El conjunto de matrices PAM, o Point Accepted Mutation (del inglés, mutación puntual aceptada), también Percent Accepted Mutation, y también matriz de datos de mutación de Dayhoff o MD, es un conjunto de matrices de mutación de péptidos, o matrices de sustitución, calculado por Margaret Dayhoff a finales de los años 70 del pasado siglo,[1] en lo que se convertiría en un trabajo determinante en el campo de la bioinformática. Cada matriz, cuadrada y simétrica, es normalmente de un tamaño de 20 por 20 (por los veinte aminoácidos estándar, aunque nada impide contemplar los restantes y ampliar, en consecuencia, el orden de la matriz).
Matriz PAM70, calculada con el servicio web del Wageningen University Laboratory of Bioinformatics para tal fin; en este caso se representan 23 aminoácidos.
El valor de una determinada celda representa la probabilidad de la sustitución de un aminoácido por otro, conocida como mutación puntual. Puesto que la matriz se calcula observando diferencias en proteínas muy cercanas evolutivamente (con, al menos, un 85% de similitud), las sustituciones en cuestión no tienen efecto sobre la función de la proteína, por lo que se trata de mutaciones aceptadas (de ahí su nombre) en el proceso evolutivo.[2]
Hay diferentes matrices PAM. PAM1 se calculó considerando secuencias con una mutación puntual por cada cien aminoácidos.[1] En otras palabras, la matriz PAM1 estima el ritmo de sustitución esperado entre dos aminoácidos si el 1% de los aminoácidos cambian. Otras matrices PAM se derivan de la multiplicación de la PAM1 por sí misma, ya que se asume que mutaciones repetidas seguirían, en cuanto a sus probabilidades, el mismo patrón que las establecidas en la matriz PAM1, así como que múltiples sustituciones pueden ocurrir al mismo tiempo. Las matrices derivadas de esta forma son, por lo tanto, más adecuadas para relacionar secuencias evolutivamente más lejanas.[2] PAM250, por ejemplo, es el resultado de elevar a la 250 potencia a PAM1, y es equivalente a 250 sustituciones por cada cien aminoácidos. Este último ejemplo, en el que el número de sustituciones es superior al de aminoácidos, es ilustrativo en cuanto a la necesaria consideración de sustituciones múltiples sobre un determinado aminoácido (o sobre su situación en la secuencia) para periodos suficientemente largos.
Por lo anterior, es apreciable que Dayhoff realizó un trabajo con un fuerte componente teórico al asumir que se puede calcular una matriz para secuencias divergentes desde una matriz para secuencias cercanamente relacionadas, elevando esta segunda matriz a una determinada potencia. No hay que olvidar que en los años de desarrollo de este trabajo el número de secuencias conocidas era relativamente escaso, por lo que trabajos posteriores con una más completa base empírica están ofreciendo a los investigadores mejores resultados (caso de las matrices BLOSUM).[3] Por otra parte, también se ha utilizado la misma metodología de Dayhoff en décadas posteriores, pero aprovechando las grandes bases de datos de proteínas actuales[4][5] (caso de las matrices JTT).
Las matrices PAM de uso más común son las PAM30 y PAM70.[6]
Referencias
↑ Attwood, T. K. (2002). «6». Introducción a la bioinformática. Prentice Hall. p. 117. ISBN84-205-3551-6.
↑ Dayhoff, M.O. et al. (1978). Dayhoff, M. O., ed. Atlas of Protein Sequence and Structure, Vol 5, Suppl 3. pp. 345-352. ISBN84-205-3551-6.
Korf, I et al. (2003). «4 - Sequence Similarity». En O'Reilly, ed. BLAST. p. 55. ISBN0-596-00299-8.
Gonnet GH, Cohen MA, Benner SA (1992). «Exhaustive matching of the entire protein sequence database». Science256: 1443-1445.
Jones DT, Taylor WR, Thornton JM (1992). «The rapid generation of mutation data matrices from protein sequences». Comput Applic Biosci8: 275-282.
Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology: ABC of Bioinformatics; Elsevier, 2018. pág 28
point, accepted, mutation, conjunto, matrices, point, accepted, mutation, inglés, mutación, puntual, aceptada, también, percent, accepted, mutation, también, matriz, datos, mutación, dayhoff, conjunto, matrices, mutación, péptidos, matrices, sustitución, calcu. El conjunto de matrices PAM o Point Accepted Mutation del ingles mutacion puntual aceptada tambien Percent Accepted Mutation y tambien matriz de datos de mutacion de Dayhoff o MD es un conjunto de matrices de mutacion de peptidos o matrices de sustitucion calculado por Margaret Dayhoff a finales de los anos 70 del pasado siglo 1 en lo que se convertiria en un trabajo determinante en el campo de la bioinformatica Cada matriz cuadrada y simetrica es normalmente de un tamano de 20 por 20 por los veinte aminoacidos estandar aunque nada impide contemplar los restantes y ampliar en consecuencia el orden de la matriz Matriz PAM70 calculada con el servicio web del Wageningen University Laboratory of Bioinformatics para tal fin en este caso se representan 23 aminoacidos El valor de una determinada celda representa la probabilidad de la sustitucion de un aminoacido por otro conocida como mutacion puntual Puesto que la matriz se calcula observando diferencias en proteinas muy cercanas evolutivamente con al menos un 85 de similitud las sustituciones en cuestion no tienen efecto sobre la funcion de la proteina por lo que se trata de mutaciones aceptadas de ahi su nombre en el proceso evolutivo 2 Este tipo de matriz se conoce usualmente como matriz de sustitucion y se usa en alineamientos de secuencias tanto de pares como multiples Hay diferentes matrices PAM PAM1 se calculo considerando secuencias con una mutacion puntual por cada cien aminoacidos 1 En otras palabras la matriz PAM1 estima el ritmo de sustitucion esperado entre dos aminoacidos si el 1 de los aminoacidos cambian Otras matrices PAM se derivan de la multiplicacion de la PAM1 por si misma ya que se asume que mutaciones repetidas seguirian en cuanto a sus probabilidades el mismo patron que las establecidas en la matriz PAM1 asi como que multiples sustituciones pueden ocurrir al mismo tiempo Las matrices derivadas de esta forma son por lo tanto mas adecuadas para relacionar secuencias evolutivamente mas lejanas 2 PAM250 por ejemplo es el resultado de elevar a la 250 potencia a PAM1 y es equivalente a 250 sustituciones por cada cien aminoacidos Este ultimo ejemplo en el que el numero de sustituciones es superior al de aminoacidos es ilustrativo en cuanto a la necesaria consideracion de sustituciones multiples sobre un determinado aminoacido o sobre su situacion en la secuencia para periodos suficientemente largos Por lo anterior es apreciable que Dayhoff realizo un trabajo con un fuerte componente teorico al asumir que se puede calcular una matriz para secuencias divergentes desde una matriz para secuencias cercanamente relacionadas elevando esta segunda matriz a una determinada potencia No hay que olvidar que en los anos de desarrollo de este trabajo el numero de secuencias conocidas era relativamente escaso por lo que trabajos posteriores con una mas completa base empirica estan ofreciendo a los investigadores mejores resultados caso de las matrices BLOSUM 3 Por otra parte tambien se ha utilizado la misma metodologia de Dayhoff en decadas posteriores pero aprovechando las grandes bases de datos de proteinas actuales 4 5 caso de las matrices JTT Las matrices PAM de uso mas comun son las PAM30 y PAM70 6 Referencias Editar a b Attwood T K 2002 6 Introduccion a la bioinformatica Prentice Hall p 117 ISBN 84 205 3551 6 a b Dayhoff M O et al 1978 Dayhoff M O ed Atlas of Protein Sequence and Structure Vol 5 Suppl 3 pp 345 352 ISBN 84 205 3551 6 Korf I et al 2003 4 Sequence Similarity En O Reilly ed BLAST p 55 ISBN 0 596 00299 8 Gonnet GH Cohen MA Benner SA 1992 Exhaustive matching of the entire protein sequence database Science 256 1443 1445 Jones DT Taylor WR Thornton JM 1992 The rapid generation of mutation data matrices from protein sequences Comput Applic Biosci 8 275 282 Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology ABC of Bioinformatics Elsevier 2018 pag 28Enlaces externos EditarCalculadora de matrices PAM http www inf ethz ch personal gonnet DarwinManual node148 htmlVease tambien EditarAlineamiento de secuencias Alineamiento multiple de secuencias BLOSUM Matriz de sustitucion Datos Q956534Obtenido de https es wikipedia org w index php title Point accepted mutation amp oldid 131585601, wikipedia, wiki, leyendo, leer, libro, biblioteca,
