.[56]​ Ha participado como un servidor de predicción automatizado en el experimento semestral CASP desde CASP5 en 2002, desempeñándose como uno de los mejores en la categoría servidores de predicción automatizada.[57]​ Robetta ha competido en CASP6 y 7, donde lo hizo mejor que el promedio entre los servidores automatizados y los grupos predictores humanos.[20]​[58]​[59]​

Desde el CASP6, para el modelamiento de estructuras proteicas, Robetta primero busca la estructura homóloga usando BLAST, PSI-BLAST y 3D-Jury, luego analiza la secuencia objetivo en sus dominios individuales, o independientemente en unidades plegables de proteínas, igualando las secuencias a familias estructurales en la base de datos Pfam. Los dominios con estructuras homólogas siguen un protocolo de "modelo basado en plantillas" (en otras palabras, un modelamiento comparativo). Aquí el programa de alineación local del laboratorio Baker, K*Sync, produce un grupo de secuencias homólogas, y cada una de estas es modelada por el método Rosetta de novo para producir un modelo. La predicción final es seleccionada tomando el modelo de menor energía determinado por una función de energía de baja resolución. Para los dominios que no tienen una estructura homóloga detectada, un protocolo de novo es seguido para cual el modelo con la energía más baja de un conjunto de modelos es seleccionado como la predicción final.[60]​ Estas predicciones de dominio son luego conectadas para investigar interacciones interdominios, de nivel terciario entre las proteínas. Finalmente, las contribuciones de cadenas son modeladas usando el método de Montecarlo.

En CASP8, Robetta fue ampliado para usar un método de refinamiento de átomo completo de alta resolución,[61]​ cuya ausencia fue citada como la causa principal del por qué Robetta fue menos exacto que la red Rosetta@home en CASP7.[21]​

Foldit

El 9 de mayo de 2008, después que los usuarios sugirieron una versión interactiva del programa de computación distribuida, el laboratorio Baker públicamente distribuyó Foldit, un juego de predicción estructural en línea basada en la plataforma Rosetta.[62]​ El 25 de septiembre de 2008 Foldit tuvo cerca de 59.000 usuarios registrados.[63]​ El juego le da al usuario un juego de controles (p. ej: "agitar", "meneo", "reconstruir") para manipular la columna vertebral y la cadena lateral de aminoácidos de la proteína objetivo a conformaciones energéticamente más favorables. Los usuarios pueden trabajar en soluciones individualmente como "soloists" o colectivamente como "evolvers", incrementando el puntaje bajo cualquier categoría al mejorar sus predicciones estructurales.[64]​ Los usuarios pueden individualmente competir con otros usuarios en una especie de "duelo", en que el jugador con la estructura de menor energía después de 20 movimientos gana.

Comparación con otros proyectos de computación distribuida

Hay varios proyectos de computación distribuida que han estudiado áreas similares a la de Rosetta@home, pero difieren en sus enfoques investigativos.

Folding@home

De todos los grandes proyectos de computación distribuida en el área de investigación de proteínas, Folding@home es el único que no usa la plataforma BOINC.[65]​ Ambos Rosetta@home y Folding@home investigan enfermades degenerativas de las proteínas (por ej: el mal de Alzheimer) pero Folding@home lo hace de forma mucho más exclusiva.[66]​ En lugar de usar métodos basados en diseño o en estructura, para predecir por ejemplo, comportamientos amiloidicos, Folding@home usa dinámica molecular para modelar como las proteínas se pliegan (o potencialmente un plegamiento incorrecto).[67]​ En otras palabras, el fuerte de Folding@home es modelar el proceso del plegamiento proteico, mientras que el fuerte de Rosseta@home es el diseño computacional de las proteínas y la predicción de la estructura y acoplamiento proteico. Los dos proyectos también difieren significativamente en su poder computacional y diversidad de hardware. Promediando cerca de 9,3 petaFLOPS (9.300 teraFLOPS) con hardwares que incluyen al PlayStation 3 y unidades de procesamiento gráfico (GPU).[68]​ Folding@home tiene cerca de 78 veces la potencia computacional de Rosetta@home, que promedia 120 teraFLOPS proviniendo exclusivamente de la CPU de los PCs.[69]​

World Community Grid

Ambas la fase 1 como la fase 2 del Proyecto del Plegado del Proteoma Humano (HPF), un suproyecto del World Community Grid, han usado el programa Rosetta para hacer anotaciones estructurales y funcionales de varios genomas. Richard Bonneau, jefe científico del Proyecto del Plegado del Proteoma Humano que ahora usa Rosetta para crear bases de datos para biólogos, estuvo activo en el desarrollo original de Rosetta en el laboratorio de David Baker mientras cursaba su doctorado.[70]​ Más información sobre la relación entre HPF 1, HPF 2 y Rosetta@home puede ser encontrada en el sitio web de Richard Bonneau.[71]​

Predictor@home

Así como Rosetta@home, Predictor@home se especializa en la predicción estructural de las proteínas, Predictor@home también planea desarrollar nuevas áreas para su plataforma de computación distribuida para el diseño y acoplamiento de proteínas (usando el paquete CHARMM para la dinámica molecular) asimilándolo aún más a Rosetta@home.[72]​ Rosetta@home usa el programa Rosetta para su predicción de estructura y Predictor@home usa la metodología dTASSER.[73]​

Otros proyectos de computación distribuida relacionado con las proteínas corriendo sobre BOINC son: QMC@home, Docking@home, SIMAP y TANPAKU. RALPH@home, el proyecto alfa de Rosetta@home, evalúa nuevas versiones de aplicaciones, unidades de trabajo (workunits), y actualizaciones antes de ser trasladadas a Rosetta@home. RALPH@home también corren en BOINC.[74]​

Contribuciones voluntarias

 
Gráfico de barras que muestra el crédito acumulativo diario para Rosetta@home sobre un periodo de 60 días, indicando su poder de cómputo durante el experimento CASP8.

Rosetta@home depende del poder de cómputo donado por los miembros unidos al proyecto. Para el 30 de noviembre de 2008, cerca de 47.000 usuarios de 161 países eran miembros activos de Rosetta@home, contribuyendo juntos un tiempo de procesamiento ocioso proviniendo de cerca de 86.000 computadores para una rapidez de cálculo promedio de 77 teraFLOPS.[69]​ Para el 6 de junio de 2011, Rosetta@home tiene 64.102 computadores activos, juntos procesando a una rapidez promedio de 113,056 teraFLOPS.[75]​

Los usuarios van obteniendo créditos BOINC como medida de sus contribuciones. El crédito obtenido por cada workunit es el número de modelos producidos por tal workunit multiplicado por el crédito promedio del todos los modelos enviados por todos los computadores para esa workunit. Este sistema cliente fue diseñado para tratar las significantes diferencias entre los créditos otorgados a usuarios ocupando el cliente estándar BOINC y un cliente BOINC optimizado, y las diferencias de créditos otorgados entre los usuarios ejecutando Rosetta@home en los sistemas operativos Linux y Windows.[76]​ El monto de crédito obtenido por segundo de trabajo de CPU para Rosetta@home es por lo general menor que otros proyectos BOINC. A pesar de esta desventaja, Rosetta@home esta quinto entre 40 proyectos BOINC en términos de crédito total.[77]​

Los usuarios de Rosetta@home que predicen estructuras proteicas enviadas al experimento CASP son dadas a conocer en publicaciones científicas con respecto a los resultados.[21]​ Los usuarios que predicen la estructura de energía más baja para una unidad de trabajo (workunit) son destacados en la página de inicio de Rosetta@home como el "Predictor del día" junto con el equipo que éste sea miembro.[78]​ Un "Usuario del Día" es elegido aleatoriamente cada día para estar en la página de inicio, con enlaces a su perfil de Rosetta@home.

Véase también

Referencias

  1. «Portfolio Highlight: Rosetta++ Software Suite». UW TechTransfer – Digital Ventures. Consultado el 7 de septiembre de 2008. 
  2. Baker lab. «Rosetta@home overview». Rosetta@home. Consultado el 2011|fechaacceso= y |mesacceso= redundantes (ayuda). 
  3. . Rosetta@home forums. University of Washington. Archivado desde el original el 13 de septiembre de 2008. Consultado el 7 de septiembre de 2008. 
  4. ↑ Lensink MF, Méndez R, Wodak SJ (December de 2007). «Docking and scoring protein complexes: CAPRI 3rd Edition». Proteins 69 (4): 704-18. PMID 17918726. doi:10.1002/prot.21804. 
  5. «Download BOINC client software». BOINC. University of California. 2008. Consultado el 1 de diciembre de 2008. 
  6. . Rosetta@home. University of Washington. 2008. Archivado desde el original el 25 de septiembre de 2008. Consultado el 7 de octubre de 2008. 
  7. «Rosetta@home: FAQ (work in progress) (message 10910)». Rosetta@home forums. University of Washington. 2006. Consultado el 7 de octubre de 2008. 
  8. Kim DE (2005). «Rosetta@home: Random Seed (message 3155)». Rosetta@home forums. University of Washington. Consultado el 7 de octubre de 2008. 
  9. . Rosetta@home. University of Washington. 2007. Archivado desde el original el 24 de septiembre de 2008. Consultado el 7 de octubre de 2008. 
  10. «BOINC User Manual». BOINC. Universidad de California en Berkeley. Consultado el 29 de junio de 2011. 
  11. ↑ «Rosetta@home: News archive». Rosetta@home. University of Washington. 2010. Consultado el 4 de mayo de 2010. 
  12. Kim DE (2008). «Rosetta@home: Problems with minirosetta version 1.+ (Message 51199)». Rosetta@home forums. University of Washington. Consultado el 7 de septiembre de 2008. 
  13. ↑ . RosettaCommons.org. 2008. Archivado desde el original el 15 de septiembre de 2008. Consultado el 7 de octubre de 2008. 
  14. Bourne PE, Helge W, ed. (2003). Structural Bioinformatics. Hoboken, NJ: Wiley-Liss. ISBN 978-0471201991. OCLC 50199108. 
  15. . RCSB Protein Data Bank. 2008. Archivado desde el original el 28 de septiembre de 2008. Consultado el 30 de noviembre de 2008. 
  16. Baker D (2008). «Rosetta@home: David Baker's Rosetta@home journal (message 55893)». Rosetta@home forums. University of Washington. Consultado el 7 de octubre de 2008. 
  17. . Rosetta@home. University of Washington. 2007. Archivado desde el original el 25 de septiembre de 2008. Consultado el 7 de octubre de 2008. 
  18. Kopp J, Bordoli L, Battey JN, Kiefer F, Schwede T (2007). «Assessment of CASP7 predictions for template-based modeling targets». Proteins. 69 Suppl 8: 38-56. PMID 17894352. doi:10.1002/prot.21753. 
  19. Read RJ, Chavali G (2007). «Assessment of CASP7 predictions in the high accuracy template-based modeling category». Proteins. 69 Suppl 8: 27-37. PMID 17894351. doi:10.1002/prot.21662. 
  20. ↑ Jauch R, Yeo HC, Kolatkar PR, Clarke ND (2007). «Assessment of CASP7 structure predictions for template free targets». Proteins. 69 Suppl 8: 57-67. PMID 17894330. doi:10.1002/prot.21771. 
  21. ↑ Das R, Qian B, Raman S, et al (2007). «Structure prediction for CASP7 targets using extensive all-atom refinement with Rosetta@home». Proteins. 69 Suppl 8: 118-28. PMID 17894356. doi:10.1002/prot.21636. 
  22. ↑ Wang C, Schueler-Furman O, Andre I, et al (December de 2007). «RosettaDock in CAPRI rounds 6-12». Proteins 69 (4): 758-63. PMID 17671979. doi:10.1002/prot.21684. 
  23. ↑ Jiang L, Althoff EA, Clemente FR, et al (March de 2008). «De novo computational design of retro-aldol enzymes». Science (New York, N.Y.) 319 (5868): 1387-91. PMID 18323453. doi:10.1126/science.1152692. 
  24. Hayden EC (13 de febrero de 2008). «Protein prize up for grabs after retraction». Nature. doi:10.1038/news.2008.569. Consultado el 9 de octubre de 2008. 
  25. ↑ . Rosetta@home. University of Washington. 2008. Archivado desde el original el 23 de septiembre de 2008. Consultado el 8 de octubre de 2008. 
  26. Baker D (2008). «Rosetta@home: David Baker's Rosetta@home journal». Rosetta@home forums. University of Washington. Consultado el 7 de septiembre de 2008. 
  27. Kuhlman B, Baker D (September de 2000). «Native protein sequences are close to optimal for their structures». Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 97 (19): 10383-8. PMC 27033. PMID 10984534. doi:10.1073/pnas.97.19.10383. 
  28. Thompson MJ, Sievers SA, Karanicolas J, Ivanova MI, Baker D, Eisenberg D (March de 2006). «The 3D profile method for identifying fibril-forming segments of proteins». Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 103 (11): 4074-8. PMC 1449648. PMID 16537487. doi:10.1073/pnas.0511295103. 
  29. Baker D. «Rosetta@home forum: Publications on R@H's Alzheimer's work? (message 54681)». David Baker's Rosetta@home journal. University of Washington. Consultado el 2011|fechaacceso= y |mesacceso= redundantes (ayuda). 
  30. Wang C, Schueler-Furman O, Baker D (May de 2005). «Improved side-chain modeling for protein-protein docking». Protein science : a publication of the Protein Society 14 (5): 1328-39. PMC 2253276. PMID 15802647. doi:10.1110/ps.041222905. 
  31. Gray JJ, Moughon S, Wang C, et al (August de 2003). «Protein-protein docking with simultaneous optimization of rigid-body displacement and side-chain conformations». Journal of molecular biology 331 (1): 281-99. PMID 12875852. 
  32. Schueler-Furman O, Wang C, Baker D (August de 2005). «Progress in protein-protein docking: atomic resolution predictions in the CAPRI experiment using RosettaDock with an improved treatment of side-chain flexibility». Proteins 60 (2): 187-94. PMID 15981249. doi:10.1002/prot.20556. 
  33. Lacy DB, Lin HC, Melnyk RA, et al (November de 2005). «A model of anthrax toxin lethal factor bound to protective antigen». Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 102 (45): 16409-14. PMC 1283467. PMID 16251269. doi:10.1073/pnas.0508259102. 
  34. Albrecht MT, Li H, Williamson ED, et al (November de 2007). «Human monoclonal antibodies against anthrax lethal factor and protective antigen act independently to protect against Bacillus anthracis infection and enhance endogenous immunity to anthrax». Infection and immunity 75 (11): 5425-33. PMC 2168292. PMID 17646360. doi:10.1128/IAI.00261-07. 
  35. Sprague ER, Wang C, Baker D, Bjorkman PJ (June de 2006). «Crystal structure of the HSV-1 Fc receptor bound to Fc reveals a mechanism for antibody bipolar bridging». PLoS biology 4 (6): e148. PMC 1450327. PMID 16646632. doi:10.1371/journal.pbio.0040148. 
  36. Paulson, Tom (19 de julio de 2006). «Gates Foundation awards $287 million for HIV vaccine research». Seattle Post-Intelligencer. Consultado el 7 de septiembre de 2008. 
  37. Liu Y et al (2007). (PDF). Global HIV Vaccine Enterprise. Archivado desde el original el 25 de febrero de 2009. Consultado el 28 de septiembre de 2008. 
  38. Baker D. «David Baker's Rosetta@home journal archives (message 40756)». Rosetta@home forums. University of Washington. Consultado el 7 de septiembre de 2008. 
  39. «Homing Endonuclease Genes: New Tools for Mosquito Population Engineering and Control». Grand Challenges in Global Health. Consultado el 7 de septiembre de 2008. 
  40. Windbichler N, Papathanos PA, Catteruccia F, Ranson H, Burt A, Crisanti A (2007). «Homing endonuclease mediated gene targeting in Anopheles gambiae cells and embryos». Nucleic acids research 35 (17): 5922-33. PMC 2034484. PMID 17726053. doi:10.1093/nar/gkm632. 
  41. Ashworth J, Havranek JJ, Duarte CM, et al (June de 2006). «Computational redesign of endonuclease DNA binding and cleavage specificity». Nature 441 (7093): 656-9. PMID 16738662. doi:10.1038/nature04818. 
  42. Simons KT, Bonneau R, Ruczinski I, Baker D (1999). «Ab initio protein structure prediction of CASP III targets using ROSETTA». Proteins. Suppl 3: 171-6. PMID 10526365. 
  43. Nauli S, Kuhlman B, Baker D (July de 2001). «Computer-based redesign of a protein folding pathway». Nature structural biology 8 (7): 602-5. PMID 11427890. doi:10.1038/89638. 
  44. [1]
  45. Kuhlman B, Dantas G, Ireton GC, Varani G, Stoddard BL, Baker D (November de 2003). «Design of a novel globular protein fold with atomic-level accuracy». Science (New York, N.Y.) 302 (5649): 1364-8. PMID 14631033. doi:10.1126/science.1089427. 
  46. Jones DT (November de 2003). «Structural biology. Learning to speak the language of proteins». Science (New York, N.Y.) 302 (5649): 1347-8. PMID 14631028. doi:10.1126/science.1092492. 
  47. von Grotthuss M, Wyrwicz LS, Pas J, Rychlewski L (June de 2004). «Predicting protein structures accurately». Science (New York, N.Y.) 304 (5677): 1597-9; author reply 1597-9. PMID 15192202. doi:10.1126/science.304.5677.1597b. 
  48. «Articles citing: Kuhlman et al (2003) 'Design of a novel globular protein fold with atomic-level accuracy'». ISI Web of Science. Consultado el 10 de julio de 2008. 
  49. «Kuhlman laboratory homepage». Kuhlman Laboratory. University of North Carolina. Consultado el 7 de septiembre de 2008. 
  50. . Kuhlman Laboratory. University of North Carolina. Archivado desde el original el 13 de septiembre de 2008. Consultado el 7 de septiembre de 2008. 
  51. ↑ Gray JJ, Moughon SE, Kortemme T, et al (July de 2003). «Protein-protein docking predictions for the CAPRI experiment». Proteins 52 (1): 118-22. PMID 12784377. doi:10.1002/prot.10384. 
  52. Daily MD, Masica D, Sivasubramanian A, Somarouthu S, Gray JJ (2005). «CAPRI rounds 3-5 reveal promising successes and future challenges for RosettaDock». Proteins 60 (2): 181-86. PMID 15981262. doi:10.1002/prot.20555. Archivado desde el original el 30 de junio de 2012. Consultado el 12 de diciembre de 2008. 
  53. Méndez R, Leplae R, Lensink MF, Wodak SJ (2005). «Assessment of CAPRI predictions in rounds 3-5 shows progress in docking procedures». Proteins 60 (2): 150-69. PMID 15981261. doi:10.1002/prot.20551. Archivado desde el original el 30 de junio de 2012. Consultado el 15 de diciembre de 2008. 
  54. «RosettaDock server». Gray laboratory. Johns Hopkins University. Consultado el 7 de septiembre de 2008. 
  55. «Protein-protein docking at Rosetta@home». Rosetta@home forums. University of Washington. Consultado el 7 de septiembre de 2008. 
  56. «Robetta web server». Baker laboratory. University of Washington. Consultado el 7 de septiembre de 2008. 
  57. Aloy P, Stark A, Hadley C, Russell RB (2003). «Predictions without templates: new folds, secondary structure, and contacts in CASP5». Proteins. 53 Suppl 6: 436-56. PMID 14579333. doi:10.1002/prot.10546. 
  58. Tress M, Ezkurdia I, Graña O, López G, Valencia A (2005). «Assessment of predictions submitted for the CASP6 comparative modeling category». Proteins. 61 Suppl 7: 27-45. PMID 16187345. doi:10.1002/prot.20720. 
  59. Battey JN, Kopp J, Bordoli L, Read RJ, Clarke ND, Schwede T (2007). «Automated server predictions in CASP7». Proteins. 69 Suppl 8: 68-82. PMID 17894354. doi:10.1002/prot.21761. 
  60. Chivian D, Kim DE, Malmström L, Schonbrun J, Rohl CA, Baker D (2005). «Prediction of CASP6 structures using automated Robetta protocols». Proteins. 61 Suppl 7: 157-66. PMID 16187358. doi:10.1002/prot.20733. 
  61. Baker D. «David Baker's Rosetta@home journal, message 52902». Rosetta@home forums. University of Washington. Consultado el 7 de septiembre de 2008. 
  62. Baker D. «David Baker's Rosetta@home journal (message 52963)». Rosetta@home forums. University of Washington. Consultado el 16 de septiembre de 2008. 
  63. «Foldit forums: How many users does Foldit have? Etc. (message 2)». University of Washington. Consultado el 27 de septiembre de 2008. 
  64. «Foldit: Frequently Asked Questions». fold.it. University of Washington. Consultado el 19 de septiembre de 2008. 
  65. «Project list - BOINC». University of California. Consultado el 8 de septiembre de 2008. 
  66. «Folding@home - FAQ-Diseases». Stanford University. 2007. Archivado desde el original el 21 de septiembre de 2012. Consultado el 8 de septiembre de 2008. 
  67. «Folding@home - About». Stanford University. 2008. Consultado el 8 de septiembre de 2008. 
  68. «Client statistics by OS». Stanford University. Consultado el 1 de diciembre de 2008. 
  69. ↑ de Zutter W. . boincstats.com. Archivado desde el original el 7 de octubre de 2011. Consultado el 15 de septiembre de 2010. 
  70. . Bonneau Lab, New York University. Archivado desde el original el 7 de julio de 2008. Consultado el 7 de septiembre de 2008. 
  71. Bonneau R. «World Community Grid Message Board Posts». Bonneau Lab, New York University. Consultado el 7 de septiembre de 2008. 
  72. «Predictor@home: Developing new application areas for P@H». The Brooks Research Group. Consultado el 7 de septiembre de 2008.  (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).
  73. Carrillo-Tripp M (2007). . The Scripps Research Institute. Archivado desde el original el 23 de septiembre de 2008. Consultado el 7 de septiembre de 2008. 
  74. «RALPH@home website». RALPH@home forums. University of Washington. Consultado el 7 de septiembre de 2008. 
  75. «Rosetta@home homepage». Rosetta@home. University of Washington. 2011. Consultado el 2011. 
  76. «Rosetta@home: The new credit system explained». Rosetta@home forums. University of Washington. 2006. Consultado el 8 de octubre de 2008. 
  77. . boincstats.com. 2008. Archivado desde el original el 13 de septiembre de 2008. Consultado el 8 de octubre de 2008. 
  78. «Rosetta@home: Protein Folding, Design, and Docking». Rosetta@home. University of Washington. 2008. Consultado el 8 de octubre de 2008. 

Enlaces externos

  • Rosetta@home Página web oficial del proyecto
  • Boletín Rosetta@home de David Baker
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Agosto 05, 2021
rosetta, home, proyecto, computación, distribuida, para, predicción, estructural, proteica, ejecuta, sobre, plataforma, berkeley, open, infrastructure, network, computing, boinc, proyecto, administrado, laboratorio, baker, universidad, washington, propósito, p. Rosetta home es un proyecto de computacion distribuida para la prediccion estructural proteica que se ejecuta sobre la plataforma Berkeley Open Infrastructure for Network Computing BOINC El proyecto es administrado por el laboratorio Baker de la Universidad de Washington El proposito de Rosetta home es predecir el acoplamiento proteina proteina y disenar nuevas proteinas con la ayuda de mas de 995 053 computadores voluntarios procesando un promedio de 114 966 teraFLOPS 2 El videojuego Foldit de Rosetta home aspira a lograr este objetivo con el metodo de crowdsourcing Aunque gran parte del proyecto esta orientado hacia la investigacion basica sobre la mejora de la precision y robustez de los metodos de la proteomica Rosetta Home tambien hace investigaciones aplicadas sobre la malaria el mal de Alzheimer y otras patologias 3 Rosetta homeInformacion generalTipo de programaProteomicaDesarrolladorBaker laboratory University of Washington Rosetta CommonsLanzamiento inicial6 de octubre de 2005LicenciaLibre para uso academico y sin fines de lucro Licencia privativa disponible para uso comercial 1 Estado actualActivoInformacion tecnicaPlataformas admitidasBOINCVersionesUltima version estableRosetta 3 54 09 de marzo de 2015 6 anos 4 meses y 27 dias Rosetta Mini 3 7803 de octubre de 2017 3 anos 10 meses y 2 dias Rosetta for Android 4 1027 de abril de 2018 3 anos 3 meses y 8 dias EnlacesSitio web oficial editar datos en Wikidata Al igual que todos los proyectos BOINC Rosetta home utiliza los recursos inactivos del procesador del computador voluntario para ejecutar calculos en unidades de trabajo individuales mejor conocida en Ingles como workunits Los resultados finalizados son enviados al servidor central del proyecto donde se validan y son asimilados a la base de datos del proyecto El proyecto es multiplataforma y se puede ejecutar en una amplia variedad de hardware Los usuarios pueden ver el progreso de su prediccion estructural proteica en el protector de pantalla de Rosetta home Ademas de la investigacion relacionada con enfermedades la red Rosetta home sirve como un marco de prueba para los nuevos metodos de bioinformatica estructural Estos nuevos metodos se utilizan en otras aplicaciones basadas en Rosetta como RosettaDock y el Human Proteome Folding Project despues de haber sido desarrollado y probado suficientemente en el gran numero de computadores de diferentes arquitecturas que participan en el proyecto Dos pruebas importantes para los nuevos metodos desarrollados en Rosetta home son los experimentos Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction CASP y Critical Assessment of Prediction of Interactions CAPRI que se llevan a cabo cada 6 meses para evaluar el estado del arte de la prediccion de estructuras proteicas y la prediccion del acoplamiento proteina proteina Rosetta home ha sido posicionado constantemente entre los principales predictores de acoplamiento y es uno de los mejores predictores de estructura terciaria disponible 4 Indice 1 Plataforma de computo 2 Importancia del proyecto 3 Enfermedades abarcadas por la investigacion 3 1 El mal de Alzheimer 3 2 Antrax carbunco 3 3 Virus herpes simplex 1 3 4 VIH HIV 3 5 La malaria 4 Historia del desarrollo y sus divisiones 4 1 RosettaDesign 4 2 RosettaDock 4 3 Robetta 4 4 Foldit 5 Comparacion con otros proyectos de computacion distribuida 5 1 Folding home 5 2 World Community Grid 5 3 Predictor home 6 Contribuciones voluntarias 7 Vease tambien 8 Referencias 9 Enlaces externos 9 1 Servicios de Rosetta en lineaPlataforma de computo EditarTanto la plataforma de Rosetta home como la de BOINC estan disponibles para las plataformas Linux Windows y Macintosh sin embargo BOINC puede correr bajo otras plataformas como por ejemplo FreeBSD 5 Los requerimientos minimos para participar en el proyecto son una unidad central de procesamiento CPU con una frecuencia de reloj minima de 500 MHz 200 megabytes de espacio libre en el disco duro 256 megabytes de memoria RAM y una conexion a Internet 6 La aplicacion utiliza HTTP estandar Puerto 80 para la comunicacion entre el cliente BOINC del usuario y los servidores de Rosetta home ubicados en la Universidad de Washington el HTTPS puerto 443 se usa durante el intercambio de contrasenas Para el control remoto y local el cliente BOINC utiliza los puertos 31416 y 1043 los cuales deben estar desbloqueados si existe un firewall en la red 7 Rosetta home ocupa BOINC como su infraestructura de computos Las unidades de trabajo mas conocidas en ingles como workunits que contienen datos sobre cada proteina individual se distribuyen desde los servidores ubicados en el laboratorio Baker de la Universidad de Washington hasta los computadores voluntarios de los usuarios luego estos calculan una prediccion estructural para la proteina asignada Para evitar duplicas de predicciones estructurales cada workunit es inicializada con un generador de numeros pseudoaleatorios Esto le da a cada prediccion una trayectoria unica de descenso a lo largo del plano energetico de la proteina 8 Las predicciones estructurales proteicas de Rosetta home son una aproximacion del valor minimo del plano energetico de una proteina Este minimo global representa la conformacion energetica mas favorable de la proteina en otras palabras su estado nativo Una de las caracteristicas principales de la interfaz grafica de usuario GUI de Rosetta home es el protector de pantalla que muestra el progreso actual de una workunit durante el proceso de plegamiento proteico En la parte superior izquierda del protector de pantalla la proteina es visualizada adoptando diferentes formas conformaciones en su busqueda por la estructura de minima energia Si Rosetta calcula que la energia disminuyo con una movida esta es aceptada y mostrada en el panel central En el extremo superior derecho se grafica la menor conformacion de energia del modelo actual justo debajo se encuentra la estructura real o nativa si es que esta se conoce El panel inferior lleva registro de la energia de cada movimiento aceptado En el extremo derecho un grafico lleva registro de la desviacion raiz cuadrada media RMSD Articulo en Ingles que mide cuan estructuralmente similar es el modelo aceptado al modelo nativo A la derecha del grafico de la energia aceptada y abajo del grafico RMSD los resultados de estas dos funciones son usados para producir un grafico de Energia en funcion de RMSD mientras el modelo sigue siendo refinado progresivamente 9 Como todos los proyectos BOINC Rosetta home corre en modo background en el computador del usuario usando solo los recursos ociosos del computador Cuando otras aplicaciones requieren recursos Rosetta home los libera para que el funcionamiento normal del equipo no se afecte Para minimizar el consumo de energia o la produccion de calor de un computador que corre a su maxima capacidad el porcentaje maximo de CPU que se le permite utilizar a Rosetta home puede ser configurado a traves de las preferencias de la cuenta del usuario El horario del dia en el que se permite correr a Rosetta home el numero de nucleos a utilizar y muchas otras configuraciones mas tambien pueden ser configuradas a traves de la cuenta del usuario 10 La version original de Rosetta home fue escrita en Fortran pero mas tarde fue reescrita en C para permitir un desarrollo mas agil del programa Esta nueva version orientada a objetos fue lanzada el 8 de febrero de 2008 11 12 El desarrollo del codigo fue hecho por Rosetta Commons 13 El software tiene licencia libre para la comunidad academica y disponible para las companias farmaceuticas mediante el pago de una licencia 13 Importancia del proyecto EditarVeanse tambien Prediccion de acoplamiento proteina proteinay Prediccion de la estructura de las proteinas Con la proliferacion de proyectos de secuenciacion del genoma los cientificos pueden inferir la secuencia de aminoacido o estructura primaria de varias proteinas que acarrean funciones dentro de la celula Para entender mejor la funcion de una proteina y ayudar en el diseno de drogas los cientificos necesitan conocer la estructura terciaria tridimensional de la proteina Objetivo T0281 de CASP9 La primera prediccion estructural proteica a alcanzar niveles de resolucion atomico Rosetta produjo un modelo para el T0281 superposicionado en magenta 1 5 A RMSD de la estructura cristalina azul Las estructuras 3D de las proteinas estan siendo actualmente determinadas a traves de cristalografia de rayos X o espectroscopia de resonancia magnetica nuclear El proceso es lento lleva semanas o meses deducir como cristalizar una proteina por primera vez y tiene un alto costo alrededor de 100 000 USD por proteina 14 Desafortunadamente la rapidez con que cada nueva secuencia es descubierta es muy superior a la rapidez de la determinacion de sus estructuras hay mas de 7 400 000 secuencias de proteinas disponibles en la base de datos de proteinas no redundante NCBI y menos de 52 000 estructuras 3D proteicas han sido resueltas y depositadas en el Banco de Datos de proteinas el repositorio principal sobre informacion estructural proteica 15 Uno de los objetivos principales de Rosetta home es predecir la estructura 3D de una proteina con la misma precision que los metodos existentes pero de manera que requiera mucho menos tiempo y dinero Rosetta home tambien desarrolla metodos para determinar la estructura de acoplamiento de las proteinas de membrana por ej GPCR que son excepcionalmente dificiles de analizar con cristalografia de rayos X y espectroscopia RMN sin embargo estas proteinas siguen siendo la mayoria de los objetivos de las drogas modernas 16 El desarrollo de los metodos de prediccion estructural proteico es evaluado semestralmente en el experimento Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction CASP en donde investigadores a lo largo del mundo intentan llegar a la estructura de una proteina a partir de la secuencia de aminoacidos de esta misma Los grupos de alto puntaje en este algunas veces competitivo experimento son considerados estandares de facto en la tecnica de prediccion estructural proteica Rosetta el programa el cual esta basado Roseta home ha sido usado desde CASP5 en el 2002 En el experimento CASP6 de 2004 Rosetta hizo historia siendo el primero en alcanzar niveles de resolucion atomico de la prediccion estructural de la proteina ab initio en su modelo presentado en el objetivo CASP T0281 17 El modelamiento ab initio es considerado una categoria especialmente dificil de poder predecir porque no usa informacion del alineamiento estructural y debe contar con informacion del alineamiento multiple de secuencia y de modelamiento de interacciones fisicas dentro de la proteina Rosetta home esta siendo usado en CASP desde el 2006 y estuvo entre los mejores predictores en todas las categorias en CASP7 18 19 20 Estas predicciones de alta calidad fueron posibles gracias a la potencia de computos de los voluntarios 21 El incremento de la potencia de computo permite a Rosetta home tomar mas muestras de regiones del espacio de configuracion las formas posibles que puede tener una proteina que de acuerdo a la paradoja de Levinthal se predice que sea de incremento exponencial con la longitud de la proteina Rosetta home se usa tambien en predicciones de acoplamiento proteina proteina que determina la estructura de multiples complejos proteicos o estructura cuaternaria Este tipo de interaccion de proteinas afectan varias funciones celulares incluyendo vinculos antigeno anticuerpo e inhibidores de enzimas e importacion y exportacion celular determinar estas interacciones es critico para el diseno de drogas Rosetta es usado en el experimento denominado Critical Assessment of Prediction of Interactions CAPRI que evalua el estado del arte del campo de acoplamiento de las proteinas similar a como CASP mide progresos en la prediccion de la estructura proteica La potencia de computo de Rosetta home ha sido citada como un factor importante en el rendimiento de este en CAPRI donde sus predicciones de acoplamiento han sido entre las mas exactas y completas 22 A principios de 2008 Rosetta fue usado para disenar informaticamente una proteina con una funcion nunca observada en la naturaleza 23 Fue inspirado en un articulo de alto nivel publicado en 2004 que describia originalmente el diseno computacional de una proteina con actividad enzimatica mejorada con respecto a su forma natural 24 El articulo desarrollado por el grupo de David Baker describe como puede ser hecha la proteina con los recursos disponibles por Rosetta home y representa una importante demostracion conceptual para este metodo de diseno 23 Este tipo de diseno de proteinas podria tener aplicaciones futuras en el descubrimiento de drogas quimica verde y biorremediacion Enfermedades abarcadas por la investigacion EditarAdemas de investigaciones sobre las predicciones basicas de estructuras proteicas diseno y acoplamiento Rosetta home es tambien usado en investigaciones relacionadas con enfermedades 25 En el boletin Rosetta home de David Baker se mencionan otros proyectos menores de investigacion 26 El mal de Alzheimer Editar Un componente del software Rosetta RosettaDesign fue usado para predecir con precision que regiones de las proteinas amiloidicas fuesen mas probables a generar fibrilas de caracter amiloide 27 Tomando hexapeptidos fragmentos de seis aminoacidos de una proteina de interes y seleccionando un modelo con la energia mas baja de una estructura similar a la de una fibrila conocida de forma de hexapeptido RossetaDesign fue capaz de identificar peptidos con dos veces la probabilidad de formar fibrilas que proteinas aleatorias 28 Rosetta home fue usado en el mismo estudio para predecir estructuras para Beta amiloides una proteina que forma fibrilas que se ha postulado que causan el mal de Alzheimer Se han hecho estudios sobre proteinas disenadas por Rosetta que podrian prevenir la formacion de estas fibrilas sin embargo se desconoce si este pudiese prevenir la enfermedad 29 Antrax carbunco Editar RosettaDock otro componente de Rosetta fue usado en conjunto con metodos experimentales para modelar las interacciones entre 3 proteinas factor letal LF factor edema EF y antigeno protectivo PA las toxinas que causan el carbunco o antrax maligno 30 31 32 el modelo computacional predice con precision los acoplamientos entre LF y PA ayudando a establecer que dominios de las respectivas proteinas se involucran en el complejo LF PA Esta revelacion fue eventualmente usada en investigaciones para mejorar las vacunas contra la enfermedad 33 34 Virus herpes simplex 1 Editar RossetaDock fue usado para modelar el acoplamiento entre un anticuerpo Inmunoglobulina G y una proteina superficial expresada por el virus del herpes simple 1 VHS 1 que sirve para degradar el anticuerpo antiviral El complejo proteico predicho por RosettaDock coincidio con los modelos experimentales que son particularmente dificiles de obtener por esto los principales investigadores concluyeron que el metodo de acoplamiento tiene el potencial de abordar algunos de los problemas que la cristalografia de rayos X tiene con el modelamiento de las interfaces proteina proteina 35 VIH HIV Editar Como parte de una investigacion subvencionada por 19 4 millones de dolares realizada por la fundacion Bill y Melinda Gates 36 Rosetta home ha sido usada para disenar multiples posibles vacunas para el virus de la inmunodeficiencia humana VIH 37 38 La malaria Editar En las investigaciones relacionadas con la iniciativa Grand Challenges in Global Health Articulo en Ingles 39 Rosetta tambien se ha ocupado para disenar informaticamente las proteinas endonucleasa homing que podria erradicar Anopheles gambiae o de otra manera hacer el mosquito incapaz de transmitir la malaria 40 Siendo capaz de modelar y alterar las interacciones entre la ADN y las proteinas tales como las endonucleasa homing le dan a los metodos de diseno proteico computacional como Rosetta un papel importante en terapias geneticas que incluye posibles tratamiento para el cancer 25 41 Historia del desarrollo y sus divisiones EditarIntroducido originalmente por el laboratorio Baker en 1998 como un enfoque ab initio a las predicciones estructurales 42 Rosetta se ha dividido en varias fuentes de desarrollo y distintos servicios El nombre de la plataforma Rosetta deriva de un artefacto egipcio antiguo denominado Piedra de Rosetta ya que intenta descifrar el significado estructural de las secuencias de aminoacidos de las proteinas Mas de 7 anos despues de la primera aparicion de Rosetta el proyecto Rosetta home fue publicado fuera de Beta el 6 de octubre de 2005 11 Muchos de los estudiantes de posgrado y otros investigadores involucrados en las etapas iniciales del desarrollo de Rosetta se han trasladados a otras universidades y centros de investigacion y posteriormente mejoraron diferentes partes del proyecto Rosetta RosettaDesign Editar Superposicion del modelo disenado por Rosetta rojo para Top7 sobre su estructura cristalografica de rayos X azul PDB ID 1QYS RosettaDesign es un enfoque computacional al diseno de proteinas basado en Rosetta RosettaDesign comenzo en el 2000 con un estudio en redisenar la via plegable de la proteina G 43 En 2002 RosettaDesign fue usado para disenar Top7 una proteina de 93 aminoacido a displaystyle alpha b displaystyle beta de largo que tiene un plegamiento nunca antes visto en la naturaleza 44 Esta nueva conformacion fue prevista por Rosetta con una precision RMSD de 1 2 A de la estructura determinada por la cristalografia de rayos X representando una prediccion estructural inusualmente exacta 45 Rosetta y RosettaDesign se ganaron un extenso reconocimiento por haber sido los primeros en disenar y predecir exactamente la estructura proteica de una proteina totalmente nueva y de tal longitud como fue reflejado en el articulo de 2002 describiendo el enfoque doble que incito dos letras positivas en la revista Science y siendo citada por mas de 240 articulos cientificos 46 47 El producto visible de la investigacion TOP7 fue destacada como la Molecula del Mes del Banco de Datos de proteinas en octubre de 2006 una superposicion de sus respectivos nucleos predichos residuos 60 79 con su estructura cristalografica de rayos X son parte del logo de Roseta home 48 Brian Khuhlman un postdoctoral ex afiliado del laboratorio de David Baker y ahora profesor afiliado en la Universidad de Carolina del Norte en Chapel Hill ofrece RosettaDesign como un servicio en linea 49 50 RosettaDock Editar RosettaDock fue agregado al paquete de software durante el primer experimento CAPRI como el algoritmo de prediccion para el acoplamiento proteina proteina del laboratorio Baker 51 En ese experimento RosettaDock hizo una prediccion altamente exacta para el acoplamiento entre la exotocina streptococcus pyogenes A y un canal b displaystyle beta receptor de celulas T y una prediccion medianamente exacta para un complejo entre el a displaystyle alpha amilasa porcina y un anticuerpo de los camelidos Aun cuando el metodo RosettaDock solo hizo dos predicciones aceptablemente exactas de las siete posibles esto fue suficiente para clasificarlo como numero siete de los diecinueve mejores metodos de prediccion en la primera prueba CAPRI 51 El desarrollo de RosettaDock divergio en dos divisiones para los encuentros CAPRI subsiguientes cuando Jeffrey Gray que establecio las bases para RosettaDock mientras su estadia en la Universidad de Washington continuo trabajando en el metodo en la Universidad Johns Hopkins 52 Los miembros del laboratorio Baker siguieron desarrollando RosettaDock en la ausencia de Gray Las dos versiones difieren ligeramente en el modelamiento de la cadena seleccion de senuelos y otros aspectos A pesar de estas diferencias los metodos Baker y Gray tuvieron un buen desempeno en la segunda prueba CAPRI ubicandose quinto y septimo respectivamente de 30 grupos de predictores 53 El servidor RosettaDock de Jefrey Gray esta disponible como un servicio de prediccion libre para uso no comercial 54 En octubre de 2006 RosettaDock fue integrado a Rosetta home El metodo ocupa una fase de modelo de acoplamiento crudo y rapido usando solamente la columna vertebral de la proteina Seguido por una fase de refinamiento entero y lento del atomo completo que consiste en optimizar las orientaciones de las dos proteinas interactuantes y las interacciones de las cadenas en la interfase proteina proteina para encontrar la conformacion de menor energia 55 La gran potencia de computos ofrecida por la red de Rosetta home en combinacion con las representaciones revisadas del arbol de plegamientos para la flexibilidad de la columna vertebral de la proteina y modelamientos ciclicos hicieron de RosettaDock sexto de 63 grupos de prediccion en la tercera prueba CAPRI 4 22 Robetta Editar El servidor Robetta es un servicio de prediccion estructural proteico automatizado ofrecido por el laboratorio Baker para el modelamiento ab initio y comparativo no comercial 56 Ha participado como un servidor de prediccion automatizado en el experimento semestral CASP desde CASP5 en 2002 desempenandose como uno de los mejores en la categoria servidores de prediccion automatizada 57 Robetta ha competido en CASP6 y 7 donde lo hizo mejor que el promedio entre los servidores automatizados y los grupos predictores humanos 20 58 59 Desde el CASP6 para el modelamiento de estructuras proteicas Robetta primero busca la estructura homologa usando BLAST PSI BLAST y 3D Jury luego analiza la secuencia objetivo en sus dominios individuales o independientemente en unidades plegables de proteinas igualando las secuencias a familias estructurales en la base de datos Pfam Los dominios con estructuras homologas siguen un protocolo de modelo basado en plantillas en otras palabras un modelamiento comparativo Aqui el programa de alineacion local del laboratorio Baker K Sync produce un grupo de secuencias homologas y cada una de estas es modelada por el metodo Rosetta de novo para producir un modelo La prediccion final es seleccionada tomando el modelo de menor energia determinado por una funcion de energia de baja resolucion Para los dominios que no tienen una estructura homologa detectada un protocolo de novo es seguido para cual el modelo con la energia mas baja de un conjunto de modelos es seleccionado como la prediccion final 60 Estas predicciones de dominio son luego conectadas para investigar interacciones interdominios de nivel terciario entre las proteinas Finalmente las contribuciones de cadenas son modeladas usando el metodo de Montecarlo En CASP8 Robetta fue ampliado para usar un metodo de refinamiento de atomo completo de alta resolucion 61 cuya ausencia fue citada como la causa principal del por que Robetta fue menos exacto que la red Rosetta home en CASP7 21 Foldit Editar El 9 de mayo de 2008 despues que los usuarios sugirieron una version interactiva del programa de computacion distribuida el laboratorio Baker publicamente distribuyo Foldit un juego de prediccion estructural en linea basada en la plataforma Rosetta 62 El 25 de septiembre de 2008 Foldit tuvo cerca de 59 000 usuarios registrados 63 El juego le da al usuario un juego de controles p ej agitar meneo reconstruir para manipular la columna vertebral y la cadena lateral de aminoacidos de la proteina objetivo a conformaciones energeticamente mas favorables Los usuarios pueden trabajar en soluciones individualmente como soloists o colectivamente como evolvers incrementando el puntaje bajo cualquier categoria al mejorar sus predicciones estructurales 64 Los usuarios pueden individualmente competir con otros usuarios en una especie de duelo en que el jugador con la estructura de menor energia despues de 20 movimientos gana Comparacion con otros proyectos de computacion distribuida EditarHay varios proyectos de computacion distribuida que han estudiado areas similares a la de Rosetta home pero difieren en sus enfoques investigativos Folding home Editar De todos los grandes proyectos de computacion distribuida en el area de investigacion de proteinas Folding home es el unico que no usa la plataforma BOINC 65 Ambos Rosetta home y Folding home investigan enfermades degenerativas de las proteinas por ej el mal de Alzheimer pero Folding home lo hace de forma mucho mas exclusiva 66 En lugar de usar metodos basados en diseno o en estructura para predecir por ejemplo comportamientos amiloidicos Folding home usa dinamica molecular para modelar como las proteinas se pliegan o potencialmente un plegamiento incorrecto 67 En otras palabras el fuerte de Folding home es modelar el proceso del plegamiento proteico mientras que el fuerte de Rosseta home es el diseno computacional de las proteinas y la prediccion de la estructura y acoplamiento proteico Los dos proyectos tambien difieren significativamente en su poder computacional y diversidad de hardware Promediando cerca de 9 3 petaFLOPS 9 300 teraFLOPS con hardwares que incluyen al PlayStation 3 y unidades de procesamiento grafico GPU 68 Folding home tiene cerca de 78 veces la potencia computacional de Rosetta home que promedia 120 teraFLOPS proviniendo exclusivamente de la CPU de los PCs 69 World Community Grid Editar Ambas la fase 1 como la fase 2 del Proyecto del Plegado del Proteoma Humano HPF un suproyecto del World Community Grid han usado el programa Rosetta para hacer anotaciones estructurales y funcionales de varios genomas Richard Bonneau jefe cientifico del Proyecto del Plegado del Proteoma Humano que ahora usa Rosetta para crear bases de datos para biologos estuvo activo en el desarrollo original de Rosetta en el laboratorio de David Baker mientras cursaba su doctorado 70 Mas informacion sobre la relacion entre HPF 1 HPF 2 y Rosetta home puede ser encontrada en el sitio web de Richard Bonneau 71 Predictor home Editar Asi como Rosetta home Predictor home se especializa en la prediccion estructural de las proteinas Predictor home tambien planea desarrollar nuevas areas para su plataforma de computacion distribuida para el diseno y acoplamiento de proteinas usando el paquete CHARMM para la dinamica molecular asimilandolo aun mas a Rosetta home 72 Rosetta home usa el programa Rosetta para su prediccion de estructura y Predictor home usa la metodologia dTASSER 73 Otros proyectos de computacion distribuida relacionado con las proteinas corriendo sobre BOINC son QMC home Docking home SIMAP y TANPAKU RALPH home el proyecto alfa de Rosetta home evalua nuevas versiones de aplicaciones unidades de trabajo workunits y actualizaciones antes de ser trasladadas a Rosetta home RALPH home tambien corren en BOINC 74 Contribuciones voluntarias Editar Grafico de barras que muestra el credito acumulativo diario para Rosetta home sobre un periodo de 60 dias indicando su poder de computo durante el experimento CASP8 Rosetta home depende del poder de computo donado por los miembros unidos al proyecto Para el 30 de noviembre de 2008 cerca de 47 000 usuarios de 161 paises eran miembros activos de Rosetta home contribuyendo juntos un tiempo de procesamiento ocioso proviniendo de cerca de 86 000 computadores para una rapidez de calculo promedio de 77 teraFLOPS 69 Para el 6 de junio de 2011 Rosetta home tiene 64 102 computadores activos juntos procesando a una rapidez promedio de 113 056 teraFLOPS 75 Los usuarios van obteniendo creditos BOINC como medida de sus contribuciones El credito obtenido por cada workunit es el numero de modelos producidos por tal workunit multiplicado por el credito promedio del todos los modelos enviados por todos los computadores para esa workunit Este sistema cliente fue disenado para tratar las significantes diferencias entre los creditos otorgados a usuarios ocupando el cliente estandar BOINC y un cliente BOINC optimizado y las diferencias de creditos otorgados entre los usuarios ejecutando Rosetta home en los sistemas operativos Linux y Windows 76 El monto de credito obtenido por segundo de trabajo de CPU para Rosetta home es por lo general menor que otros proyectos BOINC A pesar de esta desventaja Rosetta home esta quinto entre 40 proyectos BOINC en terminos de credito total 77 Los usuarios de Rosetta home que predicen estructuras proteicas enviadas al experimento CASP son dadas a conocer en publicaciones cientificas con respecto a los resultados 21 Los usuarios que predicen la estructura de energia mas baja para una unidad de trabajo workunit son destacados en la pagina de inicio de Rosetta home como el Predictor del dia junto con el equipo que este sea miembro 78 Un Usuario del Dia es elegido aleatoriamente cada dia para estar en la pagina de inicio con enlaces a su perfil de Rosetta home Vease tambien EditarProyecto de control de la malaria Rosetta home en YouTube Espanol Referencias Editar Portfolio Highlight Rosetta Software Suite UW TechTransfer Digital Ventures Consultado el 7 de septiembre de 2008 Baker lab Rosetta home overview Rosetta home Consultado el 2011 fechaacceso y mesacceso redundantes ayuda La referencia utiliza el parametro obsoleto mesacceso ayuda What is Rosetta home Rosetta home forums University of Washington Archivado desde el original el 13 de septiembre de 2008 Consultado el 7 de septiembre de 2008 a b Lensink MF Mendez R Wodak SJ December de 2007 Docking and scoring protein complexes CAPRI 3rd Edition Proteins 69 4 704 18 PMID 17918726 doi 10 1002 prot 21804 La referencia utiliza el parametro obsoleto mes ayuda Download BOINC client software BOINC University of California 2008 Consultado el 1 de diciembre de 2008 Rosetta home Recommended System Requirements Rosetta home University of Washington 2008 Archivado desde el original el 25 de septiembre de 2008 Consultado el 7 de octubre de 2008 Rosetta home FAQ work in progress message 10910 Rosetta home forums University of Washington 2006 Consultado el 7 de octubre de 2008 Kim DE 2005 Rosetta home Random Seed message 3155 Rosetta home forums University of Washington Consultado el 7 de octubre de 2008 Rosetta home Quick guide to Rosetta and its graphics Rosetta home University of Washington 2007 Archivado desde el original el 24 de septiembre de 2008 Consultado el 7 de octubre de 2008 BOINC User Manual BOINC Universidad de California en Berkeley Consultado el 29 de junio de 2011 a b Rosetta home News archive Rosetta home University of Washington 2010 Consultado el 4 de mayo de 2010 Kim DE 2008 Rosetta home Problems with minirosetta version 1 Message 51199 Rosetta home forums University of Washington Consultado el 7 de septiembre de 2008 a b Rosetta Commons RosettaCommons org 2008 Archivado desde el original el 15 de septiembre de 2008 Consultado el 7 de octubre de 2008 Bourne PE Helge W ed 2003 Structural Bioinformatics Hoboken NJ Wiley Liss ISBN 978 0471201991 OCLC 50199108 Yearly Growth of Protein Structures RCSB Protein Data Bank 2008 Archivado desde el original el 28 de septiembre de 2008 Consultado el 30 de noviembre de 2008 Baker D 2008 Rosetta home David Baker s Rosetta home journal message 55893 Rosetta home forums University of Washington Consultado el 7 de octubre de 2008 Rosetta home Research Overview Rosetta home University of Washington 2007 Archivado desde el original el 25 de septiembre de 2008 Consultado el 7 de octubre de 2008 Kopp J Bordoli L Battey JN Kiefer F Schwede T 2007 Assessment of CASP7 predictions for template based modeling targets Proteins 69 Suppl 8 38 56 PMID 17894352 doi 10 1002 prot 21753 Read RJ Chavali G 2007 Assessment of CASP7 predictions in the high accuracy template based modeling category Proteins 69 Suppl 8 27 37 PMID 17894351 doi 10 1002 prot 21662 a b Jauch R Yeo HC Kolatkar PR Clarke ND 2007 Assessment of CASP7 structure predictions for template free targets Proteins 69 Suppl 8 57 67 PMID 17894330 doi 10 1002 prot 21771 a b c Das R Qian B Raman S et al 2007 Structure prediction for CASP7 targets using extensive all atom refinement with Rosetta home Proteins 69 Suppl 8 118 28 PMID 17894356 doi 10 1002 prot 21636 a b Wang C Schueler Furman O Andre I et al December de 2007 RosettaDock in CAPRI rounds 6 12 Proteins 69 4 758 63 PMID 17671979 doi 10 1002 prot 21684 La referencia utiliza el parametro obsoleto mes ayuda a b Jiang L Althoff EA Clemente FR et al March de 2008 De novo computational design of retro aldol enzymes Science New York N Y 319 5868 1387 91 PMID 18323453 doi 10 1126 science 1152692 La referencia utiliza el parametro obsoleto mes ayuda Hayden EC 13 de febrero de 2008 Protein prize up for grabs after retraction Nature doi 10 1038 news 2008 569 Consultado el 9 de octubre de 2008 a b Disease Related Research Rosetta home University of Washington 2008 Archivado desde el original el 23 de septiembre de 2008 Consultado el 8 de octubre de 2008 Baker D 2008 Rosetta home David Baker s Rosetta home journal Rosetta home forums University of Washington Consultado el 7 de septiembre de 2008 Kuhlman B Baker D September de 2000 Native protein sequences are close to optimal for their structures Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 97 19 10383 8 PMC 27033 PMID 10984534 doi 10 1073 pnas 97 19 10383 La referencia utiliza el parametro obsoleto mes ayuda Thompson MJ Sievers SA Karanicolas J Ivanova MI Baker D Eisenberg D March de 2006 The 3D profile method for identifying fibril forming segments of proteins Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 103 11 4074 8 PMC 1449648 PMID 16537487 doi 10 1073 pnas 0511295103 La referencia utiliza el parametro obsoleto mes ayuda Baker D Rosetta home forum Publications on R H s Alzheimer s work message 54681 David Baker s Rosetta home journal University of Washington Consultado el 2011 fechaacceso y mesacceso redundantes ayuda La referencia utiliza el parametro obsoleto mesacceso ayuda Wang C Schueler Furman O Baker D May de 2005 Improved side chain modeling for protein protein docking Protein science a publication of the Protein Society 14 5 1328 39 PMC 2253276 PMID 15802647 doi 10 1110 ps 041222905 La referencia utiliza el parametro obsoleto mes ayuda Gray JJ Moughon S Wang C et al August de 2003 Protein protein docking with simultaneous optimization of rigid body displacement and side chain conformations Journal of molecular biology 331 1 281 99 PMID 12875852 La referencia utiliza el parametro obsoleto mes ayuda Schueler Furman O Wang C Baker D August de 2005 Progress in protein protein docking atomic resolution predictions in the CAPRI experiment using RosettaDock with an improved treatment of side chain flexibility Proteins 60 2 187 94 PMID 15981249 doi 10 1002 prot 20556 La referencia utiliza el parametro obsoleto mes ayuda Lacy DB Lin HC Melnyk RA et al November de 2005 A model of anthrax toxin lethal factor bound to protective antigen Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 102 45 16409 14 PMC 1283467 PMID 16251269 doi 10 1073 pnas 0508259102 La referencia utiliza el parametro obsoleto mes ayuda Albrecht MT Li H Williamson ED et al November de 2007 Human monoclonal antibodies against anthrax lethal factor and protective antigen act independently to protect against Bacillus anthracis infection and enhance endogenous immunity to anthrax Infection and immunity 75 11 5425 33 PMC 2168292 PMID 17646360 doi 10 1128 IAI 00261 07 La referencia utiliza el parametro obsoleto mes ayuda Sprague ER Wang C Baker D Bjorkman PJ June de 2006 Crystal structure of the HSV 1 Fc receptor bound to Fc reveals a mechanism for antibody bipolar bridging PLoS biology 4 6 e148 PMC 1450327 PMID 16646632 doi 10 1371 journal pbio 0040148 La referencia utiliza el parametro obsoleto mes ayuda Paulson Tom 19 de julio de 2006 Gates Foundation awards 287 million for HIV vaccine research Seattle Post Intelligencer Consultado el 7 de septiembre de 2008 Liu Y et al 2007 Development of IgG1 b12 scaffolds and HIV 1 env based outer domain immunogens capable of eliciting and detecting IgG1 b12 like antibodies PDF Global HIV Vaccine Enterprise Archivado desde el original el 25 de febrero de 2009 Consultado el 28 de septiembre de 2008 Baker D David Baker s Rosetta home journal archives message 40756 Rosetta home forums University of Washington Consultado el 7 de septiembre de 2008 Homing Endonuclease Genes New Tools for Mosquito Population Engineering and Control Grand Challenges in Global Health Consultado el 7 de septiembre de 2008 Windbichler N Papathanos PA Catteruccia F Ranson H Burt A Crisanti A 2007 Homing endonuclease mediated gene targeting in Anopheles gambiae cells and embryos Nucleic acids research 35 17 5922 33 PMC 2034484 PMID 17726053 doi 10 1093 nar gkm632 Ashworth J Havranek JJ Duarte CM et al June de 2006 Computational redesign of endonuclease DNA binding and cleavage specificity Nature 441 7093 656 9 PMID 16738662 doi 10 1038 nature04818 La referencia utiliza el parametro obsoleto mes ayuda Simons KT Bonneau R Ruczinski I Baker D 1999 Ab initio protein structure prediction of CASP III targets using ROSETTA Proteins Suppl 3 171 6 PMID 10526365 Nauli S Kuhlman B Baker D July de 2001 Computer based redesign of a protein folding pathway Nature structural biology 8 7 602 5 PMID 11427890 doi 10 1038 89638 La referencia utiliza el parametro obsoleto mes ayuda 1 Kuhlman B Dantas G Ireton GC Varani G Stoddard BL Baker D November de 2003 Design of a novel globular protein fold with atomic level accuracy Science New York N Y 302 5649 1364 8 PMID 14631033 doi 10 1126 science 1089427 La referencia utiliza el parametro obsoleto mes ayuda Jones DT November de 2003 Structural biology Learning to speak the language of proteins Science New York N Y 302 5649 1347 8 PMID 14631028 doi 10 1126 science 1092492 La referencia utiliza el parametro obsoleto mes ayuda von Grotthuss M Wyrwicz LS Pas J Rychlewski L June de 2004 Predicting protein structures accurately Science New York N Y 304 5677 1597 9 author reply 1597 9 PMID 15192202 doi 10 1126 science 304 5677 1597b La referencia utiliza el parametro obsoleto mes ayuda Articles citing Kuhlman et al 2003 Design of a novel globular protein fold with atomic level accuracy ISI Web of Science Consultado el 10 de julio de 2008 Kuhlman laboratory homepage Kuhlman Laboratory University of North Carolina Consultado el 7 de septiembre de 2008 RosettaDesign web server Kuhlman Laboratory University of North Carolina Archivado desde el original el 13 de septiembre de 2008 Consultado el 7 de septiembre de 2008 a b Gray JJ Moughon SE Kortemme T et al July de 2003 Protein protein docking predictions for the CAPRI experiment Proteins 52 1 118 22 PMID 12784377 doi 10 1002 prot 10384 La referencia utiliza el parametro obsoleto mes ayuda Daily MD Masica D Sivasubramanian A Somarouthu S Gray JJ 2005 CAPRI rounds 3 5 reveal promising successes and future challenges for RosettaDock Proteins 60 2 181 86 PMID 15981262 doi 10 1002 prot 20555 Archivado desde el original el 30 de junio de 2012 Consultado el 12 de diciembre de 2008 Mendez R Leplae R Lensink MF Wodak SJ 2005 Assessment of CAPRI predictions in rounds 3 5 shows progress in docking procedures Proteins 60 2 150 69 PMID 15981261 doi 10 1002 prot 20551 Archivado desde el original el 30 de junio de 2012 Consultado el 15 de diciembre de 2008 RosettaDock server Gray laboratory Johns Hopkins University Consultado el 7 de septiembre de 2008 Protein protein docking at Rosetta home Rosetta home forums University of Washington Consultado el 7 de septiembre de 2008 Robetta web server Baker laboratory University of Washington Consultado el 7 de septiembre de 2008 Aloy P Stark A Hadley C Russell RB 2003 Predictions without templates new folds secondary structure and contacts in CASP5 Proteins 53 Suppl 6 436 56 PMID 14579333 doi 10 1002 prot 10546 Tress M Ezkurdia I Grana O Lopez G Valencia A 2005 Assessment of predictions submitted for the CASP6 comparative modeling category Proteins 61 Suppl 7 27 45 PMID 16187345 doi 10 1002 prot 20720 Battey JN Kopp J Bordoli L Read RJ Clarke ND Schwede T 2007 Automated server predictions in CASP7 Proteins 69 Suppl 8 68 82 PMID 17894354 doi 10 1002 prot 21761 Chivian D Kim DE Malmstrom L Schonbrun J Rohl CA Baker D 2005 Prediction of CASP6 structures using automated Robetta protocols Proteins 61 Suppl 7 157 66 PMID 16187358 doi 10 1002 prot 20733 Baker D David Baker s Rosetta home journal message 52902 Rosetta home forums University of Washington Consultado el 7 de septiembre de 2008 Baker D David Baker s Rosetta home journal message 52963 Rosetta home forums University of Washington Consultado el 16 de septiembre de 2008 Foldit forums How many users does Foldit have Etc message 2 University of Washington Consultado el 27 de septiembre de 2008 Foldit Frequently Asked Questions fold it University of Washington Consultado el 19 de septiembre de 2008 Project list BOINC University of California Consultado el 8 de septiembre de 2008 Folding home FAQ Diseases Stanford University 2007 Archivado desde el original el 21 de septiembre de 2012 Consultado el 8 de septiembre de 2008 Folding home About Stanford University 2008 Consultado el 8 de septiembre de 2008 Client statistics by OS Stanford University Consultado el 1 de diciembre de 2008 a b de Zutter W Rosetta home Credit overview boincstats com Archivado desde el original el 7 de octubre de 2011 Consultado el 15 de septiembre de 2010 List of Richard Bonneau s publications Bonneau Lab New York University Archivado desde el original el 7 de julio de 2008 Consultado el 7 de septiembre de 2008 Bonneau R World Community Grid Message Board Posts Bonneau Lab New York University Consultado el 7 de septiembre de 2008 Predictor home Developing new application areas for P H The Brooks Research Group Consultado el 7 de septiembre de 2008 enlace roto disponible en Internet Archive vease el historial la primera version y la ultima Carrillo Tripp M 2007 dTASSER The Scripps Research Institute Archivado desde el original el 23 de septiembre de 2008 Consultado el 7 de septiembre de 2008 RALPH home website RALPH home forums University of Washington Consultado el 7 de septiembre de 2008 Rosetta home homepage Rosetta home University of Washington 2011 Consultado el 2011 Rosetta home The new credit system explained Rosetta home forums University of Washington 2006 Consultado el 8 de octubre de 2008 BOINCstats Project Credit Comparison boincstats com 2008 Archivado desde el original el 13 de septiembre de 2008 Consultado el 8 de octubre de 2008 Rosetta home Protein Folding Design and Docking Rosetta home University of Washington 2008 Consultado el 8 de octubre de 2008 Enlaces externos EditarRosetta home Pagina web oficial del proyecto Boletin Rosetta home de David Baker BOINC Incluye una descripcion general de la plataforma asi como una guia para la instalacion de BOINC con el agregado de Rosetta home BOINCstats Rosetta home Estadisticas detalladas de las contribuciones RALPH home Pagina web del proyecto alfa de Rosetta home Rosetta home en YouTube Video en YouTube con la descripcion general hecha por David Baker Rosetta Commons Plataforma academica colaborativa para el desarrollo de RosettaServicios de Rosetta en linea Editar Robetta Servidor de prediccion estructural proteico RosettaDesign Servidor de diseno proteico RosettaDock Servidor de acoplamiento proteina proteina Esta obra contiene una traduccion derivada de Rosetta home de la Wikipedia en ingles publicada por sus editores bajo la Licencia de documentacion libre de GNU y la Licencia Creative Commons Atribucion CompartirIgual 3 0 Unported Datos Q898343 Multimedia Rosetta homeObtenido de https es wikipedia org w index php title Rosetta home amp oldid 136639480, wikipedia, wiki, leyendo, leer, libro, biblioteca,

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