Revisar las arquitecturas y organización de los dominios proteicos
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Nótese que una única proteína puede pertenecer a varias familias Pfam.
Pfam-A es la porción de la base de datos manualmente gestionada, y contiene alrededor de 9 000 entradas. Por cada una de ellas se almacena un alineamiento múltiple de secuencias de proteínas y un modelo oculto de Márkov. Estos modelos ocultos de Márkov pueden usarse para buscar en bases de datos de secuencias con el paquete HMMER. Puestos que estas entradas en Pfam-A no cubren todas las proteínas conocidas, se proporciona un suplemento generado automáticamente denominado Pfam-B. Pfam-B contiene un buen número de familias pequeñas derivadas de la base de datos PRODOM(enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).. Aunque de menor calidad, las familias Pfam-B pueden resultar útiles cuando no se encuentran familias Pfam-A.
La base de datos iPfam se construye sobre las descripciones de dominios de Pfam. Investiga si diferentes proteínas descritas conjuntamente en la base de datos PDB de estructura de proteínas se encuentran lo suficientemente cercanas para interactuar potencialmente.
Referencias
Finn RD, Mistry J, Schuster-Bockler B, Griffiths-Jones S, Hollich V, Lassmann T, Moxon S, Marshall M, Khanna A, Durbin R, Eddy SR, Sonnhammer EL, Bateman A (2006). «Pfam: clans, web tools and services». Nucleic Acids Res.34: D247-D251. PMID 16381856. doi:10.1093/nar/gkj149.
Finn RD, Marshall M, Bateman A (2005). «iPfam: visualization of protein-protein interactions in PDB at domain and amino acid resolutions». Bioinformatics21: 410-412. PMID 15353450. doi:10.1093/bioinformatics/bti011.
Bateman A, Coin L, Durbin R, Finn RD, Hollich V, Griffiths-Jones S, Khanna A, Marshall M, Moxon S, Sonnhammer EL, Studholme DJ, Yeats C, Eddy SR (2004). «The Pfam protein families database». Nucleic Acids Res. 32(Database issue): D138-D141. PMID 14681378. doi:10.1093/nar/gkh121.
Véase también
TrEMBL Base de datos que realiza anotaciones automatizadas sobre secuencias de proteínas
InterPro Integración de bases de datos de dominios y de familias proteicas
Enlaces externos
Pfam - Base de datos de familias de proteínas en el Sanger Institute, UK.
Pfam - Base de datos de familias de proteínas en el Janelia Farm Research Campus, USA.
- Base de datos de familias de proteínas en el Center for Genomics and Bioinformatics, Suecia.
- Interacciones de dominios Pfam en PDB.
Datos:Q906796
Agosto 27, 2021
pfam, base, datos, reúne, amplia, colección, alineamientos, múltiples, secuencias, modelos, ocultos, márkov, cubre, buena, parte, dominios, proteicos, familias, comunes, para, cada, familia, puede, alineamientos, múltiples, revisar, arquitecturas, organización. Pfam es una base de datos que reune una amplia coleccion de alineamientos multiples de secuencias y modelos ocultos de Markov que cubre buena parte de dominios proteicos y familias comunes Para cada familia en Pfam se puede Ver alineamientos multiples Revisar las arquitecturas y organizacion de los dominios proteicos Examinar la distribucion de especies Seguir enlaces a otras bases de datos Ver estructuras proteicas conocidasNotese que una unica proteina puede pertenecer a varias familias Pfam Pfam A es la porcion de la base de datos manualmente gestionada y contiene alrededor de 9 000 entradas Por cada una de ellas se almacena un alineamiento multiple de secuencias de proteinas y un modelo oculto de Markov Estos modelos ocultos de Markov pueden usarse para buscar en bases de datos de secuencias con el paquete HMMER Puestos que estas entradas en Pfam A no cubren todas las proteinas conocidas se proporciona un suplemento generado automaticamente denominado Pfam B Pfam B contiene un buen numero de familias pequenas derivadas de la base de datos PRODOM enlace roto disponible en Internet Archive vease el historial la primera version y la ultima Aunque de menor calidad las familias Pfam B pueden resultar utiles cuando no se encuentran familias Pfam A La base de datos iPfam se construye sobre las descripciones de dominios de Pfam Investiga si diferentes proteinas descritas conjuntamente en la base de datos PDB de estructura de proteinas se encuentran lo suficientemente cercanas para interactuar potencialmente Referencias EditarFinn RD Mistry J Schuster Bockler B Griffiths Jones S Hollich V Lassmann T Moxon S Marshall M Khanna A Durbin R Eddy SR Sonnhammer EL Bateman A 2006 Pfam clans web tools and services Nucleic Acids Res 34 D247 D251 PMID 16381856 doi 10 1093 nar gkj149 Finn RD Marshall M Bateman A 2005 iPfam visualization of protein protein interactions in PDB at domain and amino acid resolutions Bioinformatics 21 410 412 PMID 15353450 doi 10 1093 bioinformatics bti011 Bateman A Coin L Durbin R Finn RD Hollich V Griffiths Jones S Khanna A Marshall M Moxon S Sonnhammer EL Studholme DJ Yeats C Eddy SR 2004 The Pfam protein families database Nucleic Acids Res 32 Database issue D138 D141 PMID 14681378 doi 10 1093 nar gkh121 Vease tambien EditarTrEMBL Base de datos que realiza anotaciones automatizadas sobre secuencias de proteinas InterPro Integracion de bases de datos de dominios y de familias proteicasEnlaces externos EditarPfam Base de datos de familias de proteinas en el Sanger Institute UK Pfam Base de datos de familias de proteinas en el Janelia Farm Research Campus USA Pfam Base de datos de familias de proteinas en el Center for Genomics and Bioinformatics Suecia iPfam Interacciones de dominios Pfam en PDB Datos Q906796Obtenido de https es wikipedia org w index php title Pfam amp oldid 135067169, wikipedia, wiki, leyendo, leer, libro, biblioteca,
