Para crear logos de secuencias, las secuencias relacionadas de ADN, ARN o proteínas, o bien secuencias de ADN que comparten lugares de unión conservados, son alineadas hasta que las partes más conservadas crean buenos alineamientos. Se puede crear entonces un logo de secuencias a partir del alineamiento múltiple de secuencias conservadas. El logo de secuencias pondrá de manifiesto el grado de conservación de los residuos en cada posición: un menor número de residuos diferentes provocará mayor tamaño en las letras, ya que la conservación es mejor en esa posición. Los residuos diferentes en la misma posición se escalarán de acuerdo a su frecuencia. Los logos de secuencias pueden usarse para representar sitios conservados de unión al ADN, donde quedan unidos los factores de transcripción.
Un logo de secuencias mostrando las bases más conservadas alrededor del codón de inicio para todos los ARNm humanos.
Según lo visto, las letras de mayor altura representarán residuos únicos. Además, y por consenso, las bases más conservadas (las de mayor frecuencia de aparición y, por lo tanto, las más probables para esa determinada posición) se representan en la parte más alta de las pilas de residuos y, a la inversa, las menos conservadas irán ocupando, de forma proporcional, las posiciones inferiores.
Referencias
Thomas D. Schneider and R. Michael Stephens. "". Nucleic Acids Res., 18, 1990, 6097–6100.
Attwood, T.K., y Parry-Smith, D.J, Introducción a la Bioinformática, Prentice Hall, 2002. ISBN 84-205-3551-6. Cap. 9, págs. 183-184.
WebLogo: A Sequence Logo Generator Publicación con libre acceso al texto (en inglés) completo.
Herramientas para crear logos de secuencias:
WebLogo (Online)
(Online)
LogoBar (Aplicación Java)
RILogo (Online, Aplicación C++, en inglés)
Datos:Q7452470
Multimedia:Sequence logos
Agosto 10, 2021
logo, secuencias, bioinformática, logo, secuencias, representación, gráfica, conservación, secuencia, nucleótidos, cadena, aminoácidos, secuencias, proteínas, para, crear, logos, secuencias, secuencias, relacionadas, proteínas, bien, secuencias, comparten, lug. En bioinformatica un logo de secuencias es una representacion grafica de la conservacion de una secuencia de nucleotidos en una cadena de ADN o de ARN o de aminoacidos en secuencias de proteinas Para crear logos de secuencias las secuencias relacionadas de ADN ARN o proteinas o bien secuencias de ADN que comparten lugares de union conservados son alineadas hasta que las partes mas conservadas crean buenos alineamientos Se puede crear entonces un logo de secuencias a partir del alineamiento multiple de secuencias conservadas El logo de secuencias pondra de manifiesto el grado de conservacion de los residuos en cada posicion un menor numero de residuos diferentes provocara mayor tamano en las letras ya que la conservacion es mejor en esa posicion Los residuos diferentes en la misma posicion se escalaran de acuerdo a su frecuencia Los logos de secuencias pueden usarse para representar sitios conservados de union al ADN donde quedan unidos los factores de transcripcion Un logo de secuencias mostrando las bases mas conservadas alrededor del codon de inicio para todos los ARNm humanos Segun lo visto las letras de mayor altura representaran residuos unicos Ademas y por consenso las bases mas conservadas las de mayor frecuencia de aparicion y por lo tanto las mas probables para esa determinada posicion se representan en la parte mas alta de las pilas de residuos y a la inversa las menos conservadas iran ocupando de forma proporcional las posiciones inferiores Referencias EditarThomas D Schneider and R Michael Stephens Sequence Logos A New Way to Display Consensus Sequences Nucleic Acids Res 18 1990 6097 6100 Attwood T K y Parry Smith D J Introduccion a la Bioinformatica Prentice Hall 2002 ISBN 84 205 3551 6 Cap 9 pags 183 184 Tambien en la Wikipedia EditarAlineamiento de secuenciasEnlaces externos EditarComo interpretar logos de secuencias En ingles WebLogo A Sequence Logo Generator Publicacion con libre acceso al texto en ingles completo Herramientas para crear logos de secuencias WebLogo Online GENIO Online LogoBar Aplicacion Java RILogo Online Aplicacion C en ingles Datos Q7452470 Multimedia Sequence logosObtenido de https es wikipedia org w index php title Logo de secuencias amp oldid 117941993, wikipedia, wiki, leyendo, leer, libro, biblioteca,
