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Centro Nacional para la Información Biotecnológica

El Centro Nacional para la Información Biotecnológica [1]​(en inglés: National Center for Biotechnology Information [NCBI]) es parte de la Biblioteca Nacional de Medicina de Estados Unidos, una rama de los Institutos Nacionales de Salud. Está localizado en Bethesda (Maryland) y fue fundado el 4 de noviembre de 1988 con la misión de ser una importante fuente de información de biología molecular. Almacena y constantemente actualiza la información referente a secuencias genómicas en GenBank, un índice de artículos científicos referentes a biomedicina, biotecnología, bioquímica, genética y genómica en PubMed, una recopilación de enfermedades genéticas humanas en OMIM, además de otros datos biotecnológicos de relevancia en diversas bases de datos.

Centro Nacional para la Información Biotecnológica
Tipo instituto de investigación, base de datos biológica y repositorio de datos
Fundación 4 de noviembre de 1988
Sede Bethesda (Estados Unidos)
Matriz Biblioteca Nacional de Medicina
Coordenadas 38°59′45″N 77°05′56″O / 38.995833333333, -77.098888888889
Sitio web www.ncbi.nlm.nih.gov

Todas las bases de datos del NCBI están disponibles en línea de manera gratuita, y son accesibles usando el buscador Entrez.

El NCBI ofrece además algunas herramientas bioinformáticas para el análisis de secuencias de ADN, ARN y proteínas, siendo BLAST una de las más usadas.

NCBI alberga genoma secuenciado en GenBank, y un índice de los artículos biomédicos de investigación en PubMed Central y PubMed, así como otra información relevante a la biotecnología . Todas estas bases de datos son accesibles en línea con el motor de búsqueda de Entrez.

El NCBI dirigido por David Lipman, uno de los autores originales del programa de alineación de secuencias BLAST y una figura extensamente respetada en bioinformática. También dirige un programa de investigación intramuros, incluyendo grupos dirigidos por Stephen Altschul (otro coautor de BLAST), David Landsman, y Eugene Koonin (autor prolífico sobre genómica comparativa).David Landsman se retiró de su cargo en 2017.[2]

GenBank

El NCBI ha tenido la responsabilidad de hacer accesible la base de datos de secuencias de ADN de GenBank desde 1992. [3]​ GenBank se coordina con laboratorios individuales y otras bases de datos de secuencias tales como las del European Molecular Biology Laboratory (EMBL) y la Base de Datos de ADN de Japón (DDBJ).

Desde 1992 , NCBI ha crecido para proporcionar otras bases de datos además de GenBank. NCBI proporciona Herencia Mendeliana en el Hombre en línea,[4]​ la Molecular Modeling Database (estructuras 3D de proteínas), dbSNP (una base de datos de polimorfismos de nucleótidos simples, la Unique Human Gene Sequence Collection, un mapa de genes del genoma humano, un buscador taxonómico, y se coordina con el Instituto Nacional del Cáncer para proporcionar el Cancer Genome Anatomy Project. El NCBI asigna un identificador único (número de identificación de la taxonomía) a cada especie de organismo.

Estantería de libros de NCBI

NCBI Bookshelf [5]​ es una colección de versiones en línea, de libre acceso y descargables, de libros biomédicos seleccionados. La estantería cubre una amplia gama de temas que incluyen biología molecular , bioquímica , biología celular , genética , microbiología , estados patológicos desde un punto de vista molecular y celular, métodos de investigación y virología . Algunos de los libros son versiones en línea de libros publicados anteriormente, mientras que otros, como Coffee Break , están escritos y editados por el personal de NCBI. Bookshelf es un complemento del repositorio Entrez PubMed de publicaciones revisadas por pares.

Herramienta básica de búsqueda de alineación local (BLAST)

BLAST es un algoritmo utilizado para calcular la similitud de secuencia entre secuencias biológicas como secuencias de nucleótidos de ADN y secuencias de aminoácidos de proteínas. [6]​BLAST es una herramienta poderosa para encontrar secuencias similares a la secuencia de consulta dentro del mismo organismo o en diferentes organismos( alineamiento de secuencias). Busca la secuencia de consulta en las bases de datos y servidores de NCBI y envía los resultados al navegador de la persona en el formato elegido. Las secuencias de entrada al BLAST están principalmente en formato FASTA o Genbank, mientras que la salida se puede entregar en una variedad de formatos como HTML, formato XML y texto sin formato. HTML es el formato de salida predeterminado para la página web de NCBI. Los resultados de NCBI-BLAST se presentan en formato gráfico con todos los aciertos encontrados, una tabla con identificadores de secuencia para los aciertos que tienen datos relacionados con la puntuación, junto con las alineaciones para la secuencia de interés y los aciertos recibidos con puntuaciones BLAST análogas para estos.

Entrez

El sistema de búsqueda cruzada de bases de datos de Entrez Global Query se utiliza en NCBI para todas las bases de datos principales, como secuencias de nucleótidos y proteínas, estructuras de proteínas, PubMed, taxonomía, genomas completos, OMIM y muchas otras. [10] Entrez es un sistema de indexación y recuperación que tiene datos de varias fuentes para la investigación biomédica. NCBI distribuyó la primera versión de Entrez en 1991, compuesta por secuencias de nucleótidos de PDB y GenBank., secuencias de proteínas de SWISS-PROT, GenBank, PRF, PDB traducidos y resúmenes y citas asociados de PubMed. Entrez está especialmente diseñado para integrar los datos de varias fuentes, bases de datos y formatos diferentes en un modelo de información uniforme y un sistema de recuperación que puede recuperar de manera eficiente las referencias, secuencias y estructuras relevantes.[7]

Gene

Gene se ha implementado en NCBI para caracterizar y organizar la información sobre genes. Sirve como un nodo principal en el nexo del mapa genómico, expresión, secuencia, función de la proteína, estructura y datos de homología. Se asigna un GeneID (identidad) único a cada registro genético que se puede seguir a través de ciclos de revisión. Los registros de genes para genes conocidos o predichos se establecen aquí y están demarcados por posiciones de mapa o secuencias de nucleótidos. Gene tiene varias ventajas sobre su predecesor, LocusLink, que incluyen una mejor integración con otras bases de datos en NCBI, un alcance taxonómico más amplio y opciones mejoradas de consulta y recuperación proporcionadas por el sistema Entrez.[8][9]

Véase también

Referencias

  1. Cañedo Andalia, Rubén; Rodríguez Labrada, Roberto; Vázquez Mojena, Yaimeé (2009-04-XX). «Centro Nacional para la Información Biotecnológica de los Estados Unidos: un palacio de la información para la medicina molecular». ACIMED 19 (4): 0-0. ISSN 1024-9435. Consultado el 19 de abril de 2021. 
  2. «National Library of Medicine Announces Departure of NCBI Director Dr. David Lipman». www.nlm.nih.gov. Consultado el 19 de abril de 2021. 
  3. «GenBank Overview». www.ncbi.nlm.nih.gov. Consultado el 19 de abril de 2021. 
  4. «Home - OMIM - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Consultado el 19 de abril de 2021. 
  5. «Home - Books - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Consultado el 19 de abril de 2021. 
  6. «Basic local alignment search tool». Journal of Molecular Biology (en inglés) 215 (3): 403-410. 5 de octubre de 1990. ISSN 0022-2836. doi:10.1016/S0022-2836(05)80360-2. Consultado el 19 de abril de 2021. 
  7. Ostell J. (2002). The NCBI Handbook, 2nd edition, Chapter 15, The Entrez Search and Retrieval System
  8. Maglott D. Pruitt K. & Tatusova T. (2005). The NCBI Handbook, 2nd edition, Chapter 19, Gene: A Directory of Genes
  9. Brown, Garth R.; Hem, Vichet; Katz, Kenneth S.; Ovetsky, Michael; Wallin, Craig; Ermolaeva, Olga; Tolstoy, Igor; Tatusova, Tatiana et al. (28 de enero de 2015). «Gene: a gene-centered information resource at NCBI». Nucleic Acids Research 43 (Database issue): D36-D42. ISSN 0305-1048. PMC 4383897. PMID 25355515. doi:10.1093/nar/gku1055. Consultado el 19 de abril de 2021. 

Enlaces externos

  • Repositorio de bases de datos Biológicas
  • Sitio web oficial del NCBI
  • NCBI BLAST
  • Entrez
  • Entrez PubMed
  • Entrez OMIM
  •   Datos: Q82494
  •   Multimedia: National Center for Biotechnology Information
  •   Especies: National Center for Biotechnology Information

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El Centro Nacional para la Informacion Biotecnologica 1 en ingles National Center for Biotechnology Information NCBI es parte de la Biblioteca Nacional de Medicina de Estados Unidos una rama de los Institutos Nacionales de Salud Esta localizado en Bethesda Maryland y fue fundado el 4 de noviembre de 1988 con la mision de ser una importante fuente de informacion de biologia molecular Almacena y constantemente actualiza la informacion referente a secuencias genomicas en GenBank un indice de articulos cientificos referentes a biomedicina biotecnologia bioquimica genetica y genomica en PubMed una recopilacion de enfermedades geneticas humanas en OMIM ademas de otros datos biotecnologicos de relevancia en diversas bases de datos Centro Nacional para la Informacion BiotecnologicaTipoinstituto de investigacion base de datos biologica y repositorio de datosFundacion4 de noviembre de 1988SedeBethesda Estados Unidos MatrizBiblioteca Nacional de MedicinaCoordenadas38 59 45 N 77 05 56 O 38 995833333333 77 098888888889Sitio webwww ncbi nlm nih gov editar datos en Wikidata Todas las bases de datos del NCBI estan disponibles en linea de manera gratuita y son accesibles usando el buscador Entrez El NCBI ofrece ademas algunas herramientas bioinformaticas para el analisis de secuencias de ADN ARN y proteinas siendo BLAST una de las mas usadas NCBI alberga genoma secuenciado en GenBank y un indice de los articulos biomedicos de investigacion en PubMed Central y PubMed asi como otra informacion relevante a la biotecnologia Todas estas bases de datos son accesibles en linea con el motor de busqueda de Entrez El NCBI dirigido por David Lipman uno de los autores originales del programa de alineacion de secuencias BLAST y una figura extensamente respetada en bioinformatica Tambien dirige un programa de investigacion intramuros incluyendo grupos dirigidos por Stephen Altschul otro coautor de BLAST David Landsman y Eugene Koonin autor prolifico sobre genomica comparativa David Landsman se retiro de su cargo en 2017 2 Indice 1 GenBank 2 Estanteria de libros de NCBI 3 Herramienta basica de busqueda de alineacion local BLAST 4 Entrez 5 Gene 6 Vease tambien 7 Referencias 8 Enlaces externosGenBank EditarArticulo principal GenBank El NCBI ha tenido la responsabilidad de hacer accesible la base de datos de secuencias de ADN de GenBank desde 1992 3 GenBank se coordina con laboratorios individuales y otras bases de datos de secuencias tales como las del European Molecular Biology Laboratory EMBL y la Base de Datos de ADN de Japon DDBJ Desde 1992 NCBI ha crecido para proporcionar otras bases de datos ademas de GenBank NCBI proporciona Herencia Mendeliana en el Hombre en linea 4 la Molecular Modeling Database estructuras 3D de proteinas dbSNP una base de datos de polimorfismos de nucleotidos simples la Unique Human Gene Sequence Collection un mapa de genes del genoma humano un buscador taxonomico y se coordina con el Instituto Nacional del Cancer para proporcionar el Cancer Genome Anatomy Project El NCBI asigna un identificador unico numero de identificacion de la taxonomia a cada especie de organismo Estanteria de libros de NCBI EditarNCBI Bookshelf 5 es una coleccion de versiones en linea de libre acceso y descargables de libros biomedicos seleccionados La estanteria cubre una amplia gama de temas que incluyen biologia molecular bioquimica biologia celular genetica microbiologia estados patologicos desde un punto de vista molecular y celular metodos de investigacion y virologia Algunos de los libros son versiones en linea de libros publicados anteriormente mientras que otros como Coffee Break estan escritos y editados por el personal de NCBI Bookshelf es un complemento del repositorio Entrez PubMed de publicaciones revisadas por pares Herramienta basica de busqueda de alineacion local BLAST EditarArticulo principal BLAST BLAST es un algoritmo utilizado para calcular la similitud de secuencia entre secuencias biologicas como secuencias de nucleotidos de ADN y secuencias de aminoacidos de proteinas 6 BLAST es una herramienta poderosa para encontrar secuencias similares a la secuencia de consulta dentro del mismo organismo o en diferentes organismos alineamiento de secuencias Busca la secuencia de consulta en las bases de datos y servidores de NCBI y envia los resultados al navegador de la persona en el formato elegido Las secuencias de entrada al BLAST estan principalmente en formato FASTA o Genbank mientras que la salida se puede entregar en una variedad de formatos como HTML formato XML y texto sin formato HTML es el formato de salida predeterminado para la pagina web de NCBI Los resultados de NCBI BLAST se presentan en formato grafico con todos los aciertos encontrados una tabla con identificadores de secuencia para los aciertos que tienen datos relacionados con la puntuacion junto con las alineaciones para la secuencia de interes y los aciertos recibidos con puntuaciones BLAST analogas para estos Entrez EditarArticulo principal Entrez El sistema de busqueda cruzada de bases de datos de Entrez Global Query se utiliza en NCBI para todas las bases de datos principales como secuencias de nucleotidos y proteinas estructuras de proteinas PubMed taxonomia genomas completos OMIM y muchas otras 10 Entrez es un sistema de indexacion y recuperacion que tiene datos de varias fuentes para la investigacion biomedica NCBI distribuyo la primera version de Entrez en 1991 compuesta por secuencias de nucleotidos de PDB y GenBank secuencias de proteinas de SWISS PROT GenBank PRF PDB traducidos y resumenes y citas asociados de PubMed Entrez esta especialmente disenado para integrar los datos de varias fuentes bases de datos y formatos diferentes en un modelo de informacion uniforme y un sistema de recuperacion que puede recuperar de manera eficiente las referencias secuencias y estructuras relevantes 7 Gene EditarGene se ha implementado en NCBI para caracterizar y organizar la informacion sobre genes Sirve como un nodo principal en el nexo del mapa genomico expresion secuencia funcion de la proteina estructura y datos de homologia Se asigna un GeneID identidad unico a cada registro genetico que se puede seguir a traves de ciclos de revision Los registros de genes para genes conocidos o predichos se establecen aqui y estan demarcados por posiciones de mapa o secuencias de nucleotidos Gene tiene varias ventajas sobre su predecesor LocusLink que incluyen una mejor integracion con otras bases de datos en NCBI un alcance taxonomico mas amplio y opciones mejoradas de consulta y recuperacion proporcionadas por el sistema Entrez 8 9 Vease tambien EditarNIH PubMed OMIM MedlineReferencias Editar Canedo Andalia Ruben Rodriguez Labrada Roberto Vazquez Mojena Yaimee 2009 04 XX Centro Nacional para la Informacion Biotecnologica de los Estados Unidos un palacio de la informacion para la medicina molecular ACIMED 19 4 0 0 ISSN 1024 9435 Consultado el 19 de abril de 2021 National Library of Medicine Announces Departure of NCBI Director Dr David Lipman www nlm nih gov Consultado el 19 de abril de 2021 GenBank Overview www ncbi nlm nih gov Consultado el 19 de abril de 2021 Home OMIM NCBI www ncbi nlm nih gov Consultado el 19 de abril de 2021 Home Books NCBI www ncbi nlm nih gov Consultado el 19 de abril de 2021 Basic local alignment search tool Journal of Molecular Biology en ingles 215 3 403 410 5 de octubre de 1990 ISSN 0022 2836 doi 10 1016 S0022 2836 05 80360 2 Consultado el 19 de abril de 2021 Ostell J 2002 The NCBI Handbook 2nd edition Chapter 15 The Entrez Search and Retrieval System Maglott D Pruitt K amp Tatusova T 2005 The NCBI Handbook 2nd edition Chapter 19 Gene A Directory of Genes Brown Garth R Hem Vichet Katz Kenneth S Ovetsky Michael Wallin Craig Ermolaeva Olga Tolstoy Igor Tatusova Tatiana et al 28 de enero de 2015 Gene a gene centered information resource at NCBI Nucleic Acids Research 43 Database issue D36 D42 ISSN 0305 1048 PMC 4383897 PMID 25355515 doi 10 1093 nar gku1055 Consultado el 19 de abril de 2021 Se sugiere usar numero autores ayuda Enlaces externos EditarRepositorio de bases de datos Biologicas Sitio web oficial del NCBI NCBI BLAST Entrez Entrez PubMed Entrez OMIM Datos Q82494 Multimedia National Center for Biotechnology Information Especies National Center for Biotechnology Information Obtenido de https es wikipedia org w index php title Centro Nacional para la Informacion Biotecnologica amp oldid 138820864, wikipedia, wiki, leyendo, leer, libro, biblioteca,

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