A diferencia de la clásica arquitectura ATX y bus PCI que son usados en la mayoría de los computadoras personales, el PC/104 está diseñado para aplicaciones específicas, como adquisición de datos o sistemas de control industrial.
La arquitectura de la placa base no es la típica placa de circuitos integrados (backplane) en el que van insertados los componentes; en lugar de eso, los componentes se encuentran en módulos que son apilados unos encima de otros. El tamaño estándar es de 90.17 mm × 95.89 mm. La altura depende del número de módulos conectados.
El bus de la versión de 1992 del PC/104 usa 104 pines. Estos pines incluyen todas las líneas normales usadas por el bus ISA, además añade líneas de masa para mejorar la integridad de las señales. La sincronización de las señales y los niveles de tensión son idénticos al bus ISA, pero con menos requisitos de corriente.
De forma similar, el bus del PC/104-Plus es una versión compacta del bus PCI.
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