La predicción de acoplamiento proteína-proteína, que en el contexto de la bioinformática suele denominarse simplemente como acoplamiento proteína-proteína, y que es frecuente ver en la literatura en castellano bajo su denominación en inglés protein-protein docking o, también, docking proteína-proteína, es la determinación de la estructura molecular de complejos formados por dos o más proteínas sin la necesidad de medida experimental. El estudio del acoplamiento proteína-proteína fue estimulado por el rápido incremento en la década de 1990 de las estructuras de proteínas disponibles, y ha estado bajo investigación intensiva desde entonces. Muchas proteínas que permanecen relativamente rígidas en la formación del complejo pueden ser acopladas actualmente con éxito. Hay métodos en desarrollo para manejar casos en los que la conformación interna de una o más partes cambia sustancialmente.
El acoplamiento proteína-proteína no se refiere, en general, a la descripción de la trayectoria seguida por los componentes durante la formación del complejo; el único objeto del acoplamiento es el estado final del complejo. Puesto que el uso natural del término "acoplamiento" puede sugerir guía a lo largo de una trayectoria, "acoplamiento proteína-proteína" podría ser considerada como una denominación equivocada, de la misma manera que la frecuente ausencia del término "predicción" en su uso puede hacer creer en un enfoque químico y experimental del concepto en lugar del cálculo algorítmico que es.
Introducción
Para la mayoría de las proteínas conocidas, su papel biológico, según queda caracterizado por cuáles otras proteínas interactúan con ella, no se entiende completamente. Hasta las proteínas que participan en un proceso biológico bien conocido (como, por ejemplo, el ciclo de Krebs), podrían tener compañeras de interacción o funciones que no se relacionen con esos procesos. Además, un amplio número de proteínas "hipotéticas" fueron descubiertas en la revolución genómica de finales de los 90 del siglo XX, sobre las que no se conoce información en absoluto con la excepción de sus secuencias de aminoácidos.
En casos de interacciones proteína-proteína conocidas, se presentan otras cuestiones. Se sabe que las enfermedades genéticas son causadas por proteínas incorrectamente plegadas o mutadas (la fibrosis quística, por ejemplo), y se desea entender qué interacciones anómalas proteína-proteína, si es que existen, puede causar una mutación determinada. En un futuro lejano podrían diseñarse proteínas para realizar funciones biológicas, y será esencial una determinación de las interacciones potenciales de tales proteínas.
Para cualquier conjunto dado de proteínas pueden presentarse las siguientes cuestiones:
¿cuál es la configuración espacial que adoptan en su estado compuesto?
¿cómo de fuerte o débil es su interacción?
Si no se ligan, ¿pueden ligarse induciendo una mutación?
Se asume que el acoplamiento proteína-proteína tiene el potencial definitivo para manejar detalladamente todas estas cuestiones. Además, y puesto que los métodos de acoplamiento pueden basarse en puros principios físicos, hasta las proteínas de función desconocida (o que hayan sido estudiadas relativamente poco) pueden ser acopladas. El único requisito es que su estructura molecular haya sido determinada experimentalmente, o bien estimada por alguna técnica teórica (ver predicción de estructura de proteínas).
Acoplamiento de sólido rígidovs. acoplamiento flexible
Si los ángulos y longitudes de los enlaces, así como los ángulos de torsión, de los componentes no se modifican en ninguna etapa de la generación del complejo, se conoce como acoplamiento de sólido rígido. Se especula sobre si el acoplamiento de sólido rígido es lo suficientemente bueno para la mayoría de los acoplamientos. Cuando ocurre un cambio sustancial en la conformación entre los componentes en el momento de la formación del complejo, el acoplamiento de sólido rígido es inadecuado. Sin embargo, tomar en cuenta todos los cambios conformacionales posibles es prohibitivamente costoso en tiempo computacional. Los procedimientos que permiten este cambio conformacional, o procedimientos de acoplamiento flexible, deben seleccionar de forma inteligente un pequeño subconjunto de cambios conformacionales posibles para ser tomados en consideración.
predicción, acoplamiento, proteína, proteína, predicción, acoplamiento, proteína, proteína, contexto, bioinformática, suele, denominarse, simplemente, como, acoplamiento, proteína, proteína, frecuente, literatura, castellano, bajo, denominación, inglés, protei. La prediccion de acoplamiento proteina proteina que en el contexto de la bioinformatica suele denominarse simplemente como acoplamiento proteina proteina y que es frecuente ver en la literatura en castellano bajo su denominacion en ingles protein protein docking o tambien docking proteina proteina es la determinacion de la estructura molecular de complejos formados por dos o mas proteinas sin la necesidad de medida experimental El estudio del acoplamiento proteina proteina fue estimulado por el rapido incremento en la decada de 1990 de las estructuras de proteinas disponibles y ha estado bajo investigacion intensiva desde entonces Muchas proteinas que permanecen relativamente rigidas en la formacion del complejo pueden ser acopladas actualmente con exito Hay metodos en desarrollo para manejar casos en los que la conformacion interna de una o mas partes cambia sustancialmente El acoplamiento proteina proteina no se refiere en general a la descripcion de la trayectoria seguida por los componentes durante la formacion del complejo el unico objeto del acoplamiento es el estado final del complejo Puesto que el uso natural del termino acoplamiento puede sugerir guia a lo largo de una trayectoria acoplamiento proteina proteina podria ser considerada como una denominacion equivocada de la misma manera que la frecuente ausencia del termino prediccion en su uso puede hacer creer en un enfoque quimico y experimental del concepto en lugar del calculo algoritmico que es Introduccion EditarPara la mayoria de las proteinas conocidas su papel biologico segun queda caracterizado por cuales otras proteinas interactuan con ella no se entiende completamente Hasta las proteinas que participan en un proceso biologico bien conocido como por ejemplo el ciclo de Krebs podrian tener companeras de interaccion o funciones que no se relacionen con esos procesos Ademas un amplio numero de proteinas hipoteticas fueron descubiertas en la revolucion genomica de finales de los 90 del siglo XX sobre las que no se conoce informacion en absoluto con la excepcion de sus secuencias de aminoacidos En casos de interacciones proteina proteina conocidas se presentan otras cuestiones Se sabe que las enfermedades geneticas son causadas por proteinas incorrectamente plegadas o mutadas la fibrosis quistica por ejemplo y se desea entender que interacciones anomalas proteina proteina si es que existen puede causar una mutacion determinada En un futuro lejano podrian disenarse proteinas para realizar funciones biologicas y sera esencial una determinacion de las interacciones potenciales de tales proteinas Para cualquier conjunto dado de proteinas pueden presentarse las siguientes cuestiones Pueden ligarse las proteinas in vivo Si se ligan cual es la configuracion espacial que adoptan en su estado compuesto como de fuerte o debil es su interaccion Si no se ligan pueden ligarse induciendo una mutacion Se asume que el acoplamiento proteina proteina tiene el potencial definitivo para manejar detalladamente todas estas cuestiones Ademas y puesto que los metodos de acoplamiento pueden basarse en puros principios fisicos hasta las proteinas de funcion desconocida o que hayan sido estudiadas relativamente poco pueden ser acopladas El unico requisito es que su estructura molecular haya sido determinada experimentalmente o bien estimada por alguna tecnica teorica ver prediccion de estructura de proteinas Acoplamiento de solido rigido vs acoplamiento flexible Editar Si los angulos y longitudes de los enlaces asi como los angulos de torsion de los componentes no se modifican en ninguna etapa de la generacion del complejo se conoce como acoplamiento de solido rigido Se especula sobre si el acoplamiento de solido rigido es lo suficientemente bueno para la mayoria de los acoplamientos Cuando ocurre un cambio sustancial en la conformacion entre los componentes en el momento de la formacion del complejo el acoplamiento de solido rigido es inadecuado Sin embargo tomar en cuenta todos los cambios conformacionales posibles es prohibitivamente costoso en tiempo computacional Los procedimientos que permiten este cambio conformacional o procedimientos de acoplamiento flexible deben seleccionar de forma inteligente un pequeno subconjunto de cambios conformacionales posibles para ser tomados en consideracion Vease tambien EditarInteracciones proteina proteina Complejo proteico Proteina Interactoma Datos Q836685Obtenido de https es wikipedia org w index php title Prediccion de acoplamiento proteina proteina amp oldid 117953437, wikipedia, wiki, leyendo, leer, libro, biblioteca,
