Dicer es una ribonucleasa miembro de la familia de las ARNasa III (EC 3.1.26.3).[1] Es una gran proteína (>200 kD) monomérica presente en el citoplasma celular. Dicer cataliza el primer paso del mecanismo de RNAi: corta ARN doble banda (ARNdb o dsRNA) y pre-microARN (pre-miARN) en fragmentos de ARN de interferencia pequeños llamados ARNip (siRNAs y miRNAs) de 20-25 nucleótidos, con dos bases libres en los extremos 3' hidroxilo y un extremo 5' fosfato.
El nombre Dicer fue dado por Emily Bernstein, quien fue la primera en demostrar la actividad catalítica de ARNdb de la enzima.[2]
Las enzimas Dicer contienen:
un dominio ATPasa/ARN helicasa en el extremo N-terminal
un dominio DUF283 de función desconocida
un dominio PAZ, responsable del reconocimiento de los nucleótidos libres en el extremo 3'
dos dominios catalíticos ARNasa III (RIIIa y RIIIb) que constituyen el centro activo
un dominio dsRBD (en inglés, double strand RNA binding domain) en el extremo C-terminal
Cada uno de los dominios ARNasa corta una hebra de ARN de manera polarizada: el dominio RIIIb corta la hebra ascendente del dsRNA, que contiene el 5' fosfato, mientras que el dominio RIIIa corta la hebra descendente, que contiene el extremo 3' OH. El dominio RIIIa mide la distancia al sitio de corte del dsRNA, tal vez con la ayuda del dominio PAZ. Por este motivo, el dsRNA se corta a una distancia aproximada de 20 pares de bases contadas desde el extremo de la molécula: la hélice entre el dominio PAZ y el dominio RIIIa mide 65 Angstroms, que corresponde a 2 vueltas de hélice de dsRNA = alrededor de 21 nt (Zhang et al.[3] 2004, Pham y Sontheimer[4] 2004).
Los eucariontes, C. elegans y Schizosaccharomices pombe (una levadura muy utilizada como organismo modelo) expresan una única forma de Dicer. Sin embargo, Drosophila y Arabidopsis expresan dos o más tipos de Dicer, cada una con funciones especializadas: por ejemplo dDicer-1 produce los miRNAs y dDicer-2 produce los siRNAs.[5]
Para poder unirse a las moléculas de dsRNA, Dicer necesita formar un complejo con otras proteínas que la asisten en sus funciones, como la proteína R2D2 en Drosophila o RDE-4 y RDE-1 en C.elegans.[5]
Referencias
Ribonuclease III - MeSH
Bernstein E, Caudy A, Hammond S, Hannon G (2001). «Role for a bidentate ribonuclease in the initiation step of RNA interference». Nature409 (6818): 363-6. PMID 11201747.
Zhang H, Kolb FA, Jaskiewicz L, Westhof E, Filipowicz W. Single processing center models for human Dicer and bacterial RNase III.Cell 2004 Jul 9;118(1):57-68 [1]
Pham JW, Sontheimer EJ.The Making of an siRNA. Mol Cell 2004 Jul 23;15(2):163-4 [2]
dicer, ribonucleasa, miembro, familia, arnasa, gran, proteína, monomérica, presente, citoplasma, celular, cataliza, primer, paso, mecanismo, rnai, corta, doble, banda, arndb, dsrna, microarn, miarn, fragmentos, interferencia, pequeños, llamados, arnip, sirnas,. Dicer es una ribonucleasa miembro de la familia de las ARNasa III EC 3 1 26 3 1 Es una gran proteina gt 200 kD monomerica presente en el citoplasma celular Dicer cataliza el primer paso del mecanismo de RNAi corta ARN doble banda ARNdb o dsRNA y pre microARN pre miARN en fragmentos de ARN de interferencia pequenos llamados ARNip siRNAs y miRNAs de 20 25 nucleotidos con dos bases libres en los extremos 3 hidroxilo y un extremo 5 fosfato Dicer 1 ribonucleasa tipo IIIEstructuras disponiblesPDBBuscar ortologos PDBe RCSB Lista de codigos PDB2FFL 2QVW 2EB1 3C4B 3C4T 2KOU 2L6M 2LRS 4NGB 4NGC 4NGD 4NGF 4NGG 4NH3 4NH5 4NH6 4NHA Estructuras enzimaticasRCSB PDB PDBe PDBsumIdentificadoresSimbolosDICER1 HGNC 17098 Dicer KIAA0928 K12H4 8 LIKE HERNAIdentificadoresexternosOMIM 606241HomoloGene 13251EBI DICER1GeneCards Gen DICER1UniProt DICER1 Bases de datos de enzimasIntEnz entrada en IntEnz BRENDA entrada en BRENDA ExPASy NiceZime view KEGG entrada en KEEG PRIAM perfil PRIAM ExplorEnz entrada en ExplorEnz MetaCyc via metabolicaNumero EC3 1 26 3LocusCr 14 q32 2 Ontologia genicaReferencias AmiGO QuickGOOrtologosEspeciesHumano RatonEntrez23405 192119EnsemblVease HS Vease MMUniProtQ9UPY3 Q8R418RefSeq ARNm NM 001195573 NM 148948RefSeq proteina NCBINP 001182502 NP 683750Ubicacion UCSC Cr 14 95 55 95 62 Mb Cr 12 104 69 104 75 MbPubMed Busqueda 4 5 vte editar datos en Wikidata El nombre Dicer fue dado por Emily Bernstein quien fue la primera en demostrar la actividad catalitica de ARNdb de la enzima 2 Las enzimas Dicer contienen un dominio ATPasa ARN helicasa en el extremo N terminal un dominio DUF283 de funcion desconocida un dominio PAZ responsable del reconocimiento de los nucleotidos libres en el extremo 3 dos dominios cataliticos ARNasa III RIIIa y RIIIb que constituyen el centro activo un dominio dsRBD en ingles double strand RNA binding domain en el extremo C terminalCada uno de los dominios ARNasa corta una hebra de ARN de manera polarizada el dominio RIIIb corta la hebra ascendente del dsRNA que contiene el 5 fosfato mientras que el dominio RIIIa corta la hebra descendente que contiene el extremo 3 OH El dominio RIIIa mide la distancia al sitio de corte del dsRNA tal vez con la ayuda del dominio PAZ Por este motivo el dsRNA se corta a una distancia aproximada de 20 pares de bases contadas desde el extremo de la molecula la helice entre el dominio PAZ y el dominio RIIIa mide 65 Angstroms que corresponde a 2 vueltas de helice de dsRNA alrededor de 21 nt Zhang et al 3 2004 Pham y Sontheimer 4 2004 Los eucariontes C elegans y Schizosaccharomices pombe una levadura muy utilizada como organismo modelo expresan una unica forma de Dicer Sin embargo Drosophila y Arabidopsis expresan dos o mas tipos de Dicer cada una con funciones especializadas por ejemplo dDicer 1 produce los miRNAs y dDicer 2 produce los siRNAs 5 Para poder unirse a las moleculas de dsRNA Dicer necesita formar un complejo con otras proteinas que la asisten en sus funciones como la proteina R2D2 en Drosophila o RDE 4 y RDE 1 en C elegans 5 Referencias Editar Ribonuclease III MeSH Bernstein E Caudy A Hammond S Hannon G 2001 Role for a bidentate ribonuclease in the initiation step of RNA interference Nature 409 6818 363 6 PMID 11201747 Zhang H Kolb FA Jaskiewicz L Westhof E Filipowicz W Single processing center models for human Dicer and bacterial RNase III Cell 2004 Jul 9 118 1 57 68 1 Pham JW Sontheimer EJ The Making of an siRNA Mol Cell 2004 Jul 23 15 2 163 4 2 a b Filipowicz W Jaskiewicz L Kolb FA Pillai RS Post transcriptional gene silencing by siRNAs and miRNAs Curr Opin Struct Biol 2005 Jun 15 3 331 41 3 Datos Q21111297Obtenido de https es wikipedia org w index php title Dicer amp oldid 120654487, wikipedia, wiki, leyendo, leer, libro, biblioteca,
