Nivel de calidad Phred

El nivel de calidad Phred (Phred quality score, en Inglés) es una medida de calidad en la identificación de las nucleobases generadas por la secuenciación automatizada de ADN. Esta medida de calidad está ampliamente aceptada para caracterizar la calidad de nuestras secuencias de ADN basadas en la capacidad de poder ser comparadas entre diferentes métodos de secuenciación. Originalmente fue desarrollado para las llamadas de base de Phred ( Phred base calling, en Inglés) que es un programa informático diseñado para la identificación de una secuencia de base o nucleobase a partir de señales de fluorescencia generados por un secuenciador de ADN automatizado. El uso más importante de los niveles de calidad de Phred es la determinación automática de secuencias consenso precisas basadas en la calidad de su secuenciación.

Definición

El nivel de calidad Phred o Q, se define como una propiedad que está relacionada logarítmicamente con las probabilidades de error de las llamadas de base (P).

${\displaystyle Q=-10\log _{10}P}$  o ${\displaystyle P=10^{\frac {-Q}{10}}}$ .

Ejemplo:

Si Phred asigna un nivel de calidad de 30 a una base en concreto, las probabilidades de que esta base sea incorrecta es de 1 entre 1000 ya que:

${\displaystyle P=10^{\frac {-30}{10}}}$ , por lo que P es igual a 0.001 y esto se traduce en que con un nivel de calidad 30 el factor de error sería de 1 base entre 1000 con el mismo nivel de calidad Phred.

Ejemplos de niveles de calidad y su relación logarítmica a las probabilidades de error de la base

Nivel de calidad Phred	Probabilidad de factor de error de base	Precisión de que la base sea correctamente nombrada
10	1 en 10	90%
20	1 en 100	99%
30	1 en 1000	99,9%
40	1 en 10.000	99,99%
50	1 en 100.000	99,999%
60	1 en 1.000.000	99,9999%

•   Datos: Q3788862