Nacido y educado en Edimburgo, Anderson se graduó en la Universidad de Edimburgo con un doctorado médico en 1841. Habiendo desarrollado un interés en la química durante sus estudios médicos, dedicó algunos años al estudio de la química en el continente europeo incluyendo la asistencia a clases bajo Jöns Jakob Berzelius en Suecia y a clases de Justus von Liebig en Alemania. Al volver a Edimnburgo, trabajó en la Universidad de Edimburgo y en la Highland and Agricultural Society of Scotland. En 1852 fue nombrado Profesor Regius de Química en la Universidad de Glasgow y permaneció en aquel cargo por el resto de su carrera.[3] En 1872, Anderson fue premiado con la medalla Royal de la Royal Society "por sus investigaciones en las bases orgánicas del aceite animal Dippell, sobre la codeína, sobre los constituyentes cristalizados del opio; sobre la piperina y la papaverina y por sus investigaciones en la fisiología y química animal."
Sus últimos años fueron estropeados por una enfermedad neurológica progresiva (que podría haber sido sífilis).[4] Renunció a su cargo a comienzos del año 1874, y murió tiempo después en Chiswick.
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