Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages
Noviembre 08, 2023
La Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (en español, Asignación Filogenética de Linajes de Brotes Globales Nombrados) (PANGOLIN por sus siglas) es una herramienta de software[1] desarrollada por miembros del laboratorio de Andrew Rambaut, con una aplicación web asociada desarrollada por el Centro de vigilancia de patógenos genómicos en South Cambridgeshire.[2] Su propósito es implementar una nomenclatura dinámica (conocida como nomenclatura PANGO) para clasificar los linajes genéticos del SARS-CoV-2, el virus que causa el COVID-19.[3] Un usuario con una secuencia completa del genoma de una muestra de SARS-CoV-2 puede usar la herramienta para enviar esa secuencia, que luego se compara con otras secuencias del genoma y se le asigna el linaje más probable (linaje PANGO).[4] Son posibles ejecuciones únicas o múltiples, y la herramienta puede devolver más información sobre el historial conocido del linaje asignado.[4] Además, interactúa con Microreact, para mostrar una secuencia de tiempo de la ubicación de los informes de muestras secuenciadas del mismo linaje.[4] Esta última característica se basa en genomas disponibles públicamente obtenidos del COVID-19 Genomics UK Consortium y de los presentados a GISAID.[4] Lleva el nombre del pangolín.
Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages
Un linaje Pango se describe como un grupo de secuencias asociadas con un evento epidemiológico por ejemplo, la introducción del virus en un área geográfica distinta con evidencia de propagación.[3]
Referenciaseditar
«Release pangolin v3.1.4 · cov-lineages/pangolin». GitHub(en inglés). Consultado el 29 de noviembre de 2021.
«Real-Time Epidemiology for COVID-19 | Centre for Genomic Pathogen Surveillance». www.pathogensurveillance.net. Consultado el 29 de noviembre de 2021.
↑ Rambaut, Andrew; Holmes, Edward C.; O’Toole, Áine; Hill, Verity; McCrone, John T.; Ruis, Christopher; du Plessis, Louis; Pybus, Oliver G. (1 de noviembre de 2020). «A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology». Nature microbiology5 (11): 1403-1407. ISSN 2058-5276. PMC 7610519. PMID 32669681. doi:10.1038/s41564-020-0770-5. Consultado el 29 de noviembre de 2021.
↑ «Pangolin web application release». Virological(en inglés). 13 de mayo de 2020. Consultado el 29 de noviembre de 2021.
Enlaces externoseditar
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Datos:Q105185169
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Noviembre 08, 2023
phylogenetic, assignment, named, global, outbreak, lineages, español, asignación, filogenética, linajes, brotes, globales, nombrados, pangolin, siglas, herramienta, software, desarrollada, miembros, laboratorio, andrew, rambaut, aplicación, asociada, desarroll. La Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages en espanol Asignacion Filogenetica de Linajes de Brotes Globales Nombrados PANGOLIN por sus siglas es una herramienta de software 1 desarrollada por miembros del laboratorio de Andrew Rambaut con una aplicacion web asociada desarrollada por el Centro de vigilancia de patogenos genomicos en South Cambridgeshire 2 Su proposito es implementar una nomenclatura dinamica conocida como nomenclatura PANGO para clasificar los linajes geneticos del SARS CoV 2 el virus que causa el COVID 19 3 Un usuario con una secuencia completa del genoma de una muestra de SARS CoV 2 puede usar la herramienta para enviar esa secuencia que luego se compara con otras secuencias del genoma y se le asigna el linaje mas probable linaje PANGO 4 Son posibles ejecuciones unicas o multiples y la herramienta puede devolver mas informacion sobre el historial conocido del linaje asignado 4 Ademas interactua con Microreact para mostrar una secuencia de tiempo de la ubicacion de los informes de muestras secuenciadas del mismo linaje 4 Esta ultima caracteristica se basa en genomas disponibles publicamente obtenidos del COVID 19 Genomics UK Consortium y de los presentados a GISAID 4 Lleva el nombre del pangolin Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak LineagesInformacion generalTipo de programasoftwareLicenciaGPLv3Informacion tecnicaProgramado enPythonVersionesUltima version estable2 3 523 de marzo de 2021EnlacesSitio web oficial Repositorio de codigo editar datos en Wikidata Contexto editarUn linaje Pango se describe como un grupo de secuencias asociadas con un evento epidemiologico por ejemplo la introduccion del virus en un area geografica distinta con evidencia de propagacion 3 Referencias editar Release pangolin v3 1 4 cov lineages pangolin GitHub en ingles Consultado el 29 de noviembre de 2021 Real Time Epidemiology for COVID 19 Centre for Genomic Pathogen Surveillance www pathogensurveillance net Consultado el 29 de noviembre de 2021 a b Rambaut Andrew Holmes Edward C O Toole Aine Hill Verity McCrone John T Ruis Christopher du Plessis Louis Pybus Oliver G 1 de noviembre de 2020 A dynamic nomenclature proposal for SARS CoV 2 lineages to assist genomic epidemiology Nature microbiology 5 11 1403 1407 ISSN 2058 5276 PMC 7610519 PMID 32669681 doi 10 1038 s41564 020 0770 5 Consultado el 29 de noviembre de 2021 a b c d Pangolin web application release Virological en ingles 13 de mayo de 2020 Consultado el 29 de noviembre de 2021 Enlaces externos editarEsta obra contiene una traduccion parcial derivada de Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages de Wikipedia en ingles publicada por sus editores bajo la Licencia de documentacion libre de GNU y la Licencia Creative Commons Atribucion CompartirIgual 4 0 Internacional nbsp Datos Q105185169 nbsp Multimedia Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages Q105185169 Obtenido de https es wikipedia org w index php title Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages amp oldid 154188983, wikipedia, wiki, leyendo, leer, libro, biblioteca,
