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Base de datos de movimientos moleculares

Mayo 14, 2022

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La Database of Macromolecular Motions (traducción aproximada: Base de datos de Movimientos Macromoleculares) (molmovdb (en)) es un bioinformatics base de datos que intenta categorizar movimientos macromoleculares, a veces también conocidos como cambio de la conformación de la macromolécula.[1]​[2]​

Descripción

Fue originalmente desarrollado por Mark Bender Gerstein, Werner Krebs, y Nat Echols en el Departamento de Bioquímica & de Biofísica Molecular en Yale Universidad. Los usuarios pueden buscar la base de datos para un movimiento particular por cualquier nombre de proteína o Banco de Dato de la Proteína ID número. Sin embargo, generalmente los usuarios introducirán la base de datos a través del Banco de Dato de la Proteína, el cual a menudo proporciona un hiperenlace de entrada para las proteínas encontradas en ambas bases de datos.

La base de datos incluye una herramienta basada en la red (el servidor de Morfo), la cuál le permite a los principiantes animar y visualizar ciertos tipos de cambios de conformación de las proteínas a través de breves vídeos. Este sistema utiliza técnicas de modelización molecular para interpolate los cambios estructurales entre dos conformadores diferentes de proteínas y para generar un conjunto de estructuras intermedias. Un hiperenlace que señala a los resultados de mutación es entonces enviado al mail del usuario.[3]​

El Servidor de Morfo era originalmente principalmente una herramienta de búsqueda más que herramienta de animación molecular general, y así ofrecido usuario limitado sólo control sobre rendering, parámetros de animación, color, y punto de vista, y los métodos originales a veces requirieron una cantidad justa de CPU tiempo a conclusión.[4]​ Desde su introducción inicial en 1996, la base de datos y servidor de morfo asociado han experimentado desarrollo para probar para dirigir algunos de estos shortcomings así como añade características nuevas, como Análisis de Modo Normal.[5]​[6]​ Otras tierras de búsqueda posteriormente han desarrollado sistemas alternativos, como MovieMaker (en) de la Universidad de Alberta.[4]​

Comercialización

Bioinformatics Vendedor DNASTAR tiene incorporó morfos de la base de datos a su comercial Protean3D producto.[7]​[8]​ La conexión entre DNASTAR y los autores de la base de datos, si cualquiera, no es inmediatamente claro.

Enlaces externos

  • The Database of Macromolecular Motions (molmovdb) (en)
  • Esta obra contiene una traducción derivada de «Database of Molecular Motions» de Wikipedia en inglés, concretamente de esta versión del 13 de noviembre de 2015, publicada por sus editores bajo la Licencia de documentación libre de GNU y la Licencia Creative Commons Atribución-CompartirIgual 3.0 Unported.
  • de sitio web de RH Austin en Princeton Universidad (en)
  • Frauenfelder H (20 de abril de 1989). «New looks at protein motions». Nature 338 (6217): 623-4. doi:10.1038/338623a0.  Frauenfelder H (20 de abril de 1989). «New looks at protein motions». Nature 338 (6217): 623-4. doi:10.1038/338623a0.  (6217): 623@–4. doi:10.1038/338623un0.
  • Alexandrov V, Lehnert U, Echols N, Milburn D, Engelman D, Gerstein M (March 2005). «Normal modes for predicting protein motions: A comprehensive database assessment and associated Web tool». Protein Sci. 14 (3): 633-43. PMC 2279292. PMID 15722444. doi:10.1110/ps.04882105.  Alexandrov V, Lehnert U, Echols N, Milburn D, Engelman D, Gerstein M (March 2005). «Normal modes for predicting protein motions: A comprehensive database assessment and associated Web tool». Protein Sci. 14 (3): 633-43. PMC 2279292. PMID 15722444. doi:10.1110/ps.04882105. 
  • Alexandrov V, Gerstein M (January 2004). «Using 3D Hidden Markov Models that explicitly represent spatial coordinates to model and compare protein structures». BMC Bioinformatics 5: 2. PMC 344530. PMID 14715091. doi:10.1186/1471-2105-5-2.  Alexandrov V, Gerstein M (January 2004). «Using 3D Hidden Markov Models that explicitly represent spatial coordinates to model and compare protein structures». BMC Bioinformatics 5: 2. PMC 344530. PMID 14715091. doi:10.1186/1471-2105-5-2. 
  • Echols N, Milburn D, Gerstein M (January 2003). «MolMovDB: analysis and visualization of conformational change and structural flexibility». Nucleic Acids Res. 31 (1): 478-82. PMC 165551. PMID 12520056. doi:10.1093/nar/gkg104.  Echols N, Milburn D, Gerstein M (January 2003). «MolMovDB: analysis and visualization of conformational change and structural flexibility». Nucleic Acids Res. 31 (1): 478-82. PMC 165551. PMID 12520056. doi:10.1093/nar/gkg104. 
  • Krebs WG, Alexandrov V, Wilson CA, Echols N, Yu H, Gerstein M (September 2002). «Normal mode analysis of macromolecular motions in a database framework: developing mode concentration as a useful classifying statistic». Proteins 48 (4): 682-95. PMID 12211036. doi:10.1002/prot.10168.  Krebs WG, Alexandrov V, Wilson CA, Echols N, Yu H, Gerstein M (September 2002). «Normal mode analysis of macromolecular motions in a database framework: developing mode concentration as a useful classifying statistic». Proteins 48 (4): 682-95. PMID 12211036. doi:10.1002/prot.10168. 

Referencias

  1. «Hot Picks». Science (en inglés) 284 (5416): 871-871. 7 de mayo de 1999. ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.284.5416.871b. 
  2. Gerstein M, Krebs W (September 1998). «A database of macromolecular motions». Nucleic Acids Res. 26 (18): 4280-90. PMC 147832. PMID 9722650. doi:10.1093/nar/26.18.4280. 
  3. Krebs WG, Gerstein M (April 2000). «SURVEY AND SUMMARY: The morph server: a standardized system for analyzing and visualizing macromolecular motions in a database framework». Nucleic Acids Res. 28 (8): 1665-75. PMC 102811. PMID 10734184. doi:10.1093/nar/28.8.1665. 
  4. ↑ Maiti R, Van Domselaar GH, Wishart DS (July 2005). «MovieMaker: a web server for rapid rendering of protein motions and interactions». Nucleic Acids Res. 33 (Web Server issue): W358-62. PMC 1160245. PMID 15980488. doi:10.1093/nar/gki485. 
  5. Alexandrov V, Gerstein M (January 2004). «Using 3D Hidden Markov Models that explicitly represent spatial coordinates to model and compare protein structures». BMC Bioinformatics 5: 2. PMC 344530. PMID 14715091. doi:10.1186/1471-2105-5-2. 
  6. Alexandrov V, Lehnert U, Echols N, Milburn D, Engelman D, Gerstein M (March 2005). «Normal modes for predicting protein motions: A comprehensive database assessment and associated Web tool». Protein Sci. 14 (3): 633-43. PMC 2279292. PMID 15722444. doi:10.1110/ps.04882105. 
  7. «https://www.dnastar.com/protean3d_help/index.html#!Documents/themotionlibrary.htm». www.dnastar.com. Consultado el 13 de noviembre de 2015. 
  8. «https://www.dnastar.com/protean3d_help/index.html#!Documents/protean3doverview.htm». www.dnastar.com. Consultado el 13 de noviembre de 2015. 
  •   Datos: Q5227408

Mayo 14, 2022
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El estilo de esta traduccion aun no ha sido revisado por terceros Si eres hispanohablante nativo y no has participado en esta traduccion puedes colaborar revisando y adaptando el estilo de esta u otras traducciones ya acabadas La Database of Macromolecular Motions traduccion aproximada Base de datos de Movimientos Macromoleculares molmovdb en es un bioinformatics base de datos que intenta categorizar movimientos macromoleculares a veces tambien conocidos como cambio de la conformacion de la macromolecula 1 2 Indice 1 Descripcion 2 Comercializacion 3 Enlaces externos 4 ReferenciasDescripcion EditarFue originalmente desarrollado por Mark Bender Gerstein Werner Krebs y Nat Echols en el Departamento de Bioquimica amp de Biofisica Molecular en Yale Universidad Los usuarios pueden buscar la base de datos para un movimiento particular por cualquier nombre de proteina o Banco de Dato de la Proteina ID numero Sin embargo generalmente los usuarios introduciran la base de datos a traves del Banco de Dato de la Proteina el cual a menudo proporciona un hiperenlace de entrada para las proteinas encontradas en ambas bases de datos La base de datos incluye una herramienta basada en la red el servidor de Morfo la cual le permite a los principiantes animar y visualizar ciertos tipos de cambios de conformacion de las proteinas a traves de breves videos Este sistema utiliza tecnicas de modelizacion molecular para interpolate los cambios estructurales entre dos conformadores diferentes de proteinas y para generar un conjunto de estructuras intermedias Un hiperenlace que senala a los resultados de mutacion es entonces enviado al mail del usuario 3 El Servidor de Morfo era originalmente principalmente una herramienta de busqueda mas que herramienta de animacion molecular general y asi ofrecido usuario limitado solo control sobre rendering parametros de animacion color y punto de vista y los metodos originales a veces requirieron una cantidad justa de CPU tiempo a conclusion 4 Desde su introduccion inicial en 1996 la base de datos y servidor de morfo asociado han experimentado desarrollo para probar para dirigir algunos de estos shortcomings asi como anade caracteristicas nuevas como Analisis de Modo Normal 5 6 Otras tierras de busqueda posteriormente han desarrollado sistemas alternativos como MovieMaker en de la Universidad de Alberta 4 Comercializacion EditarBioinformatics Vendedor DNASTAR tiene incorporo morfos de la base de datos a su comercial Protean3D producto 7 8 La conexion entre DNASTAR y los autores de la base de datos si cualquiera no es inmediatamente claro Enlaces externos EditarThe Database of Macromolecular Motions molmovdb en Esta obra contiene una traduccion derivada de Database of Molecular Motions de Wikipedia en ingles concretamente de esta version del 13 de noviembre de 2015 publicada por sus editores bajo la Licencia de documentacion libre de GNU y la Licencia Creative Commons Atribucion CompartirIgual 3 0 Unported Capitulo de libro encima Movimientos de Proteina de sitio web de RH Austin en Princeton Universidad en Frauenfelder H 20 de abril de 1989 New looks at protein motions Nature 338 6217 623 4 doi 10 1038 338623a0 Frauenfelder H 20 de abril de 1989 New looks at protein motions Nature 338 6217 623 4 doi 10 1038 338623a0 6217 623 4 doi 10 1038 338623un0 Alexandrov V Lehnert U Echols N Milburn D Engelman D Gerstein M March 2005 Normal modes for predicting protein motions A comprehensive database assessment and associated Web tool Protein Sci 14 3 633 43 PMC 2279292 PMID 15722444 doi 10 1110 ps 04882105 Alexandrov V Lehnert U Echols N Milburn D Engelman D Gerstein M March 2005 Normal modes for predicting protein motions A comprehensive database assessment and associated Web tool Protein Sci 14 3 633 43 PMC 2279292 PMID 15722444 doi 10 1110 ps 04882105 Alexandrov V Gerstein M January 2004 Using 3D Hidden Markov Models that explicitly represent spatial coordinates to model and compare protein structures BMC Bioinformatics 5 2 PMC 344530 PMID 14715091 doi 10 1186 1471 2105 5 2 Alexandrov V Gerstein M January 2004 Using 3D Hidden Markov Models that explicitly represent spatial coordinates to model and compare protein structures BMC Bioinformatics 5 2 PMC 344530 PMID 14715091 doi 10 1186 1471 2105 5 2 Echols N Milburn D Gerstein M January 2003 MolMovDB analysis and visualization of conformational change and structural flexibility Nucleic Acids Res 31 1 478 82 PMC 165551 PMID 12520056 doi 10 1093 nar gkg104 Echols N Milburn D Gerstein M January 2003 MolMovDB analysis and visualization of conformational change and structural flexibility Nucleic Acids Res 31 1 478 82 PMC 165551 PMID 12520056 doi 10 1093 nar gkg104 Krebs WG Alexandrov V Wilson CA Echols N Yu H Gerstein M September 2002 Normal mode analysis of macromolecular motions in a database framework developing mode concentration as a useful classifying statistic Proteins 48 4 682 95 PMID 12211036 doi 10 1002 prot 10168 Krebs WG Alexandrov V Wilson CA Echols N Yu H Gerstein M September 2002 Normal mode analysis of macromolecular motions in a database framework developing mode concentration as a useful classifying statistic Proteins 48 4 682 95 PMID 12211036 doi 10 1002 prot 10168 Referencias Editar Hot Picks Science en ingles 284 5416 871 871 7 de mayo de 1999 ISSN 0036 8075 doi 10 1126 science 284 5416 871b Gerstein M Krebs W September 1998 A database of macromolecular motions Nucleic Acids Res 26 18 4280 90 PMC 147832 PMID 9722650 doi 10 1093 nar 26 18 4280 Krebs WG Gerstein M April 2000 SURVEY AND SUMMARY The morph server a standardized system for analyzing and visualizing macromolecular motions in a database framework Nucleic Acids Res 28 8 1665 75 PMC 102811 PMID 10734184 doi 10 1093 nar 28 8 1665 a b Maiti R Van Domselaar GH Wishart DS July 2005 MovieMaker a web server for rapid rendering of protein motions and interactions Nucleic Acids Res 33 Web Server issue W358 62 PMC 1160245 PMID 15980488 doi 10 1093 nar gki485 Alexandrov V Gerstein M January 2004 Using 3D Hidden Markov Models that explicitly represent spatial coordinates to model and compare protein structures BMC Bioinformatics 5 2 PMC 344530 PMID 14715091 doi 10 1186 1471 2105 5 2 Alexandrov V Lehnert U Echols N Milburn D Engelman D Gerstein M March 2005 Normal modes for predicting protein motions A comprehensive database assessment and associated Web tool Protein Sci 14 3 633 43 PMC 2279292 PMID 15722444 doi 10 1110 ps 04882105 https www dnastar com protean3d help index html Documents themotionlibrary htm www dnastar com Consultado el 13 de noviembre de 2015 https www dnastar com protean3d help index html Documents protean3doverview htm www dnastar com Consultado el 13 de noviembre de 2015 Datos Q5227408 Obtenido de https es wikipedia org w index php title Base de datos de movimientos moleculares amp oldid 118093743, wikipedia, wiki, leyendo, leer, libro, biblioteca,

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