La patogénesis (del griegoπάθος —páthos— ‘sufrimiento’ y γένεσις —génesis— ‘origen’) describe el origen y evolución de una enfermedad con todos los factores que están involucrados en ella. Lo que con los métodos de las ciencias naturales se describiría como 'desarrollo de una enfermedad' se identificará también como patomecanismo. En cambio, la causa de una enfermedad se estudia en la etiología.
Hay diferencias entre la patogénesis causal y la patogénesis formal. Mientras que la primera acorta la naturaleza de los individuos al considerar la enfermedad, la patogénesis identifica el proceso de la enfermedad funcional y estructural con el individuo. Como ejemplo, tomemos una infección gripal: el virus es la etiología, la situación completa del individuo en contacto con el virus lo trata la patogénesis causal mientras que el proceso inflamatorio pertenece a la patogénesis formal.
La medicina psicosomática o personalista pone en primer plano de la consideración de las enfermedades, además de los biológicos, los factores psicosociales. Se entiende como patogénesis en general una limitación de las competencias individuales limitadas por el origen de la enfermedad. El objetivo de esta aproximación, la adquisición de la comprensión de los procesos reguladores de las funciones biopsíquicas para lograr y fomentar la manera de compensar a cada paciente.
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