Top7 es una proteína artificial de 93 aminoácidos de largo, clasificada como una proteína de novo ya que fue diseñada por Brian Kuhlman y Gautam Dantas en el laboratorio de David Baker en la Universidad de Washington para tener un pliegue nunca antes visto en la naturaleza.[1] La proteína fue diseñada ab initio en un computador con la ayuda de algoritmos de predicción estructural proteica. La determinación de la estructura de rayos X de la proteína reveló que la estructura (PDB ID: 1QYS) era muy similar (1,2 Å RMSD) al modelo diseñado informáticamente. La estructura consiste en dos hélices alfa empaquetado en una beta-lámina de cinco varas anti-paralelas.
Superposición del modelo diseñado por Rosetta (rojo) para Top7 sobre su estructura cristalográfica de rayos X (azul, PDB ID: 1QYS).
Top7 fue presentada como la 'Molécula del Mes' por el Protein Data Bank (Banco de Datos de Proteínas) en octubre de 2005,[2] y una superposición de sus respectivos núcleos (residuos 60-79) de sus estructuras predichas y rayos X son presentadas en el logo de Rosetta@home.
Referencias
Kuhlman B, Dantas G, Ireton GC, Varani G, Stoddard BL, Baker D (21 de noviembre de 2003). «Design of a novel globular protein fold with atomic-level accuracy». Science302 (5649): 1364-1368. PMID 14631033. doi:10.1126/science.1089427.
«October 2005 molecule of the month: Designer proteins». RCSB Protein Data Bank. Consultado el 7 de septiembre de 2008.
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