El Tris es la molécula responsable del tamponamiento (regulación del pH).
El borato contribuye a ajustar el pH deseado e igualmente a mantenerlo.
El EDTA es un quelante de cationes divalentes cuya función es secuestrar el Mg2+, con lo que se evita que las posibles nucleasas presentes degraden los ácidos nucleicos de la muestra (la mayoría de las nucleasas requieren Mg2+ como cofactor).
El TBE puede diluirse a 1X antes de usar en la electroforesis, también se emplea a 0.5x. Concentraciones más elevadas dan malos resultados debido a la elevada temperatura que se alcanza.
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