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Química computacional

La química computacional es una rama de la química que utiliza computadoras para ayudar a estudiar y resolver problemas químicos a través de la aplicación de modelos y simulaciones computacionales de sistemas moleculares. Utiliza teorías, conceptos y modelos de la química teórica, basados en tratamientos físicos de la materia provenientes de la física clásica, cuántica y la mecánica estadística, incorporados en software científico especialmente diseñado para calcular la estructura y/o las propiedades estáticas y dinámicas de moléculas y agregados moleculares en estado gaseoso y en solución y de cuerpos sólidos. Mientras sus resultados complementan la información que puede obtenerse en experimentos químicos, pueden, en otros casos, predecir fenómenos químicos no observados a la fecha, orientando el diseño de nueva actividad experimental o sustituyendo la ausencia de otro conocimiento empírico en problemas donde el diseño experimental tiene asociado un alto costo económico y/o el experimento empírico resulta impracticable en los términos actuales. La química computacional es ampliamente utilizada desde hace varias décadas en el diseño de nuevos medicamentos y materiales.

Ejemplos de propiedades moleculares estudiadas en este campo son la estructura molecular a nivel atómico (i.e. la posición de los átomos constituyentes de las moléculas en el espacio, que definen su arquitectura molecular) y electrónico (i.e., la distribución de carga electrónica en la molécula, que completa la definición de la forma molecular), la energía absoluta y relativa (asociada a la estabilidad del sistema molecular en estudio), propiedades eléctricas como el dipolo eléctrico y los momentos multipolares de orden superior, frecuencias vibracionales que permiten estudiar el espectro infrarrojo de moléculas y otras magnitudes espectrales y secciones eficaces para la colisión con otras partículas. Adicionalmente es posible anticipar la capacidad de interacción de las moléculas que determinan el reconocimiento molecular (esto puede describirse con métodos clásicos o de mecánica molecular, MM y con métodos de la química cuántica, QM), anticipar su reactividad químicageneral y específica con base en distintos indicadores derivados de la estructura electrónica (esto requiere métodos de la química cuántica QM o mixtos QM/MM) y también analizar mecanismos de reacción.

Los métodos empleados cubren situaciones estáticas y dinámicas. En todos los casos, hay requerimientos computacionales asociados (costo computacional del estudio) que incluyen el tiempo de cálculo (que aumenta rápidamente a medida que el tamaño del sistema estudiado crece y/o se utilizan modelos y métodos más sofisticados, que permiten llegar a describir el sistema con mayor grado de detalle, algo que no siempre es necesario, dependiendo de las propiedades que se pretende estudiar) y la capacidad de almacenamiento de la información en el hardware empleado. El sistema bajo estudio puede ser una única molécula aislada o un grupo de estas en distintos estados de agregación o un cuerpo sólido. En general existe una tensión entre el tamaño del sistema en estudio y el grado de detalle que se puede alcanzar en el mismo. Todos los métodos de la química computacional implican en su formulación algún grado de aproximación, que implica por lo tanto fortalezas y debilidades que deben conocerse a la hora de seleccionar un método adecuado para estudiar un sistema y propiedades concretas del mismo. Los métodos empleados para estudiar la estructura pueden clasificarse en una primera gran división en métodos clásicos o de mecánica molecular (MM) y métodos cuánticos (QM). En tanto los primeros llegan solamente hasta el detalle atómico, los segundos lo hacen hasta el nivel de detalle electrónico. Dentro de los métodos cuánticos, se pueden distinguir los llamados métodos ab initio, (a primeros principios) y los métodos semi-empíricos, que introducen un mayor número de aproximaciones y parámetros (que pueden derivarse de información empírica o de cálculos de mayor nivel) en su formulación.

Historia

Sobre la base de los descubrimientos y la teoría en la historia de la mecánica cuántica, los primeros cálculos teóricos en química fueron los de Walter Heitler y Fritz London en 1927. Los libros que influenciaron los inicios de la química cuántica computacional incluyen: Introduction to Quantum Mechanics – with Applications to Chemistry de Linus Pauling y E. Bright Wilson, 1935; Quantum Chemistry de Henry Eyring, John Walter y George Kimball, 1944; Elementary Wave Mechanics – with Applications to Quantum Chemistry de Walter Heitler, 1945 y más tarde el libro Valence de Charles Coulson, los cuales sirvieron de referencia primaria para los químicos en décadas posteriores.

Con el desarrollo de eficiente tecnología computacional, en los 40' las soluciones de elaboradas ecuaciones de onda para complejos sistemas atómicos comienzan a ser un objetivo realizable. A comienzos de los 50' fueron llevados a cabo los primeros cálculos orbitales atómicos semi-empíricos. Químicos teóricos se convirtieron en una gran cantidad de usuarios de los primeros computadores digitales. Una muy detallada descripción de ese uso en el Reino Unido está dado por Smith y Sutcliffe.[1]​ El primer cálculo ab initio fue el método de Hartree-Fock sobre moléculas diatómicas, el cual se llevó a cabo en 1956 en el MIT usando un conjunto de funciones de base del tipo orbitales de Slater. Para moléculas diatómicas, un estudio sistemático utilizando un conjunto base mínimo y los primeros cálculos de las más grandes conjuntos bases fueron publicados por Ransil y Nesbet respectivamente en 1960.[2]​ El primer cálculo poliatómico usando funciones Gaussianas fueron llevados a cabo a finales de los 50'. Los primero cálculos de interacción de configuraciones fueron realizadas en Cambridge en el computador EDSAC en los 50' por S. Francis Boys y sus compañeros de trabajo, usando funciones Gaussianas.[3]​ En 1971, cuando una bibliografía de cálculos ab initio fue publicada,[4]​ las moléculas más grandes incluidas fueron la naftalina y el azuleno.[5][6]​ Resúmenes de muchos de los primeros desarrollos en la teoría ab initio han sido publicadas por Schaefer.[7]

En 1964, cálculos del método Hückel, que son un simple método CLOA para la determinación de la energía de electrones de órbitas moleculares de   electrones en sistemas conjugados de hidrocarburos, que van desde sistemas sencillos tales como el butadieno o el benceno hasta el ovaleno con 10 anillos fusionados de a 6, fueron generados en computadores en Berkeley y Oxford.[8]​ Estos métodos empíricos fueron reemplazados en los 60' por métodos semi-empíricos tales como CNDO.[9]

A comienzos de los 70', eficientes programas computacionales ab initio tales como ATMOL, Gaussian, IBMOL y POLYAYTOM comienzan a ser utilizados para acelerar los cálculos ab initio de órbitas moleculares. De estos programas solo Gaussian, masivamente expandido, está aún en uso, siendo uno de los tantos utilizados hoy en día. Al mismo tiempo, los métodos de mecánica molecular, tales como MM2, fueron desarrollados principalmente por Norman Allinger.[10]

Una de las primeras veces que el término "química computacional" fue mencionado puede ser encontrado en el libro Computers and Their Role in the Physical Sciences de 1970, escrito por Sidney Fernbach y Abraham Haskell Taub, donde dicen: "Parece, por lo tanto, que la 'química computacional' puede finalmente ser más y más una realidad".[11]​ Durante los 70', diferentes métodos comienzan a ser vistos como parte de una nueva disciplina emergente de química computacional.[12]​ La primera publicación del jornal de química computacional fue publicado en 1980.

Conceptos

El término "química teórica" puede ser definido como una descripción matemática de la química o, en forma más amplia, abarcando todo el andamiaje conceptual que atraviesa las teorías, conceptos y modelos de la química (este es un tema en debate dentro del terreno de la filosofía de la química), mientras que el término "química computacional " es usualmente usado cuando un método físico-matemático está lo suficientemente bien desarrollado para su aplicación a sistemas moleculares en forma relativamente automatizada, implementado en un paquete computacional. Si bien muy pocos aspectos de la química pueden ser calculados de manera exacta, estas metodologías tienen errores bastante bien definidos contra los datos experimentales existentes, que permiten la determinación de propiedades moleculares dentro de lo que se conoce como "precisión química". Sin embargo, casi cualquier aspecto de la química puede ser descrito de manera cualitativa, semi-cuantitativa o incluso cuantitativamente mediante un esquema computacional.

Las moléculas están conformadas por núcleos atómicos y electrones, de manera que la teoría y modelos de la mecánica cuántica pueden ser aplicados a su descripción. Lo más frecuente es que los químicos computacionales planteen y resuelvan la ecuación de Schrödinger no relativista, incorporando a posteriori correcciones relativistas cuando esto es indispensable para obtener una correcta descripción del sistema. Teóricamente, es posible resolver en forma exacta la ecuación de Schrödinger molecular, ya sea en su forma dependiente del tiempo o en su forma independiente del tiempo, pero en la práctica esto solo es posible para sistemas muy pequeños. Por lo tanto, se han desarrollado una gran variedad de métodos aproximados dirigidos a alcanzar el mejor equilibrio entre la viabilidad del cálculo, su costo y la precisión del resultado obtenidos. La precisión puede siempre ser mejorada incrementando el costo computacional. La química computacional actual permite calcular con exactitud de manera rutinaria las propiedades de las moléculas que contienen cientos de átomos (y los electrones correspondientes), con errores para la energía que pueden estar por debajo de 1 kcal/mol. En cuanto a los aspectos estructurales a nivel atómico (la geometría molecular) es posible predecir longitudes de enlace con errores de unos pocos picómetros (pm) y los ángulos de enlace con errores del orden de  . El tratamiento de grandes moléculas es computacionalmente abordable mediante otros métodos aproximados tales como los basados en la teoría del funcional de la densidad (DFT, del inglés density functional theory). Existe alguna controversia en el campo sobre si los métodos teóricos son suficientemente exactos para describir reacciones químicas complejas, como las involucradas en problemas de la bioquímica. Las macromoléculas pueden ser estudiadas por medio de métodos cuánticos semi-empíricos o por métodos de la mecánica clásica, también llamados métodos de mecánica molecular.(MM).

En la química teórica, químicos, físicos, matemáticos e informáticos desarrollan modelos, algoritmos y software para predecir propiedades atómicas y moleculares y para encontrar mecanismos de reacciones químicas. Por el contrario, los químicos computacionales emplean programas y metodologías existentes para dar respuesta a preguntas químicas específicas.

Hay dos tipos de desafíos diferentes para la química computacional:

  • Estudios dirigidos a orientar la síntesis de laboratorio de nuevas sustancias con propiedades deseadas de cara a un determinado uso o para ayudar a entender en mayor profundidad información obtenida experimentalmente (por ejemplo la posición y origen de las señales espectroscópicas de una molécula).
  • Estudios dirigidos a predecir moléculas hasta la fecha totalmente desconocidas, propiedades que no se puede determinar experimentalmente o explorar mecanismos de reacción que hasta la fecha no ha sido fácil determinar mediante experimentos.

Así, la química computacional puede ayudar a los químicos experimentales en su trabajo o los puede desafiar a encontrar objetos químicos totalmente nuevos.

Dentro de la química computacional destacan importantes áreas:

  • La predicción de la estructura molecular a nivel atómico mediante el uso de métodos clásicos o llegando al detalle electrónico a través de los métodos de la química cuántica. Esto se realiza localizando puntos estacionarios (gradiente nulo) sobre la hipersuperficie de energía potencial correspondiente al sistema que se explora variando la posición de los núcleos atómicos (procedimiento conocido como optimización de geometría).
  • Almacenamiento y búsqueda de datos en entidades químicas.
  • Determinación de correlaciones entre la estructura química y propiedades de interés químico y/o biológico que permiten construir modelos predictivos cuantitativos (QSPR y QSAR).
  • Labor de modelización computacional para ayudar a una eficiente síntesis de componentes.
  • Labor de diseño in silico de moléculas capaces de interactuar de forma específica con otras moléculas (e.g. diseño de fármacos).

Métodos

Una misma fórmula molecular puede representar un número amplio de isómeros. Cada isómero se corresponde con un mínimo local de la superficie de energía potencial del sistema molecular (resultante de considerar la energía de los electrones más la energía de repulsión nuclear) como una función de las coordenadas nucleares. Un punto estacionario corresponde a una geometría tal que la derivada de la energía con respecto a todos los desplazamientos de los núcleos vale cero. Un mínimo local (de energía potencial molecular) es un punto estacionario para el que todos los desplazamientos nucleares conducen a un aumento de la energía, por lo tanto se asocian con formas estables del sistema. El mínimo local de más baja energía es llamado mínimo global y corresponde al isómero más estable. Cuando un cambio en una coordenada en particular de la estructura lleva a una disminución de la energía total en ambas direcciones, el punto estacionario corresponde a un estado de transición y la coordenada para la que es un máximo, es la coordenada de reacción. Este proceso de determinar los puntos estacionarios es llamado optimización geométrica.

La determinación de la estructura molecular vía optimización geométrica se convirtió en una rutina solo cuando métodos eficientes para el cálculo de la primera derivada de la energía con respecto a todas las coordenadas atómicas estuviesen disponibles. La evaluación de las segundas derivadas permite la predicción de las frecuencias vibratorias suponiendo movimientos armónicos. Las frecuencias están relacionadas con los valores propios de la matriz de segundas derivadas (la matriz hessiana). Si los valores propios son todos positivos, entonces las frecuencias son todas reales y el punto estacionario es un mínimo local. Si un valor propio es negativo (una frecuencia imaginaria), el punto estacionario es un estado de transición. Si más de un valor propio es negativo el punto estacionario es todavía más complejo, y habitualmente de poco interés. Cuando se encuentra, es necesario mover la búsqueda fuera de él, si se está buscando un mínimo local y un estado de transición.

La energía total está determinada por una solución aproximada de la ecuación de Schrödinger dependiente del tiempo, usualmente incluyendo términos no relativistas, y haciendo uso de la aproximación de Born-Oppenheimer, la cual, basada en las más altas velocidades de los electrones en comparación con los núcleos, permitiendo la separación de movimientos electrónicos y nucleares, simplificando la ecuación de Schrödinger. Esto conduce a la evaluación de la energía total como una suma de energía electrónica en las posiciones fijas del núcleo más la energía de repulsión del mismo. Una notable excepción la constituyen los enfoques llamados química cuántica directa, los cuales tratan a los electrones y los núcleos por igual. Métodos del funcional de densidad y métodos semi-empíricos son variantes del tema principal. Para cada sistema grande, la energía total relativa puede ser comparada utilizando mecánica molecular. Las formas de determinar la energía total para predecir la estructura molecular son:

Métodos cuánticos ab initio (HF SCF)

Los programas utilizados en química computacional están basados en diferentes métodos de la química cuántica que resuelven la ecuación de Schrödinger asociada al Hamiltoniano molecular. Los métodos que no incluyen ningún parámetro empírico o semi-empírico en sus ecuaciones (siendo derivadas directamente de principios teóricos, sin la inclusión de datos experimentales), son llamados métodos ab initio. Esto no implica que la solución sea exactamente una; son todos cálculos aproximados de mecánica cuántica. Esto significa que una aproximación se define rigurosamente en función de los primeros principios (teoría cuántica) y su resolución es con un margen de error que es cualitativamente conocido de antemano. Si métodos numéricos iterativos han sido empleados, la meta es iterar hasta obtener la máxima precisión que la máquina pueda dar (lo mejor que es posible con un tamaño de palabra del computador finito y con las aproximaciones matemáticas y/o físicas realizadas).

El tipo más simple de cálculo de estructura electrónica ab initio es el método de Hartree-Fock (HF), una extensión de la teoría de orbitales moleculares, en la cual la correlación electrónica, correspondiente a la repulsión electrón-electrón, no es tomada en cuenta en forma instantánea, sino que su efecto promedio es incluido en los cálculos. Como el tamaño de las bases de conjunto es incrementado, la energía y la función de onda tienden a un límite llamado el límite Hartree-Fock. Muchos tipos de cálculos, conocidos como métodos pos Hartree-Fock, comienzan con un cálculo Hartree-Fock para corregir posteriormente la repulsión electrón-electrón, conocida también como correlación electrónica. Ya que estos métodos son llevados al límite, la solución entregada se aproxima a la solución exacta de la ecuación no relativista de Schrödinger. Con el fin de obtener un total acuerdo con los experimentos, se hace necesario incluir términos relativistas y la interacción órbita-espín, ambos solamente importantes para átomos pesados. En todos estos enfoques, además de la elección del método, es necesario elegir un conjunto base. Este es un conjunto de bases, usualmente centrado en alrededor de los diferentes átomos de la molécula, los cuales son usados para expandir las órbitas moleculares con el ansatz CLOA. Los métodos ab initio necesitan definir un nivel de teoría (el método) y un conjunto base.

Dentro del modelo monoelectrónico, la función de onda Hartree-Fock viene descrita por una única configuración electrónica o determinante de Slater. Dicha descripción es adecuada para representar la naturaleza del estado fundamental de las moléculas, en general cerca de las estructuras de equilibrio de los sistemas. A partir de dicha referencia única los métodos químico-cuánticos ab initio añaden los efectos de correlación electrónica a través de procedimientos de interacción de configuraciones, perturbativos u otros.

Existen muchos casos en los que la descripción uniconfiguracional HF es inadecuada para representar la estructura electrónica del sistema, o para estudiar la evolución del sistema químico en diferentes regiones de las superficies de energía potencial.

Situaciones típicas son el estudio de la disociación del enlace químico, el cálculo del estado electrónico excitado, la descripción de situaciones degeneradas entre estados, casos birradicalarios, estados de transición complejos, estructura electrónica en metales de transición, lantánidos o actínidos, con muchas capas electrónicas cercanas en energía, etc. En esas situaciones es necesario describir los estados electrónicos con más de una sola configuración electrónica a través de los métodos multiconfiguracionales, el más conocido de los cuales es el método CASSCF. En ellos tanto los coeficientes de las configuraciones como los coeficientes de los orbitales moleculares se optimizan simultáneamente.

Una vez más, será necesario incluir el resto de la correlación electrónica a partir de dicha función de onda multiconfiguracional. El empleo de métodos uniconfiguracionales en situaciones que requieren descripciones multiconfiguracionales da lugar, en general, a graves defectos en los resultados.

La energía molecular total puede ser evaluada como una función de la geometría molecular, en otras palabras, la energía potencial de superficie. Esta superficie puede ser usada para una reacción dinámica. Los puntos estacionarios de la superficie nos llevan a la predicción de diferentes isómeros y la estructuras de transición para la conversión entre isómeros, pero estos pueden ser determinados sin un conocimiento acabado de la superficie completa.

Un objetivo especialmente importante, llamada termoquímica computacional, es para calcular cantidades termoquímicas tales como la entalpía de formación para la precisión de químicos. La precisión de químicos es la precisión requerida para hacer predicciones químicas realistas y se considera generalmente que es 1 kcal/mol o 4 kJ/mol. Para alcanzar tal precisión de manera económica es necesario utilizar una serie de métodos post Hartree-Fock y combinar los resultados. Estos métodos son llamados métodos compuestos de química cuántica.

Métodos cuánticos basados en la teoría del funcional de la densidad

Los métodos de la teoría del funcional de la densidad (DFT, del inglés Density Functional Theory) son a menudo considerados por los métodos ab initio para determinar la estructura electrónica molecular, incluso aunque muchos de los más comunes funcionales usen parámetros derivados de datos empíricos, o de cálculos más complejos. Por tanto, también podrían ser llamados métodos semi-empíricos, aunque es más adecuado tratarlos como una clase por sí solos. En DFT, la energía total es expresada en términos de la densidad total en lugar de la función de onda. En este tipo de cálculos, hay un Hamiltoniano aproximado y una expresión aproximada para la densidad electrónica total. Los métodos DFT pueden ser muy precisos por un coste computacional muy bajo. El inconveniente es que, a diferencia de los métodos ab initio, no hay una manera sistemática de mejorar los métodos mejorando la forma del funcional. Algunos métodos combinan el intercambio de densidad del funcional con el intercambio de términos Hartree-Fock y son conocidos como métodos de funcional híbrido.

Métodos cuánticos semi-empíricos

Los métodos semi-empíricos de química cuántica están basados en el formalismo de Hartree-Fock, pero hacen muchas aproximaciones y obtienen algunos parámetros de datos empíricos. Son muy importantes en química computacional por tratar grandes moléculas donde el método completo de Hartree-Fock sin aproximaciones es muy caro. El uso de parámetros empíricos aparece para permitir la inclusión de algunos efectos de correlación en los métodos.

Los métodos semi-empíricos se basan a menudo en los métodos llamados empíricos donde la parte de dos electrones del Hamiltoniano no es explícitamente incluida. Para sistemas  -electrón, el método utilizado es el de Hückel, propuesto por Erich Hückel, y para todos los sistemas de electrones de valencia, el método extendido Hückel, propuesto por Roald Hoffmann.

Métodos clásicos de Mecánica molecular

En muchos casos, grandes sistemas moleculares pueden ser modelados satisfactoriamente evitando por completo los cálculos requeridos por la mecánica cuántica. Simulaciones de mecánica molecular, por ejemplo, usan una sola expresión para la energía de un compuesto, como un oscilador armónico. Todas las constantes que aparecen en las ecuaciones deberían ser obtenidas de antemano mediante datos experimentales o cálculos ab initio.

La base de datos de compuestos utilizada para la parametrización (el conjunto resultante de parámetros y funciones es llamado campo de fuerza) es crucial para el éxito de los cálculos de la mecánica molecular. Un campo de fuerza parametrizado versus una clase específica de moléculas, por ejemplo proteínas, se espera que tenga alguna relevancia cuando describa a otras moléculas de la misma clase.

Estos métodos pueden ser aplicados a proteínas y otras grandes moléculas biológicas, y permite el estudio de los enfoques e interacciones (acoplamiento) de potenciales moléculas de drogas (eg. [1] and [2]).

Métodos para cuerpos sólidos

Método de química computacional pueden ser aplicados a problemas de física de estado sólido. La estructura electrónica de un cristal es en general descrita por una estructura de banda, la cual define la energía de los orbitales electrónicos por cada punto en la zona Brillouin. Cálculos ab initio y semi-empíricos proporcionan energía orbital, por lo tanto pueden ser aplicados a cálculos de estructuras de banda. Dado que se trata del consumo de tiempo para calcular la energía en una molécula, es aún más el tiempo de consumo para calcularlo para la lista completa de puntos en la zona de Brillouin.

Dinámica química

Una vez que las variables electrónicas y nucleares son separadas (bajo la representación de Born-Oppenheimer) en el enfoque tiempo dependiente, el paquete de ondas correspondientes a los grados de libertad nucleares es propagado mediante un operador de evolución de tiempo asociado a la ecuación de Schrödinger dependiente del tiempo (para el hamiltoniano molecular completo). En la parte complementaria del enfoque energía-dependiente, la ecuación de Schrödinger dependiente del tiempo es resuelta usando la teoría de dispersión. El potencial representando las interacciones interatómicas es dado por la energía potencial de superficie. En general, la energía potencial de superficie están unidas mediante términos de acoplamiento vibrónico.

Los métodos más populares para la propagación de paquetes de onda asociados a la geometría molecular son:

  • la técnica del operador de división,
  • el método de multiconfiguración Hartree dependiente del tiempo y
  • los métodos semiclásicos.

La dinámica molecular (DM) examina (usando las leyes de Newton) el comportamiento de los sistemas dependientes del tiempo, incluyendo vibraciones o movimiento Browniano, usando una descripción de mecánica clásica. DM combinada con la teoría del funcional de la densidad conduce al método Car-Parrinello.

Interpretación de funciones de ondas moleculares

El modelo átomos en moléculas desarrollado por Richard Bader, fue desarrollado con el fin de unir efectivamente la imagen de la mecánica cuántica de una molécula, como una función de onda electrónica a los modelos más viejos químicamente más utilizados, tales como la teoría del par de electrones de Lewis y la teoría de la unión de valencia. Bader ha demostrado que estos empíricamente modelos útiles están conectados con la topología de la densidad de carga cuántica. Este método mejora en el uso al análisis de población de Mulliken.

Softwares químicos

Hay muchos autosuficientes usados por químicos computacionales. Algunos incluyen muchos métodos cubriendo una amplia gama de conceptos, mientras que otros cubren solo un área específica y otros incluso un simple método. Los detalles de estos pueden encontrarse en:

  • Programas computacionales de química cuántica.
  • Programas de la teoría del funcional de la densidad.
  • Programas de mecánica molecular.
  • Programas semi-empíricos.
  • Programas de sistemas de estado sólido con condiciones de borde periódicas.
  • Programas para uniones de valencia.

Véase también

Referencias

  1. Smith, S. J.; Sutcliffe B. T., (1997). "The development of Computational Chemistry in the United Kingdom". Reviews in Computational Chemistry 70: 271 - 316.
  2. Schaefer, Henry F. III (1972). The electronic structure of atoms and molecules. Reading, Massachusetss: Addison-Wesley Publishing Co., 146.
  3. Boys, S. F.; Cook G. B., Reeves C. M., Shavitt, I. (1956). "Automatic fundamental calculations of molecular structure". Nature 178 (2): 1207.
  4. Richards, W. G.; Walker T. E. H and Hinkley R. K. (1971). A bibliography of ab initio molecular wave functions. Oxford: Clarendon Press.
  5. Preuss, H. (1968). International Journal of Quantum Chemistry 2: 651.
  6. Buenker, R. J.; Peyerimhoff S. D. (1969). Chemical Physics Letters 3: 37.
  7. Schaefer, Henry F. III (1984). Quantum Chemistry. Oxford: Clarendon Press.
  8. Streitwieser, A.; Brauman J. I. and Coulson C. A. (1965). Supplementary Tables of Molecular Orbital Calculations. Oxford: Pergamon Press.
  9. Pople, John A.; David L. Beveridge (1970). Approximate Molecular Orbital Theory. New York: McGraw Hill.
  10. Allinger, Norman (1977). "Conformational analysis. 130. MM2. A hydrocarbon force field utilizing V1 and V2 torsional terms". Journal of the American Chemical Society 99: 8127-8134.
  11. Fernbach, Sidney; Taub, Abraham Haskell (1970). Computers and Their Role in the Physical Sciences. Routledge. ISBN 0-677-14030-4.
  12. Reviews in Computational Chemistry vol 1, preface.

Bibliografía

  • Christopher J. Cramer. Essentials of Computational Chemistry. John Wiley & Sons, 2002.
  • T. Clark. A Handbook of Computational Chemistry. Wiley, New York, 1985.
  • R. Dronskowski. Computational Chemistry of Solid State Materials. Wiley-VCH, 2005.
  • F. Jensen. Introduction to Computational Chemistry. John Wiley & Sons, 1999.
  • D. Rogers. Computational Chemistry Using the PC, 3rd Edition. John Wiley & Sons, 2003.
  • A. Szabo y N.S. Ostlund. Modern Quantum Chemistry. McGraw-Hill, 1982.
  • D. Young. Computational Chemistry: A Practical Guide for Applying Techniques to Real World Problems. John Wiley & Sons, 2001.
  • David Young. Introduction to Computational Chemistry. Cytoclonal Pharmaceutics Inc.

Enlaces externos

  • Alternatura - IT, Computing and Sciences Creative Technology - Estudio de propiedades ópticas no lineales aplicando los métodos computacionales de la química cuántica de moléculas.
  • - Contiene un base de datos de miles de resultados computacionales y experimentales de cientos de sistemas (en inglés)
  • - Wiki de resultados químicos computacionales (en inglés)
  •   Datos: Q369472
  •   Multimedia: Computational chemistry
  •   Recursos didácticos: Química computacional

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La quimica computacional es una rama de la quimica que utiliza computadoras para ayudar a estudiar y resolver problemas quimicos a traves de la aplicacion de modelos y simulaciones computacionales de sistemas moleculares Utiliza teorias conceptos y modelos de la quimica teorica basados en tratamientos fisicos de la materia provenientes de la fisica clasica cuantica y la mecanica estadistica incorporados en software cientifico especialmente disenado para calcular la estructura y o las propiedades estaticas y dinamicas de moleculas y agregados moleculares en estado gaseoso y en solucion y de cuerpos solidos Mientras sus resultados complementan la informacion que puede obtenerse en experimentos quimicos pueden en otros casos predecir fenomenos quimicos no observados a la fecha orientando el diseno de nueva actividad experimental o sustituyendo la ausencia de otro conocimiento empirico en problemas donde el diseno experimental tiene asociado un alto costo economico y o el experimento 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esto puede describirse con metodos clasicos o de mecanica molecular MM y con metodos de la quimica cuantica QM anticipar su reactividad quimicageneral y especifica con base en distintos indicadores derivados de la estructura electronica esto requiere metodos de la quimica cuantica QM o mixtos QM MM y tambien analizar mecanismos de reaccion Los metodos empleados cubren situaciones estaticas y dinamicas En todos los casos hay requerimientos computacionales asociados costo computacional del estudio que incluyen el tiempo de calculo que aumenta rapidamente a medida que el tamano del sistema estudiado crece y o se utilizan modelos y metodos mas sofisticados que permiten llegar a describir el sistema con mayor grado de detalle algo que no siempre es necesario dependiendo de las propiedades que se pretende estudiar y la capacidad de almacenamiento de la informacion en el hardware empleado El sistema bajo estudio puede ser una unica molecula aislada o un grupo de estas en distintos estados de agregacion o un cuerpo solido En general existe una tension entre el tamano del sistema en estudio y el grado de detalle que se puede alcanzar en el mismo Todos los metodos de la quimica computacional implican en su formulacion algun grado de aproximacion que implica por lo tanto fortalezas y debilidades que deben conocerse a la hora de seleccionar un metodo adecuado para estudiar un sistema y propiedades concretas del mismo Los metodos empleados para estudiar la estructura pueden clasificarse en una primera gran division en metodos clasicos o de mecanica molecular MM y metodos cuanticos QM En tanto los primeros llegan solamente hasta el detalle atomico los segundos lo hacen hasta el nivel de detalle electronico Dentro de los metodos cuanticos se pueden distinguir los llamados metodos ab initio a primeros principios y los metodos semi empiricos que introducen un mayor numero de aproximaciones y parametros que pueden derivarse de informacion empirica o de calculos de mayor nivel en su formulacion Indice 1 Historia 2 Conceptos 3 Metodos 3 1 Metodos cuanticos ab initio HF SCF 3 2 Metodos cuanticos basados en la teoria del funcional de la densidad 3 3 Metodos cuanticos semi empiricos 3 4 Metodos clasicos de Mecanica molecular 3 5 Metodos para cuerpos solidos 3 6 Dinamica quimica 4 Interpretacion de funciones de ondas moleculares 5 Softwares quimicos 6 Vease tambien 7 Referencias 8 Bibliografia 9 Enlaces externosHistoria EditarSobre la base de los descubrimientos y la teoria en la historia de la mecanica cuantica los primeros calculos teoricos en quimica fueron los de Walter Heitler y Fritz London en 1927 Los libros que influenciaron los inicios de la quimica cuantica computacional incluyen Introduction to Quantum Mechanics with Applications to Chemistry de Linus Pauling y E Bright Wilson 1935 Quantum Chemistry de Henry Eyring John Walter y George Kimball 1944 Elementary Wave Mechanics with Applications to Quantum Chemistry de Walter Heitler 1945 y mas tarde el libro Valence de Charles Coulson los cuales sirvieron de referencia primaria para los quimicos en decadas posteriores Con el desarrollo de eficiente tecnologia computacional en los 40 las soluciones de elaboradas ecuaciones de onda para complejos sistemas atomicos comienzan a ser un objetivo realizable A comienzos de los 50 fueron llevados a cabo los primeros calculos orbitales atomicos semi empiricos Quimicos teoricos se convirtieron en una gran cantidad de usuarios de los primeros computadores digitales Una muy detallada descripcion de ese uso en el Reino Unido esta dado por Smith y Sutcliffe 1 El primer calculo ab initio fue el metodo de Hartree Fock sobre moleculas diatomicas el cual se llevo a cabo en 1956 en el MIT usando un conjunto de funciones de base del tipo orbitales de Slater Para moleculas diatomicas un estudio sistematico utilizando un conjunto base minimo y los primeros calculos de las mas grandes conjuntos bases fueron publicados por Ransil y Nesbet respectivamente en 1960 2 El primer calculo poliatomico usando funciones Gaussianas fueron llevados a cabo a finales de los 50 Los primero calculos de interaccion de configuraciones fueron realizadas en Cambridge en el computador EDSAC en los 50 por S Francis Boys y sus companeros de trabajo usando funciones Gaussianas 3 En 1971 cuando una bibliografia de calculos ab initio fue publicada 4 las moleculas mas grandes incluidas fueron la naftalina y el azuleno 5 6 Resumenes de muchos de los primeros desarrollos en la teoria ab initio han sido publicadas por Schaefer 7 En 1964 calculos del metodo Huckel que son un simple metodo CLOA para la determinacion de la energia de electrones de orbitas moleculares de p displaystyle pi electrones en sistemas conjugados de hidrocarburos que van desde sistemas sencillos tales como el butadieno o el benceno hasta el ovaleno con 10 anillos fusionados de a 6 fueron generados en computadores en Berkeley y Oxford 8 Estos metodos empiricos fueron reemplazados en los 60 por metodos semi empiricos tales como CNDO 9 A comienzos de los 70 eficientes programas computacionales ab initio tales como ATMOL Gaussian IBMOL y POLYAYTOM comienzan a ser utilizados para acelerar los calculos ab initio de orbitas moleculares De estos programas solo Gaussian masivamente expandido esta aun en uso siendo uno de los tantos utilizados hoy en dia Al mismo tiempo los metodos de mecanica molecular tales como MM2 fueron desarrollados principalmente por Norman Allinger 10 Una de las primeras veces que el termino quimica computacional fue mencionado puede ser encontrado en el libro Computers and Their Role in the Physical Sciences de 1970 escrito por Sidney Fernbach y Abraham Haskell Taub donde dicen Parece por lo tanto que la quimica computacional puede finalmente ser mas y mas una realidad 11 Durante los 70 diferentes metodos comienzan a ser vistos como parte de una nueva disciplina emergente de quimica computacional 12 La primera publicacion del jornal de quimica computacional fue publicado en 1980 Conceptos EditarEl termino quimica teorica puede ser definido como una descripcion matematica de la quimica o en forma mas amplia abarcando todo el andamiaje conceptual que atraviesa las teorias conceptos y modelos de la quimica este es un tema en debate dentro del terreno de la filosofia de la quimica mientras que el termino quimica computacional es usualmente usado cuando un metodo fisico matematico esta lo suficientemente bien desarrollado para su aplicacion a sistemas moleculares en forma relativamente automatizada implementado en un paquete computacional Si bien muy pocos aspectos de la quimica pueden ser calculados de manera exacta estas metodologias tienen errores bastante bien definidos contra los datos experimentales existentes que permiten la determinacion de propiedades moleculares dentro de lo que se conoce como precision quimica Sin embargo casi cualquier aspecto de la quimica puede ser descrito de manera cualitativa semi cuantitativa o incluso cuantitativamente mediante un esquema computacional Las moleculas estan conformadas por nucleos atomicos y electrones de manera que la teoria y modelos de la mecanica cuantica pueden ser aplicados a su descripcion Lo mas frecuente es que los quimicos computacionales planteen y resuelvan la ecuacion de Schrodinger no relativista incorporando a posteriori correcciones relativistas cuando esto es indispensable para obtener una correcta descripcion del sistema Teoricamente es posible resolver en forma exacta la ecuacion de Schrodinger molecular ya sea en su forma dependiente del tiempo o en su forma independiente del tiempo pero en la practica esto solo es posible para sistemas muy pequenos Por lo tanto se han desarrollado una gran variedad de metodos aproximados dirigidos a alcanzar el mejor equilibrio entre la viabilidad del calculo su costo y la precision del resultado obtenidos La precision puede siempre ser mejorada incrementando el costo computacional La quimica computacional actual permite calcular con exactitud de manera rutinaria las propiedades de las moleculas que contienen cientos de atomos y los electrones correspondientes con errores para la energia que pueden estar por debajo de 1 kcal mol En cuanto a los aspectos estructurales a nivel atomico la geometria molecular es posible predecir longitudes de enlace con errores de unos pocos picometros pm y los angulos de enlace con errores del orden de 0 5 o displaystyle 0 5 text o El tratamiento de grandes moleculas es computacionalmente abordable mediante otros metodos aproximados tales como los basados en la teoria del funcional de la densidad DFT del ingles density functional theory Existe alguna controversia en el campo sobre si los metodos teoricos son suficientemente exactos para describir reacciones quimicas complejas como las involucradas en problemas de la bioquimica Las macromoleculas pueden ser estudiadas por medio de metodos cuanticos semi empiricos o por metodos de la mecanica clasica tambien llamados metodos de mecanica molecular MM En la quimica teorica quimicos fisicos matematicos e informaticos desarrollan modelos algoritmos y software para predecir propiedades atomicas y moleculares y para encontrar mecanismos de reacciones quimicas Por el contrario los quimicos computacionales emplean programas y metodologias existentes para dar respuesta a preguntas quimicas especificas Hay dos tipos de desafios diferentes para la quimica computacional Estudios dirigidos a orientar la sintesis de laboratorio de nuevas sustancias con propiedades deseadas de cara a un determinado uso o para ayudar a entender en mayor profundidad informacion obtenida experimentalmente por ejemplo la posicion y origen de las senales espectroscopicas de una molecula Estudios dirigidos a predecir moleculas hasta la fecha totalmente desconocidas propiedades que no se puede determinar experimentalmente o explorar mecanismos de reaccion que hasta la fecha no ha sido facil determinar mediante experimentos Asi la quimica computacional puede ayudar a los quimicos experimentales en su trabajo o los puede desafiar a encontrar objetos quimicos totalmente nuevos Dentro de la quimica computacional destacan importantes areas La prediccion de la estructura molecular a nivel atomico mediante el uso de metodos clasicos o llegando al detalle electronico a traves de los metodos de la quimica cuantica Esto se realiza localizando puntos estacionarios gradiente nulo sobre la hipersuperficie de energia potencial correspondiente al sistema que se explora variando la posicion de los nucleos atomicos procedimiento conocido como optimizacion de geometria Almacenamiento y busqueda de datos en entidades quimicas Determinacion de correlaciones entre la estructura quimica y propiedades de interes quimico y o biologico que permiten construir modelos predictivos cuantitativos QSPR y QSAR Labor de modelizacion computacional para ayudar a una eficiente sintesis de componentes Labor de diseno in silico de moleculas capaces de interactuar de forma especifica con otras moleculas e g diseno de farmacos Veanse tambien Analisis retrosinteticoy Modelado molecular Metodos EditarUna misma formula molecular puede representar un numero amplio de isomeros Cada isomero se corresponde con un minimo local de la superficie de energia potencial del sistema molecular resultante de considerar la energia de los electrones mas la energia de repulsion nuclear como una funcion de las coordenadas nucleares Un punto estacionario corresponde a una geometria tal que la derivada de la energia con respecto a todos los desplazamientos de los nucleos vale cero Un minimo local de energia potencial molecular es un punto estacionario para el que todos los desplazamientos nucleares conducen a un aumento de la energia por lo tanto se asocian con formas estables del sistema El minimo local de mas baja energia es llamado minimo global y corresponde al isomero mas estable Cuando un cambio en una coordenada en particular de la estructura lleva a una disminucion de la energia total en ambas direcciones el punto estacionario corresponde a un estado de transicion y la coordenada para la que es un maximo es la coordenada de reaccion Este proceso de determinar los puntos estacionarios es llamado optimizacion geometrica La determinacion de la estructura molecular via optimizacion geometrica se convirtio en una rutina solo cuando metodos eficientes para el calculo de la primera derivada de la energia con respecto a todas las coordenadas atomicas estuviesen disponibles La evaluacion de las segundas derivadas permite la prediccion de las frecuencias vibratorias suponiendo movimientos armonicos Las frecuencias estan relacionadas con los valores propios de la matriz de segundas derivadas la matriz hessiana Si los valores propios son todos positivos entonces las frecuencias son todas reales y el punto estacionario es un minimo local Si un valor propio es negativo una frecuencia imaginaria el punto estacionario es un estado de transicion Si mas de un valor propio es negativo el punto estacionario es todavia mas complejo y habitualmente de poco interes Cuando se encuentra es necesario mover la busqueda fuera de el si se esta buscando un minimo local y un estado de transicion La energia total esta determinada por una solucion aproximada de la ecuacion de Schrodinger dependiente del tiempo usualmente incluyendo terminos no relativistas y haciendo uso de la aproximacion de Born Oppenheimer la cual basada en las mas altas velocidades de los electrones en comparacion con los nucleos permitiendo la separacion de movimientos electronicos y nucleares simplificando la ecuacion de Schrodinger Esto conduce a la evaluacion de la energia total como una suma de energia electronica en las posiciones fijas del nucleo mas la energia de repulsion del mismo Una notable excepcion la constituyen los enfoques llamados quimica cuantica directa los cuales tratan a los electrones y los nucleos por igual Metodos del funcional de densidad y metodos semi empiricos son variantes del tema principal Para cada sistema grande la energia total relativa puede ser comparada utilizando mecanica molecular Las formas de determinar la energia total para predecir la estructura molecular son Metodos cuanticos ab initio HF SCF Editar Articulo principal Metodos ab initio de quimica cuantica Los programas utilizados en quimica computacional estan basados en diferentes metodos de la quimica cuantica que resuelven la ecuacion de Schrodinger asociada al Hamiltoniano molecular Los metodos que no incluyen ningun parametro empirico o semi empirico en sus ecuaciones siendo derivadas directamente de principios teoricos sin la inclusion de datos experimentales son llamados metodos ab initio Esto no implica que la solucion sea exactamente una son todos calculos aproximados de mecanica cuantica Esto significa que una aproximacion se define rigurosamente en funcion de los primeros principios teoria cuantica y su resolucion es con un margen de error que es cualitativamente conocido de antemano Si metodos numericos iterativos han sido empleados la meta es iterar hasta obtener la maxima precision que la maquina pueda dar lo mejor que es posible con un tamano de palabra del computador finito y con las aproximaciones matematicas y o fisicas realizadas El tipo mas simple de calculo de estructura electronica ab initio es el metodo de Hartree Fock HF una extension de la teoria de orbitales moleculares en la cual la correlacion electronica correspondiente a la repulsion electron electron no es tomada en cuenta en forma instantanea sino que su efecto promedio es incluido en los calculos Como el tamano de las bases de conjunto es incrementado la energia y la funcion de onda tienden a un limite llamado el limite Hartree Fock Muchos tipos de calculos conocidos como metodos pos Hartree Fock comienzan con un calculo Hartree Fock para corregir posteriormente la repulsion electron electron conocida tambien como correlacion electronica Ya que estos metodos son llevados al limite la solucion entregada se aproxima a la solucion exacta de la ecuacion no relativista de Schrodinger Con el fin de obtener un total acuerdo con los experimentos se hace necesario incluir terminos relativistas y la interaccion orbita espin ambos solamente importantes para atomos pesados En todos estos enfoques ademas de la eleccion del metodo es necesario elegir un conjunto base Este es un conjunto de bases usualmente centrado en alrededor de los diferentes atomos de la molecula los cuales son usados para expandir las orbitas moleculares con el ansatz CLOA Los metodos ab initio necesitan definir un nivel de teoria el metodo y un conjunto base Dentro del modelo monoelectronico la funcion de onda Hartree Fock viene descrita por una unica configuracion electronica o determinante de Slater Dicha descripcion es adecuada para representar la naturaleza del estado fundamental de las moleculas en general cerca de las estructuras de equilibrio de los sistemas A partir de dicha referencia unica los metodos quimico cuanticos ab initio anaden los efectos de correlacion electronica a traves de procedimientos de interaccion de configuraciones perturbativos u otros Existen muchos casos en los que la descripcion uniconfiguracional HF es inadecuada para representar la estructura electronica del sistema o para estudiar la evolucion del sistema quimico en diferentes regiones de las superficies de energia potencial Situaciones tipicas son el estudio de la disociacion del enlace quimico el calculo del estado electronico excitado la descripcion de situaciones degeneradas entre estados casos birradicalarios estados de transicion complejos estructura electronica en metales de transicion lantanidos o actinidos con muchas capas electronicas cercanas en energia etc En esas situaciones es necesario describir los estados electronicos con mas de una sola configuracion electronica a traves de los metodos multiconfiguracionales el mas conocido de los cuales es el metodo CASSCF En ellos tanto los coeficientes de las configuraciones como los coeficientes de los orbitales moleculares se optimizan simultaneamente Una vez mas sera necesario incluir el resto de la correlacion electronica a partir de dicha funcion de onda multiconfiguracional El empleo de metodos uniconfiguracionales en situaciones que requieren descripciones multiconfiguracionales da lugar en general a graves defectos en los resultados La energia molecular total puede ser evaluada como una funcion de la geometria molecular en otras palabras la energia potencial de superficie Esta superficie puede ser usada para una reaccion dinamica Los puntos estacionarios de la superficie nos llevan a la prediccion de diferentes isomeros y la estructuras de transicion para la conversion entre isomeros pero estos pueden ser determinados sin un conocimiento acabado de la superficie completa Un objetivo especialmente importante llamada termoquimica computacional es para calcular cantidades termoquimicas tales como la entalpia de formacion para la precision de quimicos La precision de quimicos es la precision requerida para hacer predicciones quimicas realistas y se considera generalmente que es 1 kcal mol o 4 kJ mol Para alcanzar tal precision de manera economica es necesario utilizar una serie de metodos post Hartree Fock y combinar los resultados Estos metodos son llamados metodos compuestos de quimica cuantica Metodos cuanticos basados en la teoria del funcional de la densidad Editar Articulo principal Teoria del funcional de la densidad Los metodos de la teoria del funcional de la densidad DFT del ingles Density Functional Theory son a menudo considerados por los metodos ab initio para determinar la estructura electronica molecular incluso aunque muchos de los mas comunes funcionales usen parametros derivados de datos empiricos o de calculos mas complejos Por tanto tambien podrian ser llamados metodos semi empiricos aunque es mas adecuado tratarlos como una clase por si solos En DFT la energia total es expresada en terminos de la densidad total en lugar de la funcion de onda En este tipo de calculos hay un Hamiltoniano aproximado y una expresion aproximada para la densidad electronica total Los metodos DFT pueden ser muy precisos por un coste computacional muy bajo El inconveniente es que a diferencia de los metodos ab initio no hay una manera sistematica de mejorar los metodos mejorando la forma del funcional Algunos metodos combinan el intercambio de densidad del funcional con el intercambio de terminos Hartree Fock y son conocidos como metodos de funcional hibrido Metodos cuanticos semi empiricos Editar Articulo principal Metodo semi empirico de quimica cuantica Los metodos semi empiricos de quimica cuantica estan basados en el formalismo de Hartree Fock pero hacen muchas aproximaciones y obtienen algunos parametros de datos empiricos Son muy importantes en quimica computacional por tratar grandes moleculas donde el metodo completo de Hartree Fock sin aproximaciones es muy caro El uso de parametros empiricos aparece para permitir la inclusion de algunos efectos de correlacion en los metodos Los metodos semi empiricos se basan a menudo en los metodos llamados empiricos donde la parte de dos electrones del Hamiltoniano no es explicitamente incluida Para sistemas p displaystyle pi electron el metodo utilizado es el de Huckel propuesto por Erich Huckel y para todos los sistemas de electrones de valencia el metodo extendido Huckel propuesto por Roald Hoffmann Metodos clasicos de Mecanica molecular Editar Articulo principal Mecanica molecular En muchos casos grandes sistemas moleculares pueden ser modelados satisfactoriamente evitando por completo los calculos requeridos por la mecanica cuantica Simulaciones de mecanica molecular por ejemplo usan una sola expresion para la energia de un compuesto como un oscilador armonico Todas las constantes que aparecen en las ecuaciones deberian ser obtenidas de antemano mediante datos experimentales o calculos ab initio La base de datos de compuestos utilizada para la parametrizacion el conjunto resultante de parametros y funciones es llamado campo de fuerza es crucial para el exito de los calculos de la mecanica molecular Un campo de fuerza parametrizado versus una clase especifica de moleculas por ejemplo proteinas se espera que tenga alguna relevancia cuando describa a otras moleculas de la misma clase Estos metodos pueden ser aplicados a proteinas y otras grandes moleculas biologicas y permite el estudio de los enfoques e interacciones acoplamiento de potenciales moleculas de drogas eg 1 and 2 Metodos para cuerpos solidos Editar Articulo principal Metodos de quimica computacional en fisica de estado solido Metodo de quimica computacional pueden ser aplicados a problemas de fisica de estado solido La estructura electronica de un cristal es en general descrita por una estructura de banda la cual define la energia de los orbitales electronicos por cada punto en la zona Brillouin Calculos ab initio y semi empiricos proporcionan energia orbital por lo tanto pueden ser aplicados a calculos de estructuras de banda Dado que se trata del consumo de tiempo para calcular la energia en una molecula es aun mas el tiempo de consumo para calcularlo para la lista completa de puntos en la zona de Brillouin Dinamica quimica Editar Una vez que las variables electronicas y nucleares son separadas bajo la representacion de Born Oppenheimer en el enfoque tiempo dependiente el paquete de ondas correspondientes a los grados de libertad nucleares es propagado mediante un operador de evolucion de tiempo asociado a la ecuacion de Schrodinger dependiente del tiempo para el hamiltoniano molecular completo En la parte complementaria del enfoque energia dependiente la ecuacion de Schrodinger dependiente del tiempo es resuelta usando la teoria de dispersion El potencial representando las interacciones interatomicas es dado por la energia potencial de superficie En general la energia potencial de superficie estan unidas mediante terminos de acoplamiento vibronico Los metodos mas populares para la propagacion de paquetes de onda asociados a la geometria molecular son la tecnica del operador de division el metodo de multiconfiguracion Hartree dependiente del tiempo y los metodos semiclasicos La dinamica molecular DM examina usando las leyes de Newton el comportamiento de los sistemas dependientes del tiempo incluyendo vibraciones o movimiento Browniano usando una descripcion de mecanica clasica DM combinada con la teoria del funcional de la densidad conduce al metodo Car Parrinello Interpretacion de funciones de ondas moleculares EditarEl modelo atomos en moleculas desarrollado por Richard Bader fue desarrollado con el fin de unir efectivamente la imagen de la mecanica cuantica de una molecula como una funcion de onda electronica a los modelos mas viejos quimicamente mas utilizados tales como la teoria del par de electrones de Lewis y la teoria de la union de valencia Bader ha demostrado que estos empiricamente modelos utiles estan conectados con la topologia de la densidad de carga cuantica Este metodo mejora en el uso al analisis de poblacion de Mulliken Softwares quimicos EditarHay muchos autosuficientes usados por quimicos computacionales Algunos incluyen muchos metodos cubriendo una amplia gama de conceptos mientras que otros cubren solo un area especifica y otros incluso un simple metodo Los detalles de estos pueden encontrarse en Programas computacionales de quimica cuantica Programas de la teoria del funcional de la densidad Programas de mecanica molecular Programas semi empiricos Programas de sistemas de estado solido con condiciones de borde periodicas Programas para uniones de valencia Vease tambien EditarMolecula Conjunto base Bioinformatica Quiminformatica Lista de Quimica Computacional Lista de importantes publicaciones en quimica Academia internacional de Ciencia en cuantica molecular Modelado molecular Modelamiento molecular mediante Monte Carlo Quimica cuantica Quimica teorica Computacion Cientifica Dinamica molecular Fisica estadisticaReferencias Editar Smith S J Sutcliffe B T 1997 The development of Computational Chemistry in the United Kingdom Reviews in Computational Chemistry 70 271 316 Schaefer Henry F III 1972 The electronic structure of atoms and molecules Reading Massachusetss Addison Wesley Publishing Co 146 Boys S F Cook G B Reeves C M Shavitt I 1956 Automatic fundamental calculations of molecular structure Nature 178 2 1207 Richards W G Walker T E H and Hinkley R K 1971 A bibliography of ab initio molecular wave functions Oxford Clarendon Press Preuss H 1968 International Journal of Quantum Chemistry 2 651 Buenker R J Peyerimhoff S D 1969 Chemical Physics Letters 3 37 Schaefer Henry F III 1984 Quantum Chemistry Oxford Clarendon Press Streitwieser A Brauman J I and Coulson C A 1965 Supplementary Tables of Molecular Orbital Calculations Oxford 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