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Variantes de SARS-CoV-2

Agosto 09, 2021

Nomenclaturas y actividad

Tabla de Correspondencias de las Nomenclaturas de SARS-CoV-2[nota 1]​
Sublinajes de Rambaut et al. Notas (Rambaut et al.)[1]​ Clados de Nextstrain Clados de GISAID Variantes o mutaciones notables
A.1–A.6 19B S
B.3–B.7, B.9, B.10, B.13–B.16 19A L
O[nota 2]​
B.2 V
B.1 B.1.5–B.1.72 20A G El linaje B.1 incluye a las variantes con la mutación D614G
B.1.9, B.1.13, B.1.22, B.1.26, B.1.37 GH
B.1.3–B.1.66 20C Incluye 501.V2 alias 20C/501Y.V2 o linaje B.1.351
B.1.1 20B GR Incluye VOC-202012/01 alias 20B/501Y.V1 o linaje B.1.1.7, B.1.1.207 y B.1.1.284
B.1.177 20A.EU1[2]​ GV[nota 2]​

Si bien hay muchos miles de variantes de SARS-CoV-2,[4]​ también hay agrupaciones mucho más grandes llamados clados. Se han propuesto varias nomenclaturas para los diferentes clados del SARS-CoV-2, pero no se ha aceptado universalmente ninguna nomenclature para los linajes evolucionarios de SARS-CoV-2,[5]​ pero a enero de 2021, la OMS está trabajando en un "estándar de nomenclatura para las variantes de [SARS-CoV-2] que no haga referencia la localización geográfica".[6]​ .

Si bien hay muchos miles de variantes del SARS-CoV-2,[7]​ los subtipos del virus pueden ser puestos en agrupaciones mucho más grandes como linajes o clados. Se han propuesto varias nomenclaturas diferentes para estos subtipos.

  • Hasta diciembre de 2020, GISAID—refiriéndose al SARS-CoV-2 como hCoV-19[8]​— identificó siete clados (O, S, L, V, G, GH y GR).[9]​ [10]​
  • También hasta diciembre de 2020, Nextstrain identificó cinco (19A, 19B, 20A, 20B, and 20C).[11]​
  • En un artículo de la edición de noviembre de 2020 de la International Journal of Infectious Diseases, Guan et al. identificaron cinco clados globales (G614, S84, V251, I378 and D392).[12]​
  • Rambaut et al. propusieron que se empleen los linajes para los subtipos de SARS-CoV-2 en un artículo de 2020 en Nature Microbiology;[13]​ Hasta diciembre de 2020, se han identificado dos linajes raíz (A y B) de los que descienden otros con evidencia filogenética a los que se les asigna un valor numérico (ej. linajes A.1 o B.2), estableciéndose en conjunto cinco linajes principales (A, B, B.1, B.1.1 y B.1.177).[14]​ A principios de 2020, B.1 es el linajes gobal predominantemente conocido y ha sido subdividido en más de 70 sublinajes.

Un linaje activo es aquel que se ha documentado en el último mes y uno inactivo es el que no ha sido visto durante más de tres meses.

Nueva nomenclatura de la OMS

A partir del 31 de mayo del 2021 se decide utilizar el alfabeto griego para denominar a las variantes de COVID19, uno de los argumentos es desestigmatizar el vínculo de la variante con el país en donde se descubrió.[15]​

Variante de interés y variante preocupante

La aparición de variantes que suponían un mayor riesgo para la salud pública mundial, a finales de 2020, hizo que se empezaran a utilizar las categorías específicas de «variante de interés» (VOI) y «variante preocupante» (VOC), con el fin de priorizar el seguimiento y la investigación a escala mundial y, en última instancia, orientar la respuesta a la pandemia de COVID-19.[16]​

Variante de interés

Son consideradas variantes de interés (VOI, por sus siglas en inglés) aquellas que presentan cambios en el genoma que, según se ha demostrado o se prevé, afectan a características del virus como su transmisibilidad, la gravedad de la enfermedad que causa y su capacidad para escapar a la acción del sistema inmunitario, ser detectado por medios diagnósticos o ser atacado por medicamentos; y según se ha comprobado, dan lugar a una transmisión significativa en medio extrahospitalario o causan varios conglomerados de COVID-19 en distintos países, con una prevalencia relativa creciente y ocasionando números cada vez mayores de casos con el tiempo, o bien que presentan, aparentemente, otras características que indiquen que pueden entrañar un nuevo riesgo para la salud pública mundial.

Variante preocupante

Las variantes preocupantes (VOC, por sus siglas en inglés) son aquellas que cumplen con los criterios para ser definidas como variantes de interés, pero que, tras una evaluación comparativa, se ha demostrado que está asociada a uno o más de los siguientes cambios en un grado que resulte significativo para la salud pública mundial:

Aumento de la transmisibilidad o cambio perjudicial en la epidemiología de la COVID-19; o Aumento de la virulencia o cambio en la presentación clínica de la enfermedad; o Disminución de la eficacia de las medidas sociales y de salud pública o de los medios de diagnóstico, las vacunas y los tratamientos disponibles.


Variantes notables

501.V2

Artículo principal: 501.V2

La variante 501.V2, también conocida como linaje 501Y.V2,[17]​ 20C/501Y.V2 ó B.1.351, fue detectada por primera vez en Sudáfrica y notificada por el Departamento de Salud de Sudáfrica el 18 de diciembre de 2020.[18]​ Los investigadores y funcionarios informaron que la prevalencia de la variante era mayor entre los jóvenes sin condiciones de salud subyacentes y, en comparación con otras variantes, conlleva de manera más frecuente a enfermedad grave en esos casos.[19]​[20]​ El Departamento de Salud de dicho país también puntualizó que la variante puede estar impulsando la segunda ola de la pandemia de COVID-19 en el país debido a que se propaga a un ritmo más rápido que otras variantes anteriores del virus.[18]​[19]​

Los científicos observaron que la variante posee varias mutaciones que le permiten unirse más fácilmente a las células humanas debido a las siguientes tres mutaciones en el dominio de unión al receptor (RBD) en la glicoproteína de la espícula viral (spike): N501Y,[18]​[21]​ K417N y E484K.[22]​[23]​ También se ha detectado la mutación N501Y en el Reino Unido.[18]​[24]​

Clúster 5

Artículo principal: Cluster 5

El Cluster 5, también denominado ΔFVI-spike por el Instituto Serológico Estatal Danés (SSI),[25]​ fue descubierto en el norte de Jutlandia en Dinamarca y se cree que se transmitió de visones a humanos a través de granjas de visones. El 4 de noviembre de 2020, se anunció que la población de visones en Dinamarca sería sacrificada para prevenir la posible propagación de esta mutación y reducir el riesgo de que ocurran nuevas mutaciones. Se implementaron restricciones de viaje y cuarentena en siete municipios del norte de Jutlandia para prevenir la posible propagación de esta mutación, lo que pudo haber comprometido las respuestas nacionales o internacionales a la pandemia de COVID-19. Para el 5 de noviembre de 2020, se habían detectado unos 214 casos humanos relacionados con el visón.[26]​

La Organización Mundial de la Salud (OMS) ha indicado que el clúster 5 posee una "sensibilidad moderadamente disminuida a los anticuerpos neutralizantes".[27]​ El SSI advirtió que la mutación podría reducir el efecto de las vacunas COVID-19 en desarrollo, aunque era muy poco probable que las vuelva ineficaces. En consecuencia a la cuarentena y la aplicación de pruebas masivas, el SSI anunció el 19 de noviembre de 2020 que era muy probable que el Cluster 5 se hubiera extinguido por completo.[28]​

Linaje B.1.1.207

La secuenciación realizada por el Centro Africano de Excelencia para la Genómica de Enfermedades Infecciosas en Nigeria descubrió una variante con la mutación P681H, compartida en común con VOC-202012/01. Secuenciada por primera vez en agosto de 2020,[29]​ las implicaciones para la transmisión y la virulencia no están claras, pero ha sido catalogada como una variante emergente por los Centros para el Control de Enfermedades de EE. UU.[30]​ No comparte otras mutaciones con VOC-202012/01 y para finales de diciembre de 2020, esta variante representó alrededor del 1% de los genomas virales secuenciados en Nigeria, aunque esto puede aumentar.[29]​

Variante de Preocupación 202012/01

Artículo principal: VUI-202012/01

La VUI-202012/01|Variante de Preocupación 202012/01 (VOC-202012/01),[31]​ previamente conocida como la primera Variante En Investigación en Diciembre de 2020 (VUI – 202012/01)[32]​ y también como linaje B.1.1.7 ó 20B/501Y.V1,[1]​[17]​[33]​ y comúnmente como Variante británica ,se detectó por primera vez en octubre de 2020 durante la pandemia de COVID-19 en el Reino Unido a partir de una muestra tomada el mes anterior.[34]​ Desde ese entonces, sus odds de prevalencia se han duplicado cada 6.5 días, el presunto intervalo generacional —tiempo mínimo para generar descendencia—.[35]​[36]​ Este se correlaciona con un aumento significativo en la tasa de infección por COVID-19 en el Reino Unido, asociado en parte con la mutación N501Y.

Linaje B.1.1.248

Artículo principal: B.1.1.248

El linaje B.1.1.248, o variante P1[37]​ o brasileña,[38]​ fue detectado en Tokio el 6 de enero de 2021 por el Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas (NIID) y se encontró en cuatro personas que llegaron a Tokio tras viajar desde el estado de Amazonas el 2 de enero de 2021.[39]​ La Fundación Oswaldo Cruz —una institución estatal brasileña—, ha confirmado la suposición de que la variante estaba circulando en la selva amazónica.[40]​

Esta variante de SARS-CoV-2 tiene 12 mutaciones en su proteína spike, incluidas N501Y y E484K.[41]​

Una prepublicación de un artículo de Carolina M. Voloch et al. identificó un nuevo linaje de SARS-CoV-2, 'B.1.1.248', en circulación en Brasil, que se originó de B.1.1.28. Descrito por primera vez como "emergente" en julio de 2020 y fue detectado en octubre del mismo año, pero a partir de la fecha de la publicación (diciembre de 2020), aumentó significativamente en frecuencia, aunque limitándose aún en gran medida a la capital estatal de Río de Janeiro.[42]​ En mayo, la mayoría de sus muestras habían pertenecido al linaje B.1.1.33, mientras que en septiembre, hubo una diseminación significativa de B.1.1.28, y durante octubre y noviembre el linaje de la variante novedosa (B.1.1.248) predomino sobre otras 3 y 4 clasificaciones, respectivamente con el empleo de la herramienta Pangolin.[43]​ El documento identifica la mutación E484K (presente tanto en B.1.1.28 como en B.1.1.248) como "ampliamente extendida" entre las muestras (por ejemplo, en 36 de las 38 muestras en un conjunto de las mismas).[43]​

Linaje B.1.617

Artículo principal: B.1.617

El linaje B.1.617, también conocida como VUI (Variant Under Investigation)-21APR-01,[44]​ fue inicialmente identificada en la India el 5 de octubre del 2020 (de acuerdo a Professor Sharon Peacock, PhD, CBE, FMedSci, Director of the COVID-19 Genomics UK Consortium),​[45]​ y es una variante con doble mutación.[46]​[47]​[48]​

Mutaciones notables

D614G

D614G es una mutación con cambio de sentido que afecta la proteína de la espícula del SARS-CoV-2, detectada en Malasia.[49]​[50]​. La frecuencia de esta mutación en la población viral ha aumentado durante la pandemia. La G (glicina) ha reemplazado al D (ácido aspártico) en muchos países, especialmente en Europa, aunque más lentamente en China y el resto de Asia oriental, lo que respalda la hipótesis de que G aumenta la tasa de transmisión, lo que es consistente con títulos virales e infectividad más altos in vitro.[51]​ En julio de 2020, se informó que la variante SARS-CoV-2 DG14G se había convertido en la forma dominante (y por ende, más infecciosa) en ese momento de la pandemia.[52]​[53]​[54]​[55]​ La agencia de Salud Pública de Inglaterra confirmó que la mutación D614G tenía un "efecto moderado sobre la transmisibilidad" y se estaba rastreando internacionalmente.[56]​

La prevalencia global de D614G se correlaciona con la prevalencia de pérdida del olfato (anosmia) como síntoma de COVID-19, posiblemente mediada por una mayor unión de la variante G al receptor ACE2 o una mayor estabilidad proteica y, por tanto, una mayor infectividad del epitelio olfativo.[57]​

Las variantes que contienen la mutación G se consideran parte del clado G por GISAID[51]​ y parte del clado B.1 por la herramienta Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak LINeages (PANGOLIN).[58]​

E484K

Se ha informado que E484K es una "mutación de escape" (es decir, una mutación que mejora la capacidad de un virus para evadir el sistema inmunológico del huésped ) de al menos una forma de anticuerpo monoclonal contra SARS-CoV-2, lo que indica que puede haber un "posible cambio en la antigenicidad".[38]​ B.1.1.248 (Brasil/Japón) y 501.V2 (Sudáfrica) exhiben esta mutación.[38]​ El nombre de la mutación, E484K, se refiere a un intercambio mediante el cual el ácido glutámico (E) se reemplaza por lisina (K) en la posición 484.[59]​

N501Y

N501Y denota un cambio de asparagina (N) a tirosina (Y) en la posición del aminoácido 501,[56]​ la agencia de Salud Pública de Inglaterra asume que ello aumenta la afinidad de unión debido a su posición en el dominio de unión al receptor de la glicoproteína espicular, que se une a la ACE2 en las células humanas;[60]​ los datos también apoyan la hipótesis de una mayor afinidad de unión a partir de este cambio.[60]​ Las variantes con N501Y incluyen a B.1.1.248 (Brasil/Japón),[38]​ Variante de Preocupación 202012/01 (Reino Unido), 501.V2 (Sudáfrica) y una variante de Columbus, Ohio, que se convirtió en la forma dominante del virus en Columbus a finales de diciembre de 2020 y en enero de 2021. Esta última se denominó COH.20G/501Y y parece haber evolucionado independientemente de otras variantes.[61]​[62]​

S477G/N

Una región altamente flexible en el dominio de unión al receptor (RBD) del SARS-CoV-2, comenzando desde el residuo 475 y continuando hasta el residuo 485, se identificó utilizando métodos bioinformáticos y estadísticos en varios estudios. La Universidad de Graz[63]​ y la empresa de biotecnología Innophore[64]​ han demostrado en una publicación reciente que, estructuralmente, la posición S477 muestra la mayor flexibilidad entre ellas. [ Al mismo tiempo, S477 es hasta ahora el residuo de aminoácido intercambiado con mayor frecuencia en los RBD de mutantes de SARS-CoV-2. Mediante el uso de simulaciones de dinámica molecular de RBD durante el proceso de unión a ACE2, se ha demostrado que tanto S477G como S477N fortalecen la unión del pico de SARS-CoV-2 con el receptor ACE2. El desarrollador de vacunas BioNTech hizo referencia a este intercambio de aminoácidos como relevante con respecto al diseño futuro de la vacuna en una preimpresión publicada en febrero de 2021.

P681H

En enero de 2021, los científicos informaron en una preimpresión que la mutación 'P681H', un rasgo característico de las nuevas variantes significativas del SARS-CoV-2 detectadas en el Reino Unido (B.1.1.7) y Nigeria (B.1.1.207), muestra un aumento exponencial significativo en la frecuencia mundial, similar al 'D614G' que ahora prevalece en todo el mundo.

Sumario

 
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Primera detección Clasificación de Rambaut Clasificación de la OMS Sinonimia Clado GISAID Mutaciones destacadas Cambios clínicos Diseminación
Ubicación Fecha Transmisibilidad Severidad Antigenicidad
  Nigeria Agosto 2020 B.1.1.207 - - GR P681H[30]​   Sin evidencia de cambio   Sin evidencia de cambio   Sin evidencia de cambio Indeterminada
  Reino Unido Octubre 2020 B.1.1.7 Alfa VOC-202012/01
20B/501Y.V1 		GR N501Y[60]​
69–70del[60]​
P681H[60]​ 		  Entre un 45% y un 90% más contagiosa   Entre un 30% y un 104% más mortal que la versión de Wuhan   Reducción poco significativa Global
  Dinamarca Noviembre 2020 - Cluster 5
ΔFVI-spike (SSI)[25]​ 		- - Y453F[25]​
69-70deltaHV[25]​ 		  Sin evidencia de cambio   Sin evidencia de cambio   "Sensibilidad moderadamente disminuida a los anticuerpos neutralizantes"[27]​ Probablemente extinta[28]​
  Sudáfrica Diciembre 2020 B.1.351 Beta 501.V2
20C/501Y.V2 		GH N501Y
K417N
E484K[23]​ 		  Entre un 20 y un 50% más contagiosa   Sin evidencia de cambio Sin evidencia contudente Internacional
  Japón-
  Brasil 		Enero 2021 B.1.1.248 Gamma - - N501Y
E484K[41]​[43]​ 		Evidencia de una mayor transmisibilidad   Evidencia de una mayor mortalidad Sin evidencia contudente Global
  India-
  Pakistán 		Marzo 2021 B.1.617 Delta (B1.617.2) y Kappa (B1.617.1) - - E484Q
L425R[65]​[66]​ 		Evidencia de una mayor transmisibilidad   Evidencia de una mayor mortalidad Sin evidencia contudente Global
  Tailandia Marzo 2021 B.1.825 - - - S884P
C019T[67]​ 		  Entre un 20 y 50% más contagiosa   Evidencia de una mayor transmisibilidad Sin evidencia contudente Muy intermedio
  España Abril 2021 AC.02 - - - N177H
X411Y[68]​ 		  Entre un 35 y 90% más vacuna   Evidencia de una previo sobre evidencia de virulencia Sin evidencia variante de responsabilidades de virulencia Debilidad internacional
  Alemania Abril 2021 AC.1120 - - - D221E
A201E[69]​ 		  Virus a la variante alemana   Poner en cuarentena eres esta transibilidad de virus Sin evidencia variante de responsabilidades de virulencia Debilidad internacional
  Países Bajos Mediados de abril de 2021 B.1.924 - - - F616Y
W515P[70]​ 		  Virus a la variante alemana   Poner en cuarentena eres esta transibilidad de virus Sin evidencia variante de responsibilidades de virulencia Debilidad internacional
  Estados Unidos Marzo 2020 B.1.427/B.1.429 Épsilon[71]​
  Brasil Abril 2020 P.2 Zeta[71]​
Varios países Diciembre 2020 B.1.525 Eta[71]​
  Filipinas Enero 2021 P.3 Theta[71]​
  Estados Unidos Noviembre 2020 B.1.526 Iota[71]​
  Perú Diciembre 2020 C.37 Lambda[71]​
  Reino Unido Febrero 2021 B.1.1.318 Mu[71]​

Véase también

Enlaces externos

  • Emerging SARS-CoV-2 Variants, CDC.
  • Linajes cov

Notas aclaratorias

  1. Esta tabla es una adaptación y expansión de Alm et al., Figura 1.
  2. ↑ En otra fuente, GISAID nombra un conjunto de 7 clados sin el clado 'O' pero incluye un clado 'GV'.[3]​

Referencias

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  7. {Koyama, Takahiko; Platt, Daniel; Parida, Laxmi (Junio 2020). «Análisis de variantes de los genomas del SARS-CoV-2». Boletín de la Organización Mundial de la Salud 98: 495-504. PMC 7375210. PMID 32742035. doi:10.2471/BLT.20.253591. «Detectamos un total de 65776 variantes con 5775 variantes distintas.»  Parámetro desconocido |doi-acceso= ignorado (ayuda); Parámetro desconocido |emisión= ignorado (ayuda)
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  •   Datos: Q104450895

Agosto 09, 2021
variantes, sars, Índice, nomenclaturas, actividad, nueva, nomenclatura, variante, interés, variante, preocupante, variante, interés, variante, preocupante, variantes, notables, clúster, linaje, variante, preocupación, 202012, linaje, linaje, mutaciones, notabl. Indice 1 Nomenclaturas y actividad 1 1 Nueva nomenclatura de la OMS 2 Variante de interes y variante preocupante 2 1 Variante de interes 2 2 Variante preocupante 3 Variantes notables 3 1 501 V2 3 2 Cluster 5 3 3 Linaje B 1 1 207 3 4 Variante de Preocupacion 202012 01 3 5 Linaje B 1 1 248 3 6 Linaje B 1 617 4 Mutaciones notables 4 1 D614G 4 2 E484K 4 3 N501Y 4 4 S477G N 4 5 P681H 5 Sumario 6 Vease tambien 7 Enlaces externos 8 Notas aclaratorias 9 ReferenciasNomenclaturas y actividad EditarTabla de Correspondencias de las Nomenclaturas de SARS CoV 2 nota 1 Sublinajes de Rambaut et al Notas Rambaut et al 1 Clados de Nextstrain Clados de GISAID Variantes o mutaciones notablesA 1 A 6 19B SB 3 B 7 B 9 B 10 B 13 B 16 19A LO nota 2 B 2 VB 1 B 1 5 B 1 72 20A G El linaje B 1 incluye a las variantes con la mutacion D614GB 1 9 B 1 13 B 1 22 B 1 26 B 1 37 GHB 1 3 B 1 66 20C Incluye 501 V2alias 20C 501Y V2 o linaje B 1 351B 1 1 20B GR Incluye VOC 202012 01alias 20B 501Y V1 o linaje B 1 1 7 B 1 1 207 y B 1 1 284B 1 177 20A EU1 2 GV nota 2 Si bien hay muchos miles de variantes de SARS CoV 2 4 tambien hay agrupaciones mucho mas grandes llamados clados Se han propuesto varias nomenclaturas para los diferentes clados del SARS CoV 2 pero no se ha aceptado universalmente ninguna nomenclature para los linajes evolucionarios de SARS CoV 2 5 pero a enero de 2021 la OMS esta trabajando en un estandar de nomenclatura para las variantes de SARS CoV 2 que no haga referencia la localizacion geografica 6 Si bien hay muchos miles de variantes del SARS CoV 2 7 los subtipos del virus pueden ser puestos en agrupaciones mucho mas grandes como linajes o clados Se han propuesto varias nomenclaturas diferentes para estos subtipos Hasta diciembre de 2020 GISAID refiriendose al SARS CoV 2 como hCoV 19 8 identifico siete clados O S L V G GH y GR 9 10 Tambien hasta diciembre de 2020 Nextstrain identifico cinco 19A 19B 20A 20B and 20C 11 En un articulo de la edicion de noviembre de 2020 de la International Journal of Infectious Diseases Guan et al identificaron cinco clados globales G614 S84 V251 I378 and D392 12 Rambaut et al propusieron que se empleen los linajes para los subtipos de SARS CoV 2 en un articulo de 2020 en Nature Microbiology 13 Hasta diciembre de 2020 se han identificado dos linajes raiz A y B de los que descienden otros con evidencia filogenetica a los que se les asigna un valor numerico ej linajes A 1 o B 2 estableciendose en conjunto cinco linajes principales A B B 1 B 1 1 y B 1 177 14 A principios de 2020 B 1 es el linajes gobal predominantemente conocido y ha sido subdividido en mas de 70 sublinajes Un linaje activo es aquel que se ha documentado en el ultimo mes y uno inactivo es el que no ha sido visto durante mas de tres meses Nueva nomenclatura de la OMS Editar A partir del 31 de mayo del 2021 se decide utilizar el alfabeto griego para denominar a las variantes de COVID19 uno de los argumentos es desestigmatizar el vinculo de la variante con el pais en donde se descubrio 15 Variante de interes y variante preocupante EditarLa aparicion de variantes que suponian un mayor riesgo para la salud publica mundial a finales de 2020 hizo que se empezaran a utilizar las categorias especificas de variante de interes VOI y variante preocupante VOC con el fin de priorizar el seguimiento y la investigacion a escala mundial y en ultima instancia orientar la respuesta a la pandemia de COVID 19 16 Variante de interes Editar Son consideradas variantes de interes VOI por sus siglas en ingles aquellas que presentan cambios en el genoma que segun se ha demostrado o se preve afectan a caracteristicas del virus como su transmisibilidad la gravedad de la enfermedad que causa y su capacidad para escapar a la accion del sistema inmunitario ser detectado por medios diagnosticos o ser atacado por medicamentos y segun se ha comprobado dan lugar a una transmision significativa en medio extrahospitalario o causan varios conglomerados de COVID 19 en distintos paises con una prevalencia relativa creciente y ocasionando numeros cada vez mayores de casos con el tiempo o bien que presentan aparentemente otras caracteristicas que indiquen que pueden entranar un nuevo riesgo para la salud publica mundial Variante preocupante Editar Las variantes preocupantes VOC por sus siglas en ingles son aquellas que cumplen con los criterios para ser definidas como variantes de interes pero que tras una evaluacion comparativa se ha demostrado que esta asociada a uno o mas de los siguientes cambios en un grado que resulte significativo para la salud publica mundial Aumento de la transmisibilidad o cambio perjudicial en la epidemiologia de la COVID 19 o Aumento de la virulencia o cambio en la presentacion clinica de la enfermedad o Disminucion de la eficacia de las medidas sociales y de salud publica o de los medios de diagnostico las vacunas y los tratamientos disponibles Variantes notables Editar501 V2 Editar Articulo principal 501 V2 La variante 501 V2 tambien conocida como linaje 501Y V2 17 20C 501Y V2 o B 1 351 fue detectada por primera vez en Sudafrica y notificada por el Departamento de Salud de Sudafrica el 18 de diciembre de 2020 18 Los investigadores y funcionarios informaron que la prevalencia de la variante era mayor entre los jovenes sin condiciones de salud subyacentes y en comparacion con otras variantes conlleva de manera mas frecuente a enfermedad grave en esos casos 19 20 El Departamento de Salud de dicho pais tambien puntualizo que la variante puede estar impulsando la segunda ola de la pandemia de COVID 19 en el pais debido a que se propaga a un ritmo mas rapido que otras variantes anteriores del virus 18 19 Los cientificos observaron que la variante posee varias mutaciones que le permiten unirse mas facilmente a las celulas humanas debido a las siguientes tres mutaciones en el dominio de union al receptor RBD en la glicoproteina de la espicula viral spike N501Y 18 21 K417N y E484K 22 23 Tambien se ha detectado la mutacion N501Y en el Reino Unido 18 24 Cluster 5 Editar Articulo principal Cluster 5 El Cluster 5 tambien denominado DFVI spike por el Instituto Serologico Estatal Danes SSI 25 fue descubierto en el norte de Jutlandia en Dinamarca y se cree que se transmitio de visones a humanos a traves de granjas de visones El 4 de noviembre de 2020 se anuncio que la poblacion de visones en Dinamarca seria sacrificada para prevenir la posible propagacion de esta mutacion y reducir el riesgo de que ocurran nuevas mutaciones Se implementaron restricciones de viaje y cuarentena en siete municipios del norte de Jutlandia para prevenir la posible propagacion de esta mutacion lo que pudo haber comprometido las respuestas nacionales o internacionales a la pandemia de COVID 19 Para el 5 de noviembre de 2020 se habian detectado unos 214 casos humanos relacionados con el vison 26 La Organizacion Mundial de la Salud OMS ha indicado que el cluster 5 posee una sensibilidad moderadamente disminuida a los anticuerpos neutralizantes 27 El SSI advirtio que la mutacion podria reducir el efecto de las vacunas COVID 19 en desarrollo aunque era muy poco probable que las vuelva ineficaces En consecuencia a la cuarentena y la aplicacion de pruebas masivas el SSI anuncio el 19 de noviembre de 2020 que era muy probable que el Cluster 5 se hubiera extinguido por completo 28 Linaje B 1 1 207 Editar La secuenciacion realizada por el Centro Africano de Excelencia para la Genomica de Enfermedades Infecciosas en Nigeria descubrio una variante con la mutacion P681H compartida en comun con VOC 202012 01 Secuenciada por primera vez en agosto de 2020 29 las implicaciones para la transmision y la virulencia no estan claras pero ha sido catalogada como una variante emergente por los Centros para el Control de Enfermedades de EE UU 30 No comparte otras mutaciones con VOC 202012 01 y para finales de diciembre de 2020 esta variante represento alrededor del 1 de los genomas virales secuenciados en Nigeria aunque esto puede aumentar 29 Variante de Preocupacion 202012 01 Editar Articulo principal VUI 202012 01 La VUI 202012 01 Variante de Preocupacion 202012 01 VOC 202012 01 31 previamente conocida como la primera Variante En Investigacion en Diciembre de 2020 VUI 202012 01 32 y tambien como linaje B 1 1 7 o 20B 501Y V1 1 17 33 y comunmente como Variante britanica se detecto por primera vez en octubre de 2020 durante la pandemia de COVID 19 en el Reino Unido a partir de una muestra tomada el mes anterior 34 Desde ese entonces sus odds de prevalencia se han duplicado cada 6 5 dias el presunto intervalo generacional tiempo minimo para generar descendencia 35 36 Este se correlaciona con un aumento significativo en la tasa de infeccion por COVID 19 en el Reino Unido asociado en parte con la mutacion N501Y Linaje B 1 1 248 Editar Articulo principal B 1 1 248 El linaje B 1 1 248 o variante P1 37 o brasilena 38 fue detectado en Tokio el 6 de enero de 2021 por el Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas NIID y se encontro en cuatro personas que llegaron a Tokio tras viajar desde el estado de Amazonas el 2 de enero de 2021 39 La Fundacion Oswaldo Cruz una institucion estatal brasilena ha confirmado la suposicion de que la variante estaba circulando en la selva amazonica 40 Esta variante de SARS CoV 2 tiene 12 mutaciones en su proteina spike incluidas N501Y y E484K 41 Una prepublicacion de un articulo de Carolina M Voloch et al identifico un nuevo linaje de SARS CoV 2 B 1 1 248 en circulacion en Brasil que se origino de B 1 1 28 Descrito por primera vez como emergente en julio de 2020 y fue detectado en octubre del mismo ano pero a partir de la fecha de la publicacion diciembre de 2020 aumento significativamente en frecuencia aunque limitandose aun en gran medida a la capital estatal de Rio de Janeiro 42 En mayo la mayoria de sus muestras habian pertenecido al linaje B 1 1 33 mientras que en septiembre hubo una diseminacion significativa de B 1 1 28 y durante octubre y noviembre el linaje de la variante novedosa B 1 1 248 predomino sobre otras 3 y 4 clasificaciones respectivamente con el empleo de la herramienta Pangolin 43 El documento identifica la mutacion E484K presente tanto en B 1 1 28 como en B 1 1 248 como ampliamente extendida entre las muestras por ejemplo en 36 de las 38 muestras en un conjunto de las mismas 43 Linaje B 1 617 Editar Articulo principal B 1 617El linaje B 1 617 tambien conocida como VUI Variant Under Investigation 21APR 01 44 fue inicialmente identificada en la India el 5 de octubre del 2020 de acuerdo a Professor Sharon Peacock PhD CBE FMedSci Director of the COVID 19 Genomics UK Consortium 45 y es una variante con doble mutacion 46 47 48 Mutaciones notables EditarD614G Editar D614G es una mutacion con cambio de sentido que afecta la proteina de la espicula del SARS CoV 2 detectada en Malasia 49 50 La frecuencia de esta mutacion en la poblacion viral ha aumentado durante la pandemia La G glicina ha reemplazado al D acido aspartico en muchos paises especialmente en Europa aunque mas lentamente en China y el resto de Asia oriental lo que respalda la hipotesis de que G aumenta la tasa de transmision lo que es consistente con titulos virales e infectividad mas altos in vitro 51 En julio de 2020 se informo que la variante SARS CoV 2 DG14G se habia convertido en la forma dominante y por ende mas infecciosa en ese momento de la pandemia 52 53 54 55 La agencia de Salud Publica de Inglaterra confirmo que la mutacion D614G tenia un efecto moderado sobre la transmisibilidad y se estaba rastreando internacionalmente 56 La prevalencia global de D614G se correlaciona con la prevalencia de perdida del olfato anosmia como sintoma de COVID 19 posiblemente mediada por una mayor union de la variante G al receptor ACE2 o una mayor estabilidad proteica y por tanto una mayor infectividad del epitelio olfativo 57 Las variantes que contienen la mutacion G se consideran parte del clado G por GISAID 51 y parte del clado B 1 por la herramienta Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak LINeages PANGOLIN 58 E484K Editar Se ha informado que E484K es una mutacion de escape es decir una mutacion que mejora la capacidad de un virus para evadir el sistema inmunologico del huesped de al menos una forma de anticuerpo monoclonal contra SARS CoV 2 lo que indica que puede haber un posible cambio en la antigenicidad 38 B 1 1 248 Brasil Japon y 501 V2 Sudafrica exhiben esta mutacion 38 El nombre de la mutacion E484K se refiere a un intercambio mediante el cual el acido glutamico E se reemplaza por lisina K en la posicion 484 59 N501Y Editar N501Y denota un cambio de asparagina N a tirosina Y en la posicion del aminoacido 501 56 la agencia de Salud Publica de Inglaterra asume que ello aumenta la afinidad de union debido a su posicion en el dominio de union al receptor de la glicoproteina espicular que se une a la ACE2 en las celulas humanas 60 los datos tambien apoyan la hipotesis de una mayor afinidad de union a partir de este cambio 60 Las variantes con N501Y incluyen a B 1 1 248 Brasil Japon 38 Variante de Preocupacion 202012 01 Reino Unido 501 V2 Sudafrica y una variante de Columbus Ohio que se convirtio en la forma dominante del virus en Columbus a finales de diciembre de 2020 y en enero de 2021 Esta ultima se denomino COH 20G 501Y y parece haber evolucionado independientemente de otras variantes 61 62 S477G N Editar Una region altamente flexible en el dominio de union al receptor RBD del SARS CoV 2 comenzando desde el residuo 475 y continuando hasta el residuo 485 se identifico utilizando metodos bioinformaticos y estadisticos en varios estudios La Universidad de Graz 63 y la empresa de biotecnologia Innophore 64 han demostrado en una publicacion reciente que estructuralmente la posicion S477 muestra la mayor flexibilidad entre ellas Al mismo tiempo S477 es hasta ahora el residuo de aminoacido intercambiado con mayor frecuencia en los RBD de mutantes de SARS CoV 2 Mediante el uso de simulaciones de dinamica molecular de RBD durante el proceso de union a ACE2 se ha demostrado que tanto S477G como S477N fortalecen la union del pico de SARS CoV 2 con el receptor ACE2 El desarrollador de vacunas BioNTech hizo referencia a este intercambio de aminoacidos como relevante con respecto al diseno futuro de la vacuna en una preimpresion publicada en febrero de 2021 P681H Editar En enero de 2021 los cientificos informaron en una preimpresion que la mutacion P681H un rasgo caracteristico de las nuevas variantes significativas del SARS CoV 2 detectadas en el Reino Unido B 1 1 7 y Nigeria B 1 1 207 muestra un aumento exponencial significativo en la frecuencia mundial similar al D614G que ahora prevalece en todo el mundo Sumario Editar Este articulo o seccion necesita ser wikificado por favor editalo para que cumpla con las convenciones de estilo Puedes avisar al redactor principal pegando lo siguiente en su pagina de discusion sust Aviso wikificar Variantes de SARS CoV 2 Este aviso fue puesto el 13 de julio de 2021 Primera deteccion Clasificacion de Rambaut Clasificacion de la OMS Sinonimia Clado GISAID Mutaciones destacadas Cambios clinicos DiseminacionUbicacion Fecha Transmisibilidad Severidad Antigenicidad Nigeria Agosto 2020 B 1 1 207 GR P681H 30 Sin evidencia de cambio Sin evidencia de cambio Sin evidencia de cambio Indeterminada Reino Unido Octubre 2020 B 1 1 7 Alfa VOC 202012 01 20B 501Y V1 GR N501Y 60 69 70del 60 P681H 60 Entre un 45 y un 90 mas contagiosa Entre un 30 y un 104 mas mortal que la version de Wuhan Reduccion poco significativa Global Dinamarca Noviembre 2020 Cluster 5 DFVI spike SSI 25 Y453F 25 69 70deltaHV 25 Sin evidencia de cambio Sin evidencia de cambio Sensibilidad moderadamente disminuida a los anticuerpos neutralizantes 27 Probablemente extinta 28 Sudafrica Diciembre 2020 B 1 351 Beta 501 V2 20C 501Y V2 GH N501Y K417N E484K 23 Entre un 20 y un 50 mas contagiosa Sin evidencia de cambio Sin evidencia contudente Internacional Japon Brasil Enero 2021 B 1 1 248 Gamma N501Y E484K 41 43 Evidencia de una mayor transmisibilidad Evidencia de una mayor mortalidad Sin evidencia contudente Global India Pakistan Marzo 2021 B 1 617 Delta B1 617 2 y Kappa B1 617 1 E484Q L425R 65 66 Evidencia de una mayor transmisibilidad Evidencia de una mayor mortalidad Sin evidencia contudente Global Tailandia Marzo 2021 B 1 825 S884P C019T 67 Entre un 20 y 50 mas contagiosa Evidencia de una mayor transmisibilidad Sin evidencia contudente Muy intermedio Espana Abril 2021 AC 02 N177H X411Y 68 Entre un 35 y 90 mas vacuna Evidencia de una previo sobre evidencia de virulencia Sin evidencia variante de responsabilidades de virulencia Debilidad internacional Alemania Abril 2021 AC 1120 D221E A201E 69 Virus a la variante alemana Poner en cuarentena eres esta transibilidad de virus Sin evidencia variante de responsabilidades de virulencia Debilidad internacional Paises Bajos Mediados de abril de 2021 B 1 924 F616Y W515P 70 Virus a la variante alemana Poner en cuarentena eres esta transibilidad de virus Sin evidencia variante de responsibilidades de virulencia Debilidad internacional Estados Unidos Marzo 2020 B 1 427 B 1 429 Epsilon 71 Brasil Abril 2020 P 2 Zeta 71 Varios paises Diciembre 2020 B 1 525 Eta 71 Filipinas Enero 2021 P 3 Theta 71 Estados Unidos Noviembre 2020 B 1 526 Iota 71 Peru Diciembre 2020 C 37 Lambda 71 Reino Unido Febrero 2021 B 1 1 318 Mu 71 Vease tambien EditarRaTG13 el pariente filogenetico conocido mas cercano del SARS CoV 2 Comite Internacional de Taxonomia de Virus Nucleotido Secuenciacion genomicaEnlaces externos EditarEmerging SARS CoV 2 Variants CDC Linajes covNotas aclaratorias Editar Esta tabla es una adaptacion y expansion de Alm et al Figura 1 a b En otra fuente GISAID nombra un conjunto de 7 clados sin el clado O pero incluye un clado GV 3 Referencias Editar a b Rambaut Andrew Loman Nick Pybus Oliver Barclay Wendy Barrett Jeff Carabelli Alesandro Connor Tom Peacock Tom L Robertson David Vol Erik 2020 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