Se cree que Ceratodus se extinguió en algún momento alrededor del principio de la etapa del Maastrichtiense del Cretácico Superior, hace 70 millones de años. Se considera que el pariente vivo más cercano de Ceratodus es el pez pulmonado de Queensland, Neoceratodus forsteri, cuyo nombre de género precisamente significa "nuevo Ceratodus" en griego.
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