La posición taxonómica de Polypodiozoa es incierta, el Registro Mundial de Especies Marinas establece su clasificación como temporal, ya que sus relaciones filogenéticas no están claras. Fue previamente incluido con las narcomedusas (Narcomedusae), pero la tendencia actual es a considerarlo como una clase propia de cnidarios. Los datos moleculares sugieren que podría estar relacionado con los mixozoos (también parásitos), pero este punto es controvertido.
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