La competición de Tercera División se desarrolló en tres fases, de las cuales, la primera correspondió a la competición regular, la segunda abarcó tres fases específicas (Segunda Fase para Segunda División RFEF, Segunda Fase por la Fase Final para Segunda División RFEF y Segunda Fase por la Permanencia en Tercera División RFEF) y la tercera correspondió a la Fase Final de Eliminatorias a Segunda División RFEF / Play Off de Ascenso a Segunda División RFEF.
Primera Fase
La Primera Fase o Liga Regular (A y B) se configuró en un total de entre 18 y 22 jornadas, a disputar en cada subgrupo de 10 a 12 equipos denominados cada uno de ellos A y B en cada uno de los 18 grupos. Los clubes participantes se enfrentaron a doble vuelta mediante el sistema de puntos.
Los clubes que se clasificaron en los tres primeros puestos de los 36 subgrupos accedieron a la Segunda Fase para Segunda División RFEF, los clasificados en los puestos del cuarto al sexto accedieron a la Segunda Fase por la Fase Final para Segunda División RFEF / Play Off de Ascenso a Segunda División RFEF y los clasificados del séptimo al último lugar accedieron a la Segunda Fase por la Permanencia en Tercera División RFEF.
Los puntos obtenidos, así como los goles, tanto a favor como en contra, se arrastraron a la siguiente fase, comenzado cada equipo su fase específica con los puntos y goles obtenidos en la Primera Fase. En los grupos de 21 y 23 equipos, se calculó el coeficiente, siendo este mismo que se arrastró a las fases específicas.
Segunda Fase
Hubo a continuación tres Segundas Fases específicas. En la Segunda Fase para Segunda División RFEF (C), en un total de 6 jornadas participaron los clubes clasificados en los tres primeros puestos de cada subgrupo. Los equipos que participaron en el subgrupo A se enfrentaron, a doble vuelta, a los que participaron en el subgrupo B no pudiendo, en ningún caso, enfrentarse a los equipos que participaron en su mismo subgrupo de la Fase Regular.
Los dos primeros clubes clasificados de cada uno de los dieciocho grupos ascendieron directamente a Segunda División RFEF y los restantes participaron en la Fase Final de Eliminatorias a Segunda División RFEF / Play Off de Ascenso a Segunda División RFEF.
En la Fase por el Play Off de Ascenso a Segunda División RFEF (D) participaron, en un total de 6 jornadas, los clubes clasificados del cuarto al sexto puesto de cada subgrupo. Los equipos que participaron en el subgrupo A se enfrentaron, a doble vuelta, a los que participaron en el subgrupo B no pudiendo, en ningún caso, enfrentarse a los equipos que participaron en su mismo subgrupo de la Fase Regular.
Los dos primeros clubes clasificados de cada uno de los grupos se clasificaron para disputar la Fase Final de Eliminatorias a Segunda División RFEF / Play Off de Ascenso a Segunda División RFEF. Los clubes restantes pasaron a la Tercera División RFEF en la próxima temporada 2021 / 2022.
Por último, en la Fase por la Permanencia en Tercera División RFEF (E) participaron los clubes clasificados del séptimo al último puesto de cada subgrupo en un total de 10 jornadas para los grupos de 21 y 22 y de 12 jornadas para los grupos de 23 y 24. Los equipos que participaron en el subgrupo A se enfrentaron, a doble vuelta, a los que participaron en el subgrupo B no pudiendo, en ningún caso, enfrentarse a los equipos que participaron en su mismo subgrupo de la Fase Regular.
Los cuatro primeros clubes clasificados de cada una de las 18 tablas clasificatorias pasaron a la Tercera División RFEF y los restantes descendieron a Categoría Territorial. Practicándose por tanto 5 descensos en los grupos de 21 equipos, 6 en los grupos de 22 equipos, 7 en los grupos de 23 equipos y 8 en los grupos de 24 equipos.
Tercera Fase
La temporada en Tercera División acabó con la Fase Final de Ascenso a Segunda División RFEF / Play Off de Ascenso a Segunda División RFEF (F), que se desarrolló mediante el sistema de eliminatorias a partido único, ejerciendo de local el equipo con mejor clasificación. Se disputó una Fase Final por cada uno de los 18 grupos, obteniendo su ascenso el club vencedor de cada una de las 18 finales. Participaron los clasificados en las posiciones 3ª, 4ª, 5ª y 6ª de los Grupos C y los clasificados en 1ª y 2ª (7º y 8º) posición de los Grupos D y constó de tres eliminatorias (cuartos de final, semifinales y final).
El vencedor de cada una de las dieciocho finales a disputar ascendió a la Segunda División RFEF, sumándose a los otros dos equipos que ascendieron de forma directa, conformando el total de 54 ascensos, 3 en cada uno de los 18 grupos de Tercera División.
