En química computacional, una matriz Z representa el conjunto de coordenadas internas que definen la posición de cada átomo dentro de una molécula. Se denominan coordenadas internas ya que la posición de cáda punto queda definida por su posición relativa respecto a un número mínimo de puntos restantes presentes en una molécula. Su nombre proviene del hecho de que automáticamente se asigna como el eje cartesiano Z al primer vector de distancia encontrado respecto del átomo central.
Esta representación consta de una lista de identificación para cada átomo, la distancia de este hacia otro ya definido con anterioridad, el ángulo que ambos forman respecto a un tercero y ángulos de torsión respecto de un cuarto átomo.
Los elementos empleados para la generación de una matriz Z pueden o no reflejar la conectividad de la molécula.
La gran mayoría de las ocasiones el uso de una matriz Z permite realizar optimizaciones de geometría con mayor velocidad de cómputo respecto del uso de coordenadas cartesianas.
Ejemplo
La molécula de metano puede ser descrita en coordenadas cartesianas de la siguiente manera (Angstrom):
C 0.000000 0.000000 0.000000
H 0.000000 0.000000 1.089000
H 1.026719 0.000000 -0.363000
H -0.513360 -0.889165 -0.363000
H -0.513360 0.889165 -0.363000
Mientras que la Matriz Z para la misma molécula se observa como:
C
H 1 1.089000
H 1 1.089000 2 109.4710
H 1 1.089000 2 109.4710 3 120.0000
H 1 1.089000 2 109.4710 3 240.0000
La forma correcta de leer este formato consiste en tomar el primer átomo como origen de las coordenadas, en este caso el átomo de Carbono. La segunda línea muestra un átomo de Hidrógeno unido al átomo 1 (para este ejemplo C) por una distancia de 1.089 Å. La tercera línea muestra otro átomo de H unido a 1 por un vector de la misma magnitud que el anterior, y un ángulo entre ellos de 109.471°. La secuencia de los átomos define el vértice del ángulo (en este caso 3-1-2). A la cuarta línea se ha agregado un ángulo de torsión de 120.0° respecto al átomo 3, lo cual implica que el plano definido por 4-1-2 se encuentra a 120.0° respecto del plano definido por 2-1-3.
Datos:Q6006332
Agosto 04, 2021
matriz, química, computacional, matriz, representa, conjunto, coordenadas, internas, definen, posición, cada, átomo, dentro, molécula, denominan, coordenadas, internas, posición, cáda, punto, queda, definida, posición, relativa, respecto, número, mínimo, punto. En quimica computacional una matriz Z representa el conjunto de coordenadas internas que definen la posicion de cada atomo dentro de una molecula Se denominan coordenadas internas ya que la posicion de cada punto queda definida por su posicion relativa respecto a un numero minimo de puntos restantes presentes en una molecula Su nombre proviene del hecho de que automaticamente se asigna como el eje cartesiano Z al primer vector de distancia encontrado respecto del atomo central Esta representacion consta de una lista de identificacion para cada atomo la distancia de este hacia otro ya definido con anterioridad el angulo que ambos forman respecto a un tercero y angulos de torsion respecto de un cuarto atomo Los elementos empleados para la generacion de una matriz Z pueden o no reflejar la conectividad de la molecula La gran mayoria de las ocasiones el uso de una matriz Z permite realizar optimizaciones de geometria con mayor velocidad de computo respecto del uso de coordenadas cartesianas Ejemplo EditarLa molecula de metano puede ser descrita en coordenadas cartesianas de la siguiente manera Angstrom C 0 000000 0 000000 0 000000 H 0 000000 0 000000 1 089000 H 1 026719 0 000000 0 363000 H 0 513360 0 889165 0 363000 H 0 513360 0 889165 0 363000Mientras que la Matriz Z para la misma molecula se observa como C H 1 1 089000 H 1 1 089000 2 109 4710 H 1 1 089000 2 109 4710 3 120 0000 H 1 1 089000 2 109 4710 3 240 0000La forma correcta de leer este formato consiste en tomar el primer atomo como origen de las coordenadas en este caso el atomo de Carbono La segunda linea muestra un atomo de Hidrogeno unido al atomo 1 para este ejemplo C por una distancia de 1 089 A La tercera linea muestra otro atomo de H unido a 1 por un vector de la misma magnitud que el anterior y un angulo entre ellos de 109 471 La secuencia de los atomos define el vertice del angulo en este caso 3 1 2 A la cuarta linea se ha agregado un angulo de torsion de 120 0 respecto al atomo 3 lo cual implica que el plano definido por 4 1 2 se encuentra a 120 0 respecto del plano definido por 2 1 3 Datos Q6006332Obtenido de https es wikipedia org w index php title Matriz Z amp oldid 117912261, wikipedia, wiki, leyendo, leer, libro, biblioteca,
