Amidasa

Una amidasa (EC 3.5.1.4), es una enzima que cataliza la hidrólisis de una amida:

Amidasa
Estructuras disponibles
PDB	Estructuras enzimáticas RCSB PDB, PDBe, PDBsum
Identificadores
Identificadores externos	Bases de datos de enzimas IntEnz: entrada en IntEnz BRENDA: entrada en BRENDA ExPASy: NiceZime view KEGG: entrada en KEEG PRIAM: perfil PRIAM ExplorEnz: entrada en ExplorEnz MetaCyc: vía metabólica
Número EC	3.5.1.4
Número CAS	9012-56-0
Ontología génica Actividad enzimática AmiGO / EGO
Ortólogos
Especies	Humano Ratón
PubMed (Búsqueda)	[1]
PMC (Búsqueda)	[2]
v t e
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Amidasa
Identificadores
Símbolo	Amidasa
Pfam	PF01425
InterPro	IPR000120
PROSITE	PDOC00494
SCOP	1ocm
Familia OPM	72
Proteína OPM	1mt5
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Por lo tanto los dos sustratos de esta clase de enzimas son una amida monocarboxílica y agua, mientras que sus dos productos son un monocarboxilato y amoníaco.

Clasificación

Esta clase de enzimas pertenece a la familia de las hidrolasas, dentro del grupo de las hidrolasas que actúan sobre enlaces carbono-nitrógeno diferentes a los enlaces peptídicos, y más específicamente a las que actúan sobre amidas lineales.

Nomenclatura

El nombre sistemático de esta clase de enzimas es acilamida amidohidrolasa. Otros nombres de uso común pueden ser acilamidasa, acilasa (en desuso), amidohidrolasa (ambiguo), deaminasa (ambiguo), acilamidasa, N-acetilaminohidrolasa (ambiguo)

Papel biológico

Esta enzima participa en seis vías metabólicas: el ciclo de la urea y en el metabolismo de los grupos amino; en el metabolismo de la fenilalanina; en el metabolismo del triptófano, en el metabolismo de los cianoaminoácidos, en la degradación del benzoato por la vía de unión a CoA, y en la degradación del estireno.

Las amidasas contienen una secuencia conservada de aproximadamente 130 aminoácidos, conocida como la secuencia AS. Se encuentran ampliamente distribuidas, tanto en los procariotas como en los eucariotas. Las enzimas AS catalizan la hidrólisis de un enlace amida (CO-NH
2; aunque la familia ha divergido ampliamente para alcanzar diferentes especificidades de sustrato y función. Sin embargo estas enzimas mantienen un núcleo estructural de tipo alfa/beta/alfa; donde las topologías de las mitades N- y C- terminales son similares.

Las enzimas AS característicamente poseen una región C- terminal altamente conservada, rica en serina y glicina; pero carente de ácido aspártico e histidina; por lo que difieren de las serina hidrolasas clásicas. Estas enzimas poseen una secuencia única, altamente conservada, en la que destaca la tríada catalítica Ser-Ser-Lys utilizada para la hidrólisis de amidas, aunque el mecanismo catalítico para los intermediarios de la reacción acil-enzima pueden diferir entre diferentes enzimas.^[1]​

Algunos ejemplos de enzimas que contienen la firma AS:

• Péptido amidasa (Pam),^[1]​ que cataliza la hidrólisis de los enlaces amida C- terminales de los péptidos.

• Ácido graso amida hidrolasas,^[2]​ los cuales hidrolizan amidas de ácidos grasos (p.ej. anandamida cannabinoide y oleamidas inductoras del sueño), por lo que controlan los niveles y duración de la regulación de la expresión génica mediada por diversas clases de transmisores lipídicos.

• Malonamidasa E2,^[3]​ la cual cataliza la hidrólisis del malonamato en malonato y amoníaco, y que se encuentra involucrada en el transporte de nitrógeno fijado desde los bacterioides hacia las células de las plantas en el metabolismo simbiótico del nitrógeno..

• Subunidad A de la Glu-ARNt(Gln) amidotransferasa,^[4]​ una enzima heterotrimérica que cataliza la formación de Gln-ARNt(Gln) por transamidación del Glu-ARNt(Gln) vía amidólisis de glutamina.

Estudios estructurales

Hasta el año 2007, se habían resuelto dos estructuras para esta clase de enzimas, con los siguientes códigos de acceso a PDB: 2PLQ y 2UXY.

Referencias

1. Valiña AL, Mazumder-Shivakumar D, Bruice TC (December 2004). «Probing the Ser-Ser-Lys catalytic triad mechanism of peptide amidase: computational studies of the ground state, transition state, and intermediate». Biochemistry 43 (50): 15657-72. PMID 15595822. doi:10.1021/bi049025r. 
2. Wei BQ, Mikkelsen TS, McKinney MK, Lander ES, Cravatt BF (December 2006). «A second fatty acid amide hydrolase with variable distribution among placental mammals». J. Biol. Chem. 281 (48): 36569-78. PMID 17015445. doi:10.1074/jbc.M606646200. 
3. Shin S, Lee TH, Ha NC, Koo HM, Kim SY, Lee HS, Kim YS, Oh BH (June 2002). «Structure of malonamidase E2 reveals a novelSer-cisSer-Lys catalytic triad in a new serine hydrolase fold that is prevalent in nature». EMBO J. 21 (11): 2509-16. PMC 126024. PMID 12032064. doi:10.1093/emboj/21.11.2509. 
4. Kwak JH, Shin K, Woo JS, Kim MK, Kim SI, Eom SH, Hong KW (December 2002). «Expression, purification, and crystallization of glutamyl-tRNA(Gln) specific amidotransferase from Bacillus stearothermophilus». Mol. Cells 14 (3): 374-81. PMID 12521300. 

Lecturas adicionales

• Bray HG, James SP, Raffan IM, Ryman BE and Thorpe WV (1949). «The fate of certain organic acids and amides in the rabbit. 7. An amidase of rabbit liver». Biochem. J. 44: 618-625. 
• Bray HG, James SP, Thorpe WV and Wasdell MR (1950). «The fate of certain organic acids and amides in the rabbit. 11 Further observations on the hydrolysis of amides by tissue extracts». Biochem. J. 47: 294-299. 

•   Datos: Q24775735